Nhiều vấn đề được chỉ ra: Qua 8 năm thực hiện Luật Bảo vệ môi trường (BVMT) 2005 đã góp phần hạn chế tốc độ gia tăng ô nhiễm, suy thoái và sự cố môi trường, nâng cao nhận thức, ý thức bảo vệ môi trường của toàn xã hội. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện Luật cũng bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập. Luật BVMT 2005 chưa gắn kết với các luật liên quan, các chế tài, quy định tiêu chuẩn môi trường, đánh giá tác động môi trường còn chung chung, không phù hợp với thực tế. 7 năm qua, lực lượng Cảnh sát môi trường đã phát hiện, điều tra, phá hơn 43.000 vụ vi phạm, xử phạt hành chính hơn 400 tỷ đồng và xử lý hình sự với gần 1.900 đối tượng. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện Luật BVMT còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Nhiều chế định xử lý còn nhẹ chưa mang tính răn đe, đồng thời kết quả phân tích môi trường của các cơ quan chuyên môn chưa có giá trị làm căn cứ phục vụ truy tố.
Theo Bộ NN&PTNT, việc thực hiện Luật BVMT thời gian qua trong lĩnh vựng nông nghiệp cũng gặp nhiều khó khăn. Công tác quản lý Nhà nước về môi trường ở một số địa phương còn lỏng lẻo, nhất là việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật, rác thải. Xử lý vi phạm về bảo vệ rừng chưa nghiêm, xử lý vi phạm về đất đai còn “bỏ ngỏ”, đặc biệt là xử lý hình sự, truy tố đạt tỷ lệ thấp.
Về vấn đề này, Bộ NN&PTNT kiến nghị Quốc hội, Chính phủ làm rõ trách nhiệm của các bộ, ngành trong thực hiện Luật BVMT (sửa đổi) và cơ chế phối hợp với các bộ ngành liên quan. Bộ Y tế kiến nghị Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành và các tỉnh, thành phố tổ chức thực hiện Đề án tổng thể xử lý chất thải ý tế giai đoạn 2011 -2015 và định hướng 2020, cũng như quy định về lĩnh vực môi trường nhằm xử lý các yếu tố nguy hại đến sức khỏe con người và môi trường của chất thải y tế.
Dự thảo Luật BVMT sửa đổi đưa ra 17 hành vi bị nghiêm cấm. Trong đó luật quy định cấm phá hoại, khai thác trái phép rừng, các nguồn tài nguyên thiên nhiên khác; cấm khai thác, đánh bắt các nguồn tài nguyên sinh vật bằng phương tiện, công cụ, phương pháp hủy diệt, không đúng thời vụ và sản lượng theo quy định của pháp luật...
