Theo nhận định của đại diện Viện kiểm sát, các bị cáo và luật sư bào chữa đều xác định, cáo trạng truy tố các bị cáo là đúng người, đúng tội, không oan và chỉ đề nghị đại diện Viện kiểm sát xem xét mức hình phạt đối với các bị cáo.
Đại diện Viện kiểm sát nêu rõ, cáo trạng truy tố các bị cáo tại Công ty Dược phẩm Cửu Long về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” với khung hình phạt từ 10 - 15 năm tù. Tuy nhiên tại phiên tòa, đại diện Viện kiểm sát đã cân nhắc, đánh giá mức độ, bối cảnh, cũng như áp dụng các tình tiết giảm nhẹ thấp hơn so với khung hình phạt bị truy tố của từng bị cáo để đề nghị Hội đồng xét xử mức án nhẹ hơn. Điều đó đã thể hiện tính nhân văn của pháp luật.
Đối với bị cáo nguyên là lãnh đạo và cán bộ của Bộ Y tế, đại diện Viện kiểm sát cũng đã cân nhắc và đề nghị Hội đồng xét xử áp dụng mức án nhẹ hơn so với khung hình phạt bị truy tố, trong đó có 3 bị cáo được đề đề nghị cho hưởng án treo. Như vậy, phần đề nghị mức án của đại diện Viện kiểm sát tại phiên tòa đã được phân loại, có căn cứ, có cơ sở. Còn quyền quyết định là ở Hội đồng xét xử.
Đối đáp lại quan điểm của các luật sư về những nội dung trong vụ án, đại diện Viện kiểm sát nêu rõ, tài liệu điều tra thể hiện rõ bị cáo Nguyễn Thanh Tòng (cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long, đã chết vì bệnh) và bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng Công ty Dược phẩm Cửu Long) khai rằng, cả hai được bị cáo Lương Văn Hóa (cựu Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long) cho biết đã được giảm giá mua nguyên liệu.
Theo đó, việc hạch toán giám giá từ ngày 31/3/2006, trước cả thời điểm thanh toán cuối cùng cho Công ty Mambo (đơn vị cung cấp dược liệu sản xuất thuốc Oseltamivir). Điều này cho thấy các bị cáo phía Công ty Dược phẩm Cửu Long nắm rõ thông tin không phải trả cho Công ty Mambo.
Đại diện Viện kiểm sát khẳng định, đây là chứng cứ thiết thực xác định phía Công ty Dược Cửu Long đã được giảm giá. Và đây là phương thức công ty đã sử dụng để che giấu việc giảm giá. Việc này kéo dài trong thời gian dài, đến khi bị Thanh tra kiểm tra mới có hoạt động làm báo cáo gửi Bộ Y tế, nhưng thực chất là nhằm mục đích thể hiện báo cáo thanh toán rồi để hợp thức hồ sơ, che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu.
Theo đại diện Viện kiểm sát, vụ án này xảy ra đã lâu nên cũng có những khó khăn nhất định, tài liệu nhiều, số liệu lớn nên việc các bị cáo không nhớ số liệu là điều bình thường. Tuy nhiên, lời khai của các bị cáo đều thể hiện những điểm chung, thể hiện việc các bị cáo tại Công ty Dược phẩm Cửu Long đều liên quan đến sai phạm đã được thể hiện rõ trong cáo trạng. Các bị cáo tại Công ty Dược phẩm Cửu Long đều nhận tội, không quanh co, không đổ lỗi.
Đối với các bị cáo trong nhóm tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, đại diện Viện kiểm sát nhận thấy, luật sư cho rằng bị cáo Nguyễn Việt Hùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế) không làm tròn vai trò của Trưởng đoàn kiểm tra. Sau đó, bị cáo Cao Minh Quang (cựu Thứ trưởng Bộ Y tế, Trưởng ban chỉ đạo giải quyết những vấn đề liên quan đến thuốc Tamiflu, nguyên liệu và thuốc Oseltamivir) chỉ đạo tập hợp thông tin, xin ý kiến của các đơn vị liên quan. Đại diện Viện kiểm sát đánh giá, bị cáo Nguyễn Việt Hùng có vai trò cao hơn các bị cáo khác, nhưng về mức độ cũng không có sự chênh lệch lớn.
Tại phần đối đáp, đại diện Viện kiểm sát cũng nêu rõ hậu quả có trước, hành vi có sau. Hành vi thiếu trách nhiệm của các bị cáo tại Bộ Y tế là đã không làm tròn vai. Và nếu như được phát hiện, ngăn chặn ngay thì sẽ không có vụ án này.
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang vắng mặt trong phiên xử sáng nay 
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang giải thích việc “om” hơn 3,8 triệu USD 
