Cáo trạng lần này thay thế Cáo trạng số 12/VKSTC-V1 ngày 13-4-2016 của Viện KSND Tối cao.
Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, từ tháng 12-2010 đến tháng 12-2013, Phạm Thanh Dũng (47 tuổi, tại huyện An Phú, tỉnh An Giang), Giám đốc Công ty Tân Thành Lợi đã lợi dụng chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), sử dụng pháp nhân 3 công ty gồm: Công ty Tân Thành Lợi; Công ty Tân Thành Lợi An Phú và Công ty Tân Lợi Kim để mua 1.875 tờ hóa đơn GTGT khống từ nhiều doanh nghiệp, công ty khác để hợp thức đầu vào.
Sau đó, Dũng móc nối ê kíp làm giả hợp đồng mua bán ngoại thương, xác nhận xuất khẩu khống của cán bộ hải quan, chỉ đạo cho nhân viên làm giả hồ sơ xuất khẩu, chứng từ thanh toán hàng bán ra, tạo dựng ra 42 bộ hồ sơ xin hoàn thuế GTGT, qua đó chiếm đoạt của Nhà nước số tiền 35,6 tỉ đồng.
Trong vụ án này, Phạm Thanh Dũng cùng 5 bị can khác là chủ doanh nghiệp bị truy tố về tội “lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, 8 bị can bị truy tố về tội “mua bán trái phép hóa đơn thu nộp ngân sách Nhà nước”.
Hành vi của Phạm Thanh Dũng và các đồng phạm đã có sự tiếp tay của nhiều cán bộ thuế và hải quan của tỉnh An Giang.
Cụ thể, để hợp thức hóa hồ sơ xuất nhập khẩu khống hàng hóa đề nghị hoàn thuế GTGT, Phạm Thanh Dũng đã chỉ đạo cho cấp dưới móc nối với Nguyễn Hữu Hoàng, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu Bắc Đai; Thái Sơn Hải, Chi cục phó Chi cục Hải quan cửa khẩu Bắc Đai xác nhận khống vào các tờ khai.
Trung bình mỗi một tờ khai, người của Phạm Thanh Dũng phải chi 900 ngàn đồng cho các cán bộ kiểm tra, kiểm hóa và giám sát. Tiếp đó hàng tuần, người của Dũng phải tổng hợp số tờ khai đã thực hiện và chi cho Đinh Hồng Lĩnh, Phó Chi cục trưởng Hải quan Vĩnh Hội Đông, tỉnh An Giang hoặc Thái Sơn Hải theo lịch trực, đồng thời chi 500 ngàn đồng/tờ khai cho Nguyễn Hữu Hoàng.
Cơ quan tố tụng xác định đến khi vụ việc bị phát hiện, bị can Nguyễn Hữu Hoàng đã thu lợi bất chính khoản tiền 387 triệu đồng, Thái Sơn Hải thu lợi bất chính 180 triệu đồng…
Tương tự, các bị can là cán bộ hải quan ở cửa khẩu Khánh Bình, An Giang đã đòi nhóm của Phạm Thanh Dũng chung chi hàng trăm triệu đồng. Ngoài ra, do hồ sơ xin hoàn thuế có nhiều vi phạm, Phạm Thanh Dũng và đồng bọn đã chung chi hàng trăm triệu đồng cho nhiều cán bộ thuế thuộc Cục Thuế An Giang cũng như cán bộ tại các chi cục thuế huyện An Phú.
Trong đó, nhóm của Dũng đã chi cho bị can Võ Văn Ngoan, nguyên Phó Chi cục Thuế huyện An Phú 10 triệu đồng/bộ hồ sơ, tổng cộng số tiền Ngoan đã nhận được trong vụ án là 200 triệu đồng.
Trong vụ án này, Cơ quan tố tụng xác định có 7 cán bộ hải quan và 6 cán bộ thuế thuộc tỉnh An Giang đã phạm tội “lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” và tội “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
