Cơ quan điều tra đề nghị truy tố bị can Phùng Anh Lê, cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ, cựu Trưởng phòng Cảnh sát Kinh tế Công an TP Hà Nội, về tội danh trên. Cơ quan điều tra cũng đề nghị truy tố: Nguyễn Đức Châu, cựu Đội trưởng Cảnh sát Hình sự; Vũ Công Ngọc, cựu Đội phó Cảnh sát Hình sự và Lê Đình Trung, cựu Đội phó Đội Cảnh sát Thi hành án hình sự và Hỗ trợ tư pháp.
Theo kết luận, từ tháng 6/2016, Công an phường Yên Phụ, quận Tây Hồ thụ lý vụ việc anh Nguyễn Công Thành tố giác bị một nhóm người lạ mặt bắt giữ trái pháp luật, đánh gây thương tích. Sau khi được cấp dưới báo cáo, ông Phùng Anh Lê khi đó là Trưởng Công an quận đã giao cho Phó Trưởng Công an quận Phạm Quý Hải và Đội Cảnh sát Hình sự xác minh, cử cán bộ đến Công an phường Yên Phụ giải quyết theo đơn tố giác.
Sau khi xác minh, Đội Cảnh sát Hình sự của Công an quận xác định Nguyễn Hữu Tài, 29 tuổi, cùng đồng phạm đã thực hiện hành vi phạm tội. Nguyễn Hữu Tài cũng đến Công an quận Tây Hồ đầu thú. Điều tra viên của Đội Cảnh sát Hình sự đã đề xuất tạm giữ Tài để điều tra và bắt các nghi phạm liên quan. Sau khi Ngọc và Châu đề xuất, Phó Trưởng Công an quận Tây Hồ Phạm Quý Hải đã ký duyệt đề xuất và ký quyết định tạm giữ nghi phạm Tài về hành vi bắt giữ người trái pháp luật.
Tối 22/9, nghi phạm Tài bị đưa vào nhà tạm giữ Công an quận Tây Hồ. Tuy nhiên, người nhà của Tài đã nhờ người quen "bắt mối" với Trưởng Công an quận Tây Hồ nhờ giúp đỡ. Ông Phùng Anh Lê đã thông báo gia đình Tài chuẩn bị 110 triệu đồng để hòa giải với bị hại. Người quen của gia đình Tài đã mang 110 triệu đồng đến phòng làm việc đưa cho ông Lê, đặt lên bàn làm việc và nhờ giúp hòa giải.
Sau khi nhận tiền, ông Lê gọi điện thoại cho thuộc cấp yêu cầu mang tài liệu xuống xem xét. Ông Lê cho rằng chứng cứ tạm giữ Tài còn yếu nên đã ra chỉ đạo "phải đưa nghi phạm ra khỏi nhà tạm giữ và cho viết cam kết để tránh tự sát". Ngọc lúc đó cho rằng Tài đang thi hành quyết định tạm giữ nên muốn cho về phải có quyết định hủy bỏ tạm giữ hoặc quyết định trả tự do. Ông Lê "không quan tâm" và vẫn chỉ đạo Ngọc tiếp tục thực hiện theo "lệnh".
Cũng theo kết luận, khoảng 0 giờ 30 phút, ngày 23/9, Ngọc cùng một số cán bộ Đội Cảnh sát Hình sự đến đưa Tài ra khỏi nhà tạm giữ. Khi đó, Lê Đình Trung (Đội phó Đội Cảnh sát Thi hành án hình sự và Hỗ trợ tư pháp) đang phụ trách ca trực tại nhà tạm giữ đã phản đối việc này vì cho rằng không có quyết định hủy bỏ tạm giữ. Tuy nhiên, sau khi nhận được chỉ đạo, ngay trong đêm, nghi phạm Tài được thả khỏi nhà tạm giữ và cho về nhà.
Tại Cơ quan điều tra, ông Châu khai đã nhiều lần đề xuất lãnh đạo Đội để xin ý kiến ông Lê tiếp tục xác minh. Tuy nhiên, ông Lê không đồng ý cho làm và chỉ đạo "cho chúng nó hòa giải, rút đơn". Từ chỉ đạo của ông Lê, các cán bộ Công an quận Tây Hồ đã để Tài và bị hại hòa giải, thống nhất bồi thường cho bị hại 15 triệu đồng.
Kết quả điều tra xác định, các cán bộ Công an quận đã không lập biên bản về việc hòa giải này vì cho rằng hành vi bắt giữ người trái pháp luật không thuộc nhóm tội khởi tố theo yêu cầu của bị hại.
Theo kết luận, quá trình điều tra, bị can Phùng Anh Lê không khai nhận hành vi phạm tội và đổ lỗi cho các bị can khác. Ba thuộc cấp của ông Lê thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội. Tuy nhiên, Cơ quan điều tra của Viện Kiểm sát cho rằng, căn cứ vào lời khai của các bị can và những người liên quan khác, đủ cơ sở khẳng định ông Lê đã phạm vào tội tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ. "Các bị can đều là điều tra viên được đào tạo cơ bản, hiểu rõ quy định pháp luật nhưng thiếu tu dưỡng, rèn luyện đạo đức và thiếu bản lĩnh nên dẫn đến phạm tội. Trong vụ án này, ông Lê là chủ mưu, các bị can Châu, Ngọc và Trung giữ vai trò đồng phạm giúp sức", kết luận nêu.
Đối với lời khai của người nhà Tài về việc đưa 110 triệu đồng cho ông Lê để giúp hòa giải, do đến nay ông Lê vẫn không thừa nhận nên Cơ quan điều tra đã tách hành vi có dấu hiệu đưa hối lộ, nhận hối lộ và môi giới hối lộ để tiếp tục điều tra. Cơ quan điều tra cũng tách vụ án hình sự về tội không truy cứu trách nhiệm hình sự người có tội để điều tra thành vụ án khác và kiến nghị xử lý trách nhiệm ông Phạm Quý Hải và một số cán bộ Công an quận Tây Hồ.
Bên cạnh đó, ngày 22/1/2021, Công an TP Hà Nội lật lại hồ sơ và khởi tố vụ án, khởi tố bị can với Nguyễn Hữu Tài cùng đồng bọn về tội cướp tài sản.
Truy tố Phan Văn Anh Vũ trong vụ nhờ “thầy phong thuỷ” đưa hối lộ 
Truy tố cựu Tổng Giám đốc DAB Trần Phương Bình trong vụ án thứ 3 
Truy tố bị can Tất Thành Cang và 19 đồng phạm trong sai phạm tại IPC, Sadeco 
