Trung tâm Công nghệ thông tin TN&MT thuộc Sở TN&MT tỉnh Thừa Thiên Huế được thành lập vào năm 2009. Đến năm 2015, UBND tỉnh có quyết định đổi tên thành Trung tâm Công nghệ thông tin TN&MT (sau đây gọi tắt là Trung tâm). Trung tâm có chức năng giúp Giám đốc Sở triển khai chiến lược ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin ngành TN&MT trên địa bàn tỉnh; thu thập, tích hợp, xử lý, quản lý, khai thác hệ thống cơ sở dữ liệu về TN&MT; phục vụ quản lý nhà nước và cộng đồng; lưu trữ, bảo quản thông tin tư liệu thuộc phạm vi quản lý theo phân cấp; thực hiện các dịch vụ thông tin trong lĩnh vực TN&MT.
Trong thời gian từ năm 2016 đến tháng 10/2018, Nguyễn Vĩnh Linh lợi dụng chức vụ Giám đốc và Nguyễn Như Quỳnh lợi dụng chức vụ Kế toán trưởng của Trung tâm đã có nhiều hành vi tham ô gây thất thoát ngân sách. Từ năm 2016 đến năm 2017, theo chỉ đạo của UBND tỉnh Thừa Thiên Huế về việc giao cho Trung tâm thực hiện cập nhật nguồn cơ sở dữ liệu GIS chuyên ngành TN-MT, đây là nhiệm vụ đột xuất do cơ quan có thẩm quyền giao. Tuy nhiên, quá trình triển khai thực hiện nhiệm vụ, Trung tâm chưa được cấp kinh phí. Sau khi hoàn thành xong nhiệm vụ thì Trung tâm làm tờ trình xin cấp kinh phí và được Sở Tài chính tỉnh Thừa Thiên Huế chấp thuận.
Trong đó, đối với tiền chi phí nhân công, Trung tâm giao việc thực hiện nhiệm vụ cho cán bộ hưởng lương từ ngân sách Nhà nước thực hiện và chi trả tiền theo chế độ làm thêm ngoài giờ (vì trong giờ hành chính đã được trả lương theo ngân sách Nhà nước-PV). Tuy nhiên, số tiền chi trả làm thêm ngoài giờ chỉ chiếm một phần ít so với dự toán đã được phê duyệt. Vì vậy, Linh chỉ đạo Quỳnh làm hồ sơ, chứng từ khống để hợp thức thanh toán hết số tiền còn lại. Cụ thể, Linh đã chỉ đạo Quỳnh làm khống 5 hợp đồng cùng các biên bản nghiệm thu thanh lý hợp đồng, chứng từ không có thật với 4 người là tổ trưởng - đại diện cho 5 tổ nhân viên hợp đồng của Trung tâm với tổng số tiền gần 200 triệu đồng. Số tiền này, Linh và Quỳnh đã chiếm đoạt một phần, số còn lại sử dụng chi cho một số cá nhân trong Trung tâm, chi ngoại giao và chi khác trái pháp luật.
Điều đáng nói, đối với quá trình thu chi tiền từ thực hiện dịch vụ các công trình, Linh chỉ đạo Quỳnh làm thủ tục chi trả gồm: Chi phí tiền nhân công chiếm khoảng 70% doanh thu (nhưng khi giao cho các tổ công tác thực hiện nhiệm vụ, người lao động ký trên chứng từ nhận đủ 70% tiền nhân công nhưng thực tế chỉ nhận được 30% doanh thu). Số tiền chênh lệch còn lại tương đương khoảng 40% trong 3 năm là hơn 3,3 tỷ đồng để lại cho Trung tâm để chi cho nhiều mục đích khác nhau. Trong đó, Linh chỉ đạo Quỳnh chuyển vào tài khoản của Linh số tiền gần 330 triệu (gọi là quỹ phát triển 10%), chuyển khoản và đưa tiền mặt cho các nhân viên của Trung tâm để trả nợ các khoản vay ngân hàng mà cá nhân Linh nhờ vay… Ngoài ra, Linh còn chỉ đạo Quỳnh cùng một số cá nhân trong Trung tâm chi tiền ngoại giao, quà tết cấp trên hơn 368 triệu đồng, chi hoa hồng cho chủ đầu tư hơn 825 đồng.
Cơ quan điều tra xác định, số tiền mà Linh, Quỳnh đã có hành vi tham ô tài sản, chiếm đoạt hơn 492 triệu đồng, trong đó Linh chiếm đoạt hơn 452 triệu đồng, Quỳnh chiếm đoạt hơn 40 triệu đồng. Ngoài ra, hành vi tham ô tài sản của Linh và Quỳnh còn gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 192 triệu đồng khi để ngoài doanh thu đối với công trình đo đạc lâm nghiệp ở xã Thủy Phù (thị xã Hương Thủy, Thừa Thiên Huế) và công trình nhà xe Học viện Phật giáo Huế. Đối với hành vi lập khống chứng từ để ngoài sổ sách kế toán, chi ngoại giao, quà biếu, chi hoa hồng của Linh và Quỳnh đã vi phạm quy định về kế toán gây thiệt hại cho Trung tâm gần 1,2 tỷ đồng.
Sau nhiều ngày nghị án kéo dài, HĐXX tuyên phạt Nguyễn Vĩnh Linh 3 năm 6 tháng tù về tội "Tham ô tài sản" và 3 năm 6 tháng tù về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", tổng mức hình phạt chung mà bị cáo phải nhận 7 năm tù. Tòa tuyên phạt bị cáo Nguyễn Như Quỳnh 2 năm tù về tội "Tham ô tài sản" và 3 năm tù về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", tổng mức hình phạt chung 5 năm tù về cả hai tội danh.
Ngoài ra, Tòa buộc các bị cáo phải bồi thường cho Trung tâm Công nghệ thông tin TN&MT hơn 492 triệu đồng do tham ô, chiếm đoạt mà có. Đồng thời, buộc Linh và Quỳnh phải liên đới bồi thường cho Trung tâm số tiền gây thiệt hại hơn 1,2 tỷ đồng; trong đó, bị cáo Linh phải chịu là 60% và bị cáo Quỳnh phải chịu 40%.
Nhân viên cửa hàng quần áo tham ô gần 800 triệu đồng 
