Như Báo CAND đã phản ánh, trọng tài Bùi Quang Thông đã có những tiếng còi lạ trong trận CLB Hà Nội – CLB Khatoko Khánh Hòa ở vòng 3 Super League, khiến cho các cầu thủ và BHL Khánh Hòa cực kỳ bức xúc. Kết quả là sau đó Khánh Hòa đã có công văn tố cáo trọng tài Bùi Quang Thông khi còn là cầu thủ và còn khoác áo CLB Thanh Hóa dự giải hạng 3 toàn quốc đã từng dính vào một nghi án bán độ. Phía Khánh Hòa cho rằng trọng tài Thông không đủ tư cách cầm quân ở Super League.
Trước những lời tố cáo hết sức bất ngờ này, BTC Super League đã lập tức tìm hiểu, xem xét, và theo những thông tin ban đầu thì trọng tài Thông đã thừa nhận việc mình từng liên quan đến một vụ tiêu cực bóng đá, và từng chịu án kỷ luật của Liên đoàn Bóng đá Việt Nam. Tuy nhiên, án kỷ luật từ thời còn làm cầu thủ có khiến ông trọng tài này từ giã sự nghiệp trọng tài hay không thì VPF và VFF sẽ tiếp tục điều tra, xem xét trong thời gian tới. Và để phục vụ cho công tác điều tra, trọng tài Bùi Quang Thông sẽ tạm thời bị đình chỉ hành nghề