Hầu hết, các doanh nghiệp chấp hành tốt việc đấu nối nước thải vào hệ thống xử lý nước thải tập trung của KCN. Nhờ đảm bảo hạ tầng - kỹ thuật nên các chỉ tiêu về chất lượng môi trường (môi trường không khí xung quanh, nước mặt, nước dưới đất, chất lượng nước thải sau xử lý, quản lý chất thải rắn, kiểm soát khí thải…) tại các KKT, KCN ở các ngưỡng cho phép. Tuy vậy, công tác bảo vệ môi trường ở các doanh nghiệp hoạt động trong KKT, KCN trên địa bàn tỉnh vẫn còn nhiều vướng mắc, tiềm tàng nỗi lo.
Thực tế, từ năm 2017 đến nay, qua kiểm tra định kỳ, đột xuất công tác bảo vệ môi trường tại các doanh nghiệp ở KKT Nhơn Hội và các KCN trong tỉnh, Ban quản lý KKT tỉnh Bình Định và các đơn vị liên quan đã phát hiện không ít sai phạm.
Cụ thể, trong năm 2017-2020, đã lập biên bản xử lý vi phạm hành chính, chuyển hồ sơ đề nghị Thanh tra Sở Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) Bình Định xử lý vi phạm hành chính 8 vụ, với tổng số tiền phạt hơn 770 triệu đồng.
Riêng năm 2021, Ban quản lý KKT tỉnh Bình Định cùng các ngành đã phát hiện và chuyển hồ sơ cho Thanh tra Sở TN&MT Bình Định xử phạt hành chính 210 triệu đồng và đình chỉ hoạt động 6 tháng đối với Công ty TNHH MTV Nhật Nam Hưng (gọi tắt là Công ty Nhật Nam Hưng), chuyên sản xuất các sản phẩm nội thất từ chất liệu nhựa giả mây, gỗ...., đóng tại KCN Long Mỹ, TP Quy Nhơn, vì có nhiều vi phạm trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.
Theo đó, công ty này có hành vi thu gom, lưu chứa chất thải rắn không đúng theo cam kết trong hồ sơ kế hoạch bảo vệ môi trường; quá trình vệ sinh mặt bằng không đảm bảo, nguyên liệu và thành phẩm còn lưu chứa nhiều nơi trên mặt bằng kể cả lòng mương thoát nước mưa; diện tích cây xanh chưa đảm bảo theo quy hoạch đã được thỏa thuận và cam kết trong hồ sơ kế hoạch bảo vệ môi trường tại dự án Nhà máy gia công cơ khí đan nhựa giả mây và sản xuất mousse tại Lô AI-13, KCN Long Mỹ.
Công ty Nhật Nam Hưng cũng tự ý lắp đặt và đưa vào hoạt động bổ sung dây chuyền sản xuất (sản xuất thanh nhựa và các kết cấu chi tiết để làm ra các sản phẩm bàn, ghế nhựa) khi chưa lập và được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận hồ sơ kế hoạch bảo vệ môi trường theo quy định tại dự án Nhà máy gia công cơ khí và đan nhựa giả mây tại Lô CI-8.
Tháng 6/2021, Công an tỉnh Bình Định cũng ban hành quyết định về việc tạm đình chỉ hoạt động sản xuất kinh doanh tại 5 nhà xưởng của Công ty Nhật Nam Hưng vì những hành vi vi phạm các quy định về bảo đảm an toàn PCCC...
Ông Nguyễn Thanh Nguyên, Phó trưởng Ban quản lý KKT tỉnh Bình Định, cho biết, thời gian tới, đơn vị sẽ tiếp tục phối hợp với Sở TN&MT, Công an tỉnh… kiểm tra định kỳ, đột xuất việc thực hiện công tác bảo vệ môi trường tại các KKT, KCN, nhất là thu mẫu chất thải, nước thải, khí thải định kỳ, đột xuất đối với các doanh nghiệp và sẽ xử lý kiên quyết nếu phát hiện sai phạm.
Đồng thời, chủ động phối hợp các sở, ngành, địa phương tham mưu UBND tỉnh kiểm soát chặt chẽ việc thu hút các loại hình sản xuất đầu tư trong các KKT, KCN; trong đó, sẽ ưu tiên và chấp thuận dự án đầu tư theo hướng tăng trưởng xanh và phát triển bền vững.
Doanh nghiệp bảo vệ môi trường được ưu đãi thuế 
Nhiều doanh nghiệp tư nhân vi phạm về bảo vệ môi trường 
