Về quy trình phối hợp, liên thông giữa cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế trong đăng ký sử dụng hóa đơn, Nghị định quy định, trường hợp hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện đã hợp lệ, cơ quan đăng ký kinh doanh chia sẻ thông tin đăng ký thành lập của doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện và thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp, chi nhánh cho cơ quan thuế.
Cơ quan thuế chia sẻ thông tin về mã số doanh nghiệp, mã số chi nhánh, văn phòng đại diện, phân cấp cơ quan thuế quản lý trực tiếp được tạo tự động bởi Hệ thống thông tin đăng ký thuế cho cơ quan đăng ký kinh doanh.
Trên cơ sở thông tin do cơ quan thuế phản hồi, cơ quan đăng ký kinh doanh cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện và thông báo về cơ quan thuế quản lý cho doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện. Doanh nghiệp, chi nhánh có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện về việc sử dụng hóa đơn theo quy định của pháp luật.
