Quốc hội quyết nghị phạm vi, quy mô đầu tư khoảng 729 km, chia thành 12 dự án thành phần vận hành độc lập theo hình thức đầu tư công. Trình tự, thủ tục, thẩm quyền thẩm định và quyết định đầu tư các dự án thành phần được thực hiện tương tự như đối với dự án nhóm A theo quy định pháp luật về đầu tư công.
Dự án áp dụng các công nghệ tiên tiến, hiện đại, bảo đảm yêu cầu an toàn, đồng bộ, chất lượng và hiệu quả. Khuyến khích ứng dụng công nghệ cao trong tổ chức thi công, thích ứng với biến đổi khí hậu. Thực hiện hình thức thu phí tự động không dừng trong khai thác, vận hành.
Sơ bộ nhu cầu sử dụng đất của Dự án khoảng 5.481 ha, trong đó đất trồng lúa nước từ hai vụ trở lên khoảng 1.532 ha, đất rừng phòng hộ khoảng 110 ha, đất rừng sản xuất khoảng 1.436 ha. Giải phóng mặt bằng (GPMB) các dự án thành phần theo quy mô 6 làn xe, riêng đối với các dự án thành phần Cần Thơ - Hậu Giang và Hậu Giang - Cà Mau GPMB theo quy mô 4 làn xe.
Quốc hội cũng quyết định, sơ bộ tổng mức đầu tư của Dự án là 146.990 tỷ đồng. Trong đó, giai đoạn 2021 - 2025 bố trí 119.666 tỷ đồng cân đối điều hòa từ nguồn vốn ngân sách nhà nước trong Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 - 2025 và nguồn vốn ngân sách nhà nước để phát triển kết cấu hạ tầng theo Nghị quyết về chính sách tài khóa, tiền tệ vừa được Quốc hội thông qua; và sang giai đoạn 2026 - 2030 bố trí 27.324 tỷ đồng.
Về tiến độ chuẩn bị đầu tư, thực hiện Dự án từ năm 2021, cơ bản hoàn thành năm 2025 và đưa vào khai thác, vận hành từ năm 2026.
Quốc hội giao Chính phủ triển khai tổ chức thực hiện, quản lý và khai thác, vận hành Dự án theo đúng quy định của pháp luật, bảo đảm tiến độ, chất lượng công trình. Quản lý, sử dụng vốn và các nguồn lực tiết kiệm, hiệu quả, phòng chống tham nhũng, tiêu cực. Rà soát, hoàn thiện quy định pháp luật về hình thức thu phí tự động không dừng; xây dựng phương án, tổ chức thực hiện thu hồi vốn đầu tư Dự án để hoàn trả vào ngân sách trung ương.
Theo Báo cáo giải trình của Chủ nhiệm Uỷ ban Kinh tế Vũ Hồng Thanh, một số ý kiến cho rằng theo sơ bộ tổng mức đầu tư của Dự án thì bình quân 175,4 tỷ đồng/km chưa bao gồm chi phí GPMB, tuy nhiên theo Báo cáo của Kiểm toán nhà nước thì tổng mức đầu tư của một số dự án tương tự bình quân là 152,9 tỷ đồng/km, theo đó sơ bộ tổng mức đầu tư của Dự án giảm khoảng 16.330 tỷ đồng so với số liệu đề xuất của Chính phủ, đề nghị giải trình làm rõ.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội (UBTVQH) cho biết, theo quy định pháp luật, tại bước báo cáo nghiên cứu tiền khả thi chỉ xác định sơ bộ tổng mức đầu tư để ước tính chi phí đầu tư xây dựng dự án. Việc tính toán chính xác tổng mức đầu tư, dự toán xây dựng công trình sẽ được tiếp tục thực hiện trong các bước tiếp theo (bước dự án đầu tư, thiết kế kỹ thuật), trên cơ sở điều kiện địa hình, địa chất, thủy văn, khối lượng xây dựng, đơn giá, định mức tại thời điểm thực hiện.
"Thực tế, Dự án xây dựng đường bộ cao tốc Bắc – Nam giai đoạn 2017 – 2020 tại bước nghiên cứu tiền khả thi sơ bộ tổng mức đầu tư là 118.716 tỷ đồng, đến bước nghiên cứu khả thi tổng mức đầu tư là 102.513 tỷ đồng. Theo Báo cáo của Chính phủ, sơ bộ tổng mức đầu tư của Dự án đã được xác định cơ bản phù hợp theo quy định pháp luật", Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế lý giải.
Tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội, UBTVQH đề nghị Chính phủ trong bước nghiên cứu khả thi chỉ đạo các cơ quan liên quan khảo sát chi tiết về địa hình, địa chất... xây dựng chi tiết, chuẩn xác về các giải pháp thiết kế, biện pháp thi công, tính toán khối lượng, đơn giá chi tiết để lập dự toán xây dựng công trình, làm cơ sở để xây dựng giá gói thầu lựa chọn nhà thầu thi công.
Đồng thời, để quản lý chặt chẽ về nguồn vốn, bảo đảm sử dụng tiết kiệm và hiệu quả nguồn vốn đầu tư. Các các cơ quan Thanh tra, Kiểm toán tăng cường công tác thanh tra, kiểm toán để tránh gây thất thoát, lãng phí vốn đầu tư.
Cao tốc Bắc - Nam phía Đông: Chưa cụ thể nhượng quyền, khó đạt mục tiêu thu hồi vốn 
Kiến nghị đầu tư 146.990 tỷ đồng xây dựng cao tốc Bắc - Nam phía Đông 
Xử lý dứt điểm khó khăn thi công cao tốc Bắc - Nam trước 15/1/2022 
