Nhưng dù các cơ quan tố tụng đã thực hiện công tác này một cách thận trọng, chặt chẽ, thì cũng không tránh khỏi việc gây ảnh hưởng đến một bộ phận người dân, doanh nghiệp có hoạt động kinh tế với những công ty trong hệ sinh thái của Tập đoàn VTP. Với những người dân tích cóp cả đời được một số tài sản nhưng bị lừa đảo, trở thành bị hại trong vụ “đại án” này, mang tâm trạng “của đau, con xót”, nóng lòng muốn được nhận lại một phần tài sản cũng đã có những suy nghĩ chủ quan, lệch lạc. Trong đó không ít người đã “đổ thừa” rằng việc các cơ quan tố tụng kê biên, phong tỏa tài sản gây khó khăn đến nghĩa vụ trả nợ cho các bị hại. Song thực tế trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử, các cơ quan tố tụng đã chứng minh điều ngược lại…
Ở giai đoạn 1 của vụ “đại án” “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” liên quan đến Trương Mỹ Lan và các cá nhân, doanh nghiệp trong hệ sinh thái của Tập đoàn VTP, các cơ quan tố tụng đã chứng minh rõ trong quá trình hoạt động, Tập đoàn VTP đã thành lập, xây dựng hơn 1.000 doanh nghiệp, gồm các công ty con, công ty thành viên trong và ngoài nước được chia làm nhiều tầng lớp. Trong đó Tập đoàn VTP giữ vai trò trung tâm. Kết quả điều tra, truy tố, xét xử cho thấy, các bị can giữ vai trò chủ mưu hoặc giúp sức tích cực là đại diện các công ty trong hệ sinh thái của Tập đoàn VTP đã trực tiếp hoặc gián tiếp khiến Ngân hàng SCB âm vốn chủ sở hữu lên đến hơn 443 nghìn tỷ đồng, lỗ lũy kế của SCB là 464 nghìn tỷ đồng thông qua việc nắm giữ cổ phần, chi phối, điều hành hoạt động ngân hàng. Sau đó thành lập các công ty “ma” để tạo lập hồ sơ vay vốn khống nhằm hợp thức hóa việc rút vốn ngân hàng. Quá trình tạo lập hồ sơ vay vốn để rút tiền của Ngân hàng SCB, Trương Mỹ Lan và đồng phạm đã đưa 1.166 mã tài sản để đảm bảo cho 1.284 khoản vay với tổng giá trị đảm bảo đã bị nâng khống, ghi nhận theo giá trị sổ sách lên đến hơn 1,26 triệu tỷ đồng. Trong đó hàng loạt khoản nợ xấu của SCB đã được bán cho VAMC. Khi vụ án được khởi tố, trong số tài sản đảm bảo này, Công ty Thẩm định giá Hoàng Quân chỉ có thể định giá được 726 mã tài sản với giá trị thực khoảng 253,5 nghìn tỷ đồng. Còn lại 440 tài sản, đơn vị thẩm định giá không thể thực hiện do các tài sản là cổ phần, cổ phiếu, quyền tài sản, BĐS không đủ hồ sơ pháp lý. Đánh giá lại các tài sản đảm bảo cho khoản vay để phục vụ quá trình điều tra, chính SCB cũng đã phải thừa nhận có hàng trăm tài sản đảm bảo cho các khoản vay không đủ cơ sở pháp lý.
Quá trình điều tra, truy tố, xét xử giai đoạn 1 của vụ “đại án”, các cơ quan tố tụng đã làm rõ trách nhiệm gây thiệt hại với số tiền cụ thể của từng đối tượng. Trong đó Viện KSND Tối cao đề nghị Trương Mỹ Lan phải bồi thường toàn bộ số tiền thiệt hại lên đến 677.286 tỷ đồng cùng khoản lãi phát sinh từ số tiền thiệt hại trên và đề nghị này đã được Hộ đồng xét xử (HĐXX) chấp thuận. Để đảm bảo nghĩa vụ bồi thường thiệt hại của Trương Mỹ Lan và các đồng phạm sau này, ngay trong quá trình điều tra ở giai đoạn 1 của vụ án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã thu giữ 590 tỷ đồng, gần 15 triệu USD, phong tỏa 42 tài khoản của các đối tượng mở tại ngân hàng với tổng số tiền gần 1.900 tỷ đồng và hơn 8,4 triệu USD. Cơ quan CSĐT Bộ Công an cũng đã tạm giữ, kê biên, ngăn chặn giao dịch một loạt tài sản là bất động sản (BĐS), gồm 1.266 bản chính Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (QSDĐ), Giấy chứng nhận công trình xây dựng; 1.784 bản photo Giấy chứng nhận QSDĐ. Ngoài ra còn tạm giữ danh sách 269 nhà, đất cho thuê, 21 hợp đồng công chứng, 147 thỏa thuận bồi thường các thửa đất và các Giấy chứng nhận QSDĐ tại dự án Bắc Phước Kiển, huyện Nhà Bè, TP Hồ Chí Minh. Cơ quan CSĐT cũng đã kê biên 1.237 BĐS liên quan trực tiếp đến Trương Mỹ Lan, kê biên 61 BĐS và ngăn chặn giao dịch 8 BĐS của các đồng phạm và tổ chức, cá nhân liên quan. Đối với tài sản là cổ phần tại SCB và các công ty liên quan đến Trương Mỹ Lan, Cơ quan CSĐT cũng đã kê biên 857 triệu cổ phần SCB của Trương Mỹ Lan và do các cá nhân khác đứng tên giùm; kê biên hàng trăm triệu cổ phần tại một loạt các công ty có hoạt động kinh tế với Trương Mỹ Lan. Đến giai đoạn truy tố, Viện KSND Tối cao cũng đã tiếp tục thu giữ từ các bị can số tiền hơn 55 tỷ đồng.
HĐXX sơ thẩm giai đoạn 1 của vụ án nhận định, đối với 658 BĐS do các công ty thuộc hệ sinh thái của Tập đoàn VTP đứng tên hoặc giao cho các cá nhân đứng tên hộ, về bản chất đều là tài sản của Trương Mỹ Lan nên cần tiếp tục kê biên, xử lý để đảm bảo nghĩa vụ thi hành án cho Trương Mỹ Lan trong toàn bộ vụ án. Với 76 BĐS tại huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai đã bị kê biên, HĐXX xét thấy số tài sản này có dấu hiệu liên quan đến hành vi sai phạm của một số cá nhân đứng tên hộ cho Trương Mỹ Lan, cần phải tách ra để giải quyết trong một vụ án khác nên cần tiếp tục kê biên, giao cho Cơ quan CSĐT Bộ Công an làm rõ, xử lý sau. Về 475 BĐS liên quan đến Công ty CP Quốc Cường Gia Lai (QCGL), gồm 301 Giấy chứng nhận QSDĐ; 21 hợp đồng công chứng; 147 thỏa thuận bồi thường các thửa đất tại xã Phước Kiểng, huyện Nhà Bè và 6 Giấy chứng nhận QSDĐ tại xã Phong Phú, huyện Bình Chánh, TP Hồ Chí Minh đã được Trương Mỹ Lan sử dụng Công ty Sunny ký hợp đồng hứa mua, hứa bán dự án với Công ty QCGL với giá 14.800 tỷ đồng. Sau khi Công ty Sunny thanh toán cho Công ty QCGL 2.882 tỷ đồng, hai bên tranh chấp tại Trung tâm trọng tài quốc tế và ngày 5/12/2023, TAND TP Hồ Chí Minh đã ra quyết định hủy phán quyết trên của Trung tâm trọng tài quốc tế. Từ đó HĐXX cho rằng, để đảm bảo quyền lợi cho Nhà nước và các bên liên quan, cũng như để buộc Công ty QCGL phải hoàn trả lại toàn bộ số tiền đã nhận của Trương Mỹ Lan để bị cáo này khắc phục hậu quả cho vụ án, số BĐS trên cần tiếp tục kê biên. Đối với 2 BĐS tại tỉnh Long An do Công ty Phú An đứng tên sở hữu, hồ sơ vụ án thể hiện Công ty Phú An và đại diện doanh nghiệp này có giao dịch với Trương Mỹ Lan, hiện còn nợ Trương Mỹ Lan 145 tỷ đồng cùng 1.000 lượng vàng SJC nên HĐXX đề nghị tiếp tục kê biên nhằm buộc Công ty Phú An và đại diện doanh nghiệp nộp lại số tiền này cho nghĩa vụ bồi hoàn của Trương Mỹ Lan. Ngoài ra, một loạt BĐS khác như biệt thự cổ ở số 110-112 Võ Văn Tần, quận 3; tòa nhà ở số 19-25 Nguyễn Huệ, quận 1; khu đất tại phường Tân Phú, quận 7 cũng tiếp tục được HĐXX đề nghị kê biên.
Liên quan đến hơn 18 triệu cổ phần, chiếm hơn 70% cổ phần của Công ty T&H Hạ Long, 3 BĐS của Công ty T&H Hạ Long và 8 BĐS thuộc sở hữu của Công ty Âu Lạc, sau khi phân tích các chứng cứ thể hiện giao dịch của các bên trong hồ sơ vụ án, HĐXX đề nghị tiếp tục kê biên để đảm bảo thu hồi số tiền hơn 6.095 tỷ đồng Trương Mỹ Lan đã chuyển cho 2 công ty trên. Đồng thời, từ các chứng cứ trong vụ án, HĐXX đề nghị kê biên hơn 116 triệu cổ phần, chiếm 96% số cổ phần tại Công ty địa ốc Đông Á; kê biên hơn 69% cổ phần tại Satsco miền Nam, 49% cổ phần tại Satsco miền Bắc và 49% cổ phần tại Satsco Phú Quốc nhằm đảm bảo việc thu hồi tiền cho nghĩa vụ khắc phục hậu quả của Trương Mỹ Lan.
Về hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản thông qua việc phát hành trái phiếu khống trong giai đoạn 2 của vụ “đại án” trên, Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định cho đến khi khởi tố vụ án, có 35.824 bị hại là nhà đầu tư đang sở hữu 25 mã trái phiếu của 4 công ty trong hệ sinh thái của Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, gồm các Công ty An Đông, Quang Thuận, Sunny World và Setra. Tổng số lượng trái phiếu khống do 4 công ty trên phát hành lên đến 308,6 triệu trái phiếu nhằm huy động vốn, chiếm đoạt số tiền hơn 30 nghìn tỷ đồng. Trong đó, các cơ quan tố tụng đã chứng minh, làm rõ là đến ngày khởi tố vụ án, Công ty An Đông còn dư nợ hơn 24.969 tỷ đồng của 30.738 nhà đầu tư (bị hại) nhưng không có khả năng thanh toán do đã sử dụng số tiền trên không đúng mục đích phát hành. Công ty Sunny Word còn dư nợ 1.612 tỷ đồng của 6 nhà đầu tư nhưng không có khả năng thanh toán; Công ty Quang Thuận còn dư nợ 1.500 tỷ đồng của 2.649 bị hại nhưng không còn khả năng thanh toán và Công ty Setra còn dư nợ 2.000 tỷ đồng của 2.431 bị hại nhưng mất khả năng chi trả.
Nhằm bảo đảm quyền lợi cho số bị hại rất lớn trên, trong quá trình điều tra vụ án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã nhiều lần ra thông báo tìm bị hại và ra các quyết định điều tra gửi đến Cơ quan CSĐT Công an 58 tỉnh, thành phố trên cả nước để lấy lời khai của toàn bộ các bị hại và làm rõ yêu cầu của họ. Do sồ tiền thu giữ của các đối tượng trong giai đoạn điều tra, truy tố, xét xử chỉ ở mức hơn 408 tỷ đồng, chiếm tỷ lệ rất nhỏ so với thiệt hại Trương Mỹ Lan và đồng phạm đã gây ra, nên Cơ quan CSĐT đã phong tỏa ngay 79 tài khoản của Trương Mỹ Lan và các đồng phạm với tổng số tiền hơn 92 tỷ đồng. Tiến hành ngăn chặn giao dịch đối với 205 tài khoản thanh toán, số tiết kiệm, tài khoản chứng khoán của các bị can và pháp nhân liên quan với tổng số tiền hơn 824 tỷ đồng và 261 nghìn USD. Đồng thời kê biên, ngăn chặn giao dịch với nhiều tài sản là cổ phần, phần vốn góp liên quan đến Trương Mỹ Lan và các bị can tại một loạt các công ty cùng nhiều nhà, đất liên quan đến Trương Mỹ Lan và các đồng phạm.
“Đại án” Vạn Thịnh Phát giai đoạn 2: Bị cáo Trương Mỹ Lan lãnh án chung thân 
