Những bị cáo có đơn xin kháng cáo gồm: Lương Văn Hóa (cựu Chủ tịch HĐQT, kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long); Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long) và Nguyễn Nam Liên (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, cựu Phó Trưởng ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế). Cả 3 bị cáo đều kháng cáo đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm xem xét giảm nhẹ trách nhiệm hình sự.
Ngoài ra, Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long và một số bên có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan cũng có đơn kháng cáo về phần dân sự.
Trước đó, TAND TP Hà Nội đã xử phạt bị cáo Lương Văn Hóa 9 năm tù; bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải 6 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; bị cáo Nguyễn Nam Liên 24 tháng tù về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiệm trọng”.
Trong vụ án này, bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (cựu Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long, Chi nhánh TP Hồ Chí Minh) bị tuyên phạt 5 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Ở nhóm tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, các bị cáo: Nguyễn Việt Hùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế) bị tuyên phạt 5 năm 6 tháng tù; Dương Huy Liệu (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế) bị tuyên phạt 24 tháng tù, cho hưởng án treo; bị cáo Cao Minh Quang (cựu Thứ trưởng Bộ Y tế) bị tuyên phạt 30 tháng tù, cho hưởng án treo và bị cáo Phạm Thị Minh Nga (chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế) 15 tháng tù, cho hưởng án treo.
Bản án sơ thẩm xác định, bị cáo Lương Văn Hóa là người chịu trách nhiệm chính trong việc thực hiện hợp đồng sản xuất thuốc Oseltamivir với Bộ Y tế. Bị cáo Hóa biết rõ các quy định của pháp luật về việc quản lý giá đối với hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng bằng nguồn ngân sách nhà nước và điều khoản của hợp đồng sản xuất thuốc với Bộ Y tế.
Mặc dù Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu, nhưng bị cáo Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hạch toán kế toán trái quy định, lập thư giãn nợ, hợp thức hồ sơ thanh toán báo cáo sai sự thật với Bộ Y tế che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu, nhằm giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD để sử dụng tại công ty, gây thiệt hại ngân sách Nhà nước.
Cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang có trách nhiệm kiểm tra việc chấp hành cơ chế quản lý giá đối với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bị cáo Quang biết Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán số tiền hơn 3,8 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ.
Sau đó, Bộ Tài chính có công văn đề nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra làm rõ bản chất số tiền Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long chậm trả nhà cung cấp nguyên liệu hay đã được giảm giá để có biện pháp thu hồi cho Nhà nước. Tuy nhiên, bị cáo không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, gây thiệt hại cho Nhà nước với số tiền hơn 3,8 triệu USD.
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang xin giảm nhẹ hình phạt 
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang lo không đủ sức khỏe để chấp hành bản án 
