Nhằm hủy diệt căn cứ địa này, địch đã tập trung lực lượng, rải đồn bốát khắp nơi và mở các chiến dịch càn quét lớn. Nhưng, nguy hiểm hơn chính là hệ thống tình báo gián điệp, chỉ điểm công khai và bí mật dày đặc cùng 2 chiến dịch tình báo lớn nhất, thâm độc nhất trong lịch sử chiến tranh bí mật mà Mỹ và chính quyền Sài Gòn phát động.
Khi nhiều gia đình do không chịu nổi chế độ hà khắc của Mỹ và chính quyền Sài Gòn, đã rời bỏ xóm ấp chạy vào rừng U Minh sinh sống, thì "làng rừng" đã ra đời. Lực lượng An ninh trên địa bàn đã đề xuất với Khu ủy và các Tỉnh ủy giúp đỡ bà con tạo dựng cuộc sống, tổ chức họ thành từng nhóm, vừa sản xuất vừa chiến đấu. Gần 20 "làng chiến đấu" đã trở thành những trạm liên hoàn bảo vệ vòng ngoài căn cứ địa, đánh đuổi các toán biệt kích, thám báo và là địa điểm an toàn để lực lượng vũ trang, các cơ quan kháng chiến trú quân. Khi vùng giải phóng mở rộng, bà con trở về quê hương, các "làng rừng" U Minh lại trở thành nơi tăng gia sản xuất của các cơ quan kháng chiến.
Nhiệm vụ bảo vệ căn cứ địa trên chiến trường Khu IX vô cùng khó khăn. Lực lượng An ninh Khu IX đã quán triệt sâu sắc quan điểm dựa vào dân để có thể hoàn thành được nhiệm vụ. Để tổ chức quần chúng tham gia chống địch, An ninh Khu IX đã xây dựng tổ chức An ninh vũ trang, có nhiệm vụ vừa bảo vệ căn cứ, vừa diệt ác phá kềm, hướng dẫn quần chúng đứng lên phá ấp chiến lược. Đến năm 1963, tại Khu IX, đơn vị Trinh sát vũ trang chính thức thành lập, vừa làm nhiệm vụ bảo vệ căn cứ địa và tổ chức đánh địch trong lòng địch, vừa dẫn dắt quần chúng diệt ác phá kềm, phá chính quyền cơ sở của địch.
Với kinh nghiệm thực tiễn của các Ban Địch tình bảo vệ Xứ uỷ, An ninh Khu IX xác định rõ: muốn bảo vệ được ta, thì phải chủ động đánh địch; muốn chủ động đánh địch, thì phải hiểu và nắm được địch. Tin tức thu được đã giúp ta chủ động triển khai thế trận chống địch càn quét, giúp Khu uỷ nắm chắc âm mưu, ý đồ của địch trên chiến trường, chỉ đạo kháng chiến thắng lợi.
Lực lượng An ninh Khu IX còn phối hợp chặt chẽ với đơn vị HN75, Đoàn 125 xây dựng những "vành đai an toàn" ở khu vực bến bãi kho tàng đón đoàn tàu không số, chở vũ khí từ miền Bắc vào, giữ được bí mật tuyệt đối và triển khai thắng lợi công tác chống gián điệp, chỉ điểm.
Kết thúc chiến tranh, đã có hơn 300 cán bộ, chiến sỹ An ninh Khu IX mãi nằm lại chiến trường, trong đó nhiều anh chị quê ở miền Bắc tình nguyện vào tham gia chiến đấu.
Ghi nhận công lao của các thế hệ An ninh Khu IX thời kỳ chống Mỹ, cứu nước, Đảng, Nhà nước đã tặng danh hiệu Anh hùng LLVTND cho tập thể Ban An ninh và 2 đồng chí nguyên là lãnh đạo chủ chốt của An ninh Khu IX. 42 đồng chí nguyên là cán bộ An ninh khu đã được đảm nhiệm những trọng trách trong cơ quan Đảng, Nhà nước và Bộ Công an. Quá khứ hào hùng này sẽ mãi là nguồn động viên to lớn để các thế hệ an ninh tiếp tục nối bước cha anh, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ trong chặng đường mới
