Theo Beckenbauer thì hiện tại, trong tư cách HLV trưởng CLB Bayern Munich (Đức), Guardiola đã không biết cách sử dụng tài năng trẻ Mario Gotze một cách hợp lý. Beckenbauer phân tích: "Ai cũng thấy là cậu ta có những tố chất đặc biệt để trở thành một tiền vệ trung tâm xuất sắc, nhưng không hiểu sao Guardiola lại ép cậu ấy phải đá cánh. Theo tôi, nếu cứ thế này, không loại trừ khả năng chúng ta sẽ làm hỏng một tài năng lớn của nền bóng đá".
Trong nửa mùa giải khoác áo Bayern, Gotze đã ra sân tổng cộng 14 lần, ghi được 6 bàn thắng nhưng điều đáng nói là anh không có được một vị trí chính thức trong đội hình thi đấu như kỳ vọng trước đó của các fan hâm mộ. Có lẽ việc phải đối diện với chấn thương đã khiến Gotze không còn xuất sắc như hồi còn khoác áo Dortmund.
Trở lại với những chỉ trích của Beckenbauer, hiện tại Guardiola chưa đưa ra bất cứ lời đáp trả nào. Theo bình luận của báo chí Đức thì vị thế số 1 giải VĐQG cùng một hình ảnh thực sự mạnh mẽ ở đấu trường châu lục mà Bayern đang có khiến Guardiola hoàn toàn có thể "im lặng kiêu hãnh" trước lời chỉ trích của một trong những nhân vật uy tín nhất trong lịch sử bóng đá Đức
