Khung hình phạt của tội danh này từ 12 năm đến hai mươi năm, tù chung thân hoặc tử hình. Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, Công ty Giao thông vận tải là doanh nghiệp Nhà nước được thành lập theo quyết định của Bộ Giao thông Vận tải.
Với cương vị là Kế toán trưởng Công ty Giao thông vận tải, Tỉnh đã nhiều lần ra Ngân hàng Agribank nhận tiền vay, rút tiền gửi của công ty tại ngân hàng này nhưng không nhập ngay vào quỹ công ty và nhiều lần vay tiền ở quỹ công ty (105 lần vay tiền mặt và 5 lần vay phiếu thu) với số tiền gần 4,8 tỷ đồng để chi tiêu nhiều mục đích khác nhau. Vay tiền từ quỹ công ty để tự ý chi tiêu vào việc gì thủ quỹ không được biết, với số tiền tổng cộng gần 4,8 tỷ đồng.
Sau đó, Tỉnh thanh toán và trả cho công ty được hơn 4 tỷ đồng. Còn lại số tiền gần 700 triệu đồng, Tỉnh đã chi tiêu nhưng không có chứng từ và không chứng minh được đã chi số tiền trên vào việc gì.
Viện KSND Tối cao khẳng định, với trách nhiệm Kế toán trưởng công ty, bị can Tỉnh phải chịu trách nhiệm kiểm soát hoạt động tài chính của công ty theo đúng quy định của pháp luật, chấp hành nghiêm chỉnh chế độ hạch toán kế toán theo quy định của Pháp lệnh Kế toán - Thống kê (nay là Luật Kế toán).
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, bị can Tỉnh đã không chấp hành đúng quy định mà đã thực hiện các hành vi nhận tiền nhiều lần từ ngân hàng, đơn vị và cá nhân nhưng không nhập vào quỹ công ty, sau đó chỉ đạo cán bộ dưới quyền lập khống chứng từ nhập quỹ để hợp thức việc sử dụng tiền của công ty.
Hành vi tham ô tài sản của bị can Tỉnh được thực hiện qua việc rất nhiều lần tự ý vay tiền từ quỹ chi tiêu không theo quy định, chỉ đạo lập khống chứng từ chi khống và thanh toán khống hóa đơn giả để hợp thức hóa cho phiếu chi khống trên sổ sách nhằm tất toán khoản tiền gần 700 triệu đồng ra khỏi Công ty Giao thông vận tải để sử dụng các mục đích khác mà không chứng minh được bằng hóa đơn, chứng từ hợp lệ.
Quá trình điều tra, Viện KSND Tối cao còn xác định, ông Phạm Anh Tuấn, Giám đốc Công ty Giao thông vận tải đã nhiều lần cùng với bị can Tỉnh thực hiện hành vi ứng tiền ở quỹ Công ty Giao thông vận tải nói là để phục vụ sản xuất kinh doanh, nhưng không có chứng từ chứng minh điều đó là sự thật. Hành vi của ông Tuấn có dấu hiệu của tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng. Nhưng do hậu quả đã được khắc phục nên Viện KSND Tối cao đã đình chỉ điều tra bị can, chuyển xử lý hành chính đối với ông Tuấn.
Liên quan đến vụ án này còn có các ông, bà Nguyễn Anh Tuấn, Hồng Phú Cường, Phó Giám đốc Công ty Giao thông vận tải; Trịnh Thị Hậu, Phó trưởng Phòng Kế toán Công ty Giao thông vận tải; Bùi Mai Khanh, Ngô Thị Liên, thủ kho Công ty Giao thông vận tải và một số người khác trong công ty đã có hành vi ký khống các hóa đơn chứng từ.
Nhưng quá trình điều tra, cơ quan điều tra xét thấy những người này chỉ thực hiện theo lệnh cấp trên hoặc làm giúp mà không biết mục đích của người sử dụng, không được bàn bạc ăn chia hưởng lợi với Tỉnh, do đó cơ quan CSĐT Bộ Công an không khởi tố bị can đối với những người này mà chỉ yêu cầu xử lý hành chính.
