Trong vụ án, các bị cáo Nguyễn Chiến Thắng (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa), Lê Đức Vinh (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa), Đào Công Thiên (cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa) và Võ Tấn Thái (cựu Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường (cũ) tỉnh Khánh Hòa) bị truy tố về tội “Vi phạm các quy định về quản lý đất đai”.
Cùng bị truy tố về tội danh trên là bị cáo Nguyễn Duy Cường (cựu Thiếu tướng, cựu Hiệu trưởng Trường Sĩ quan không quân) và bị cáo Hoàng Viết Quang (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Cục trưởng Cục Tác chiến - Bộ Quốc phòng).
Ba bị cáo Nguyễn Văn Hậu (cựu Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Tập đoàn Phúc Sơn), Nguyễn Thị Hằng (chị gái Hậu, Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Phúc Sơn) và Trần Hữu Định (bạn thân Hậu, Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư Nam Á) bị truy tố về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương, vụ án này liên quan việc quản lý, sử dụng sân bay Nha Trang (cũ) có diện tích hơn 238 ha - khu đất giáp đường biển Trần Phú đẹp nhất tỉnh Khánh Hòa, thuộc quyền quản lý của Trường Sĩ quan không quân. Trong đó, khu hiệu bộ chiếm hơn 52 ha; gần 186 ha còn lại do Trung đoàn 920 quản lý, được xếp vào danh mục tài sản đặc biệt phục vụ nhiệm vụ quốc phòng.
Cùng với quá trình phát triển kinh tế - xã hội của Khánh Hòa, nhu cầu khai thác quỹ đất khu vực trung tâm Nha Trang ngày càng cấp bách, ngày 11/9/2009, Bộ Quốc phòng và UBND tỉnh Khánh Hòa ký tờ trình gửi Thủ tướng Chính phủ xin chủ trương chuyển đổi mục đích sử dụng đất và được đồng ý.
Năm 2014, Thủ tướng có ý kiến chỉ đạo, giao Bộ Quốc phòng chủ trì phối hợp với tỉnh Khánh Hòa và các cơ quan liên quan thống nhất phương án khai thác đất để hoàn vốn cho dự án BT (xây dựng - chuyển giao) Sân bay Phan Thiết và cơ sở hạ tầng cho Trung đoàn 920 tại Cam Ranh. Điều kiện kèm theo là toàn bộ quá trình chuyển nhượng, giao đất phải thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Năm 2015, Chính phủ cho phép chuyển giao khoảng 186 ha đất quốc phòng tại Sân bay Nha Trang cho tỉnh Khánh Hòa. Tháng 4/2015, tỉnh Khánh Hòa phê duyệt quy hoạch Dự án Khu đô thị - Trung tâm thương mại - Dịch vụ - Tài chính - Du lịch Nha Trang, chủ đầu tư là Tập đoàn Phúc Sơn (không qua đấu thầu).
Từ năm 2015 đến 2024, hai cựu Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa là Nguyễn Chiến Thắng và Lê Đức Vinh các bị cáo khác đã thực hiện các hành vi vi phạm quy định về quản lý đất đai.
Thời điểm này, Chính phủ, Quân ủy Trung ương và Bộ Quốc phòng đã có chủ trương đồng ý chuyển mục đích sử dụng đất tại Sân bay Nha Trang từ đất quốc phòng sang phục vụ phát triển kinh tế - xã hội địa phương, nhưng Thủ tướng chưa phê duyệt phương án sắp xếp, xử lý cơ sở nhà, đất.
Trong quá trình chuyển giao khoảng 186 ha đất quốc phòng tại Sân bay Nha Trang cho UBND tỉnh Khánh Hòa, các bị cáo làm trái trình tự, thủ tục quy định của pháp luật, không đúng ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng và quan điểm thống nhất giữa Bộ Quốc phòng với UBND tỉnh Khánh Hòa.
Theo đó, gần 63 ha đất quốc phòng đã được bàn giao trái phép cho Tập đoàn Phúc Sơn thực hiện dự án trái quy định, gây thiệt hại cho Nhà nước trong quản lý, sử dụng đất quốc phòng.
Cáo trạng xác định, Nguyễn Văn Hậu dù biết đất quốc phòng tại Sân bay Nha Trang chưa được Thủ tướng sắp xếp cơ sở nhà đất, chưa có quyết định thu hồi đất, quyết định giao đất; dự án Khu trung tâm đô thị Thương mại - Dịch vụ - Tài chính - Du lịch Nha Trang chưa được tỉnh phê duyệt quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500 và chưa cấp phép xây dựng, nhưng vẫn chỉ đạo nhân viên trong công ty tổ chức truyền thông, giới thiệu dự án đã đủ thủ tục pháp lý.
Sau đó, Tập đoàn Phúc Sơn đã phân phối bán hàng; ký 983 hợp đồng tiến trình chuyển nhượng quyền sử dụng đất với 683 cá nhân, chiếm đoạt hơn 7.000 tỷ đồng.
Trần Hữu Định và Nguyễn Thị Hằng đã giúp Nguyễn Văn Hậu hợp thức các chứng từ kế toán trong quá trình Tập đoàn Phúc Sơn ký 211 hợp đồng, đứng tên nộp 10% giá trị hợp đồng, để ngoài sổ sách kế toán 1.000 tỷ đồng, chuyển cho Hậu và chị gái Hậu để mua vàng, gửi tiết kiệm.
Quá trình điều tra, Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng đã kê biên, tạm giữ tài sản của Nguyễn Văn Hậu, Trần Hữu Định, Nguyễn Thị Hằng cùng các cá nhân, công ty liên quan.
Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương đã ra quyết định tạm giữ 1.422 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đứng tên các tổ chức, cá nhân; một ôtô Mercedes S600 đăng ký tên Tập đoàn Phúc Sơn; 500 miếng vàng của Nguyễn Văn Hậu; 33 miếng vàng của Nguyễn Thị Hằng; cùng toàn bộ số tiền của Nguyễn Văn Hậu còn lại.
Viện kiểm sát ghi nhận việc Nguyễn Văn Hậu đề nghị bán 501 miếng vàng để nộp 60 tỷ đồng khắc phục hậu quả nên đã ra quyết định trả lại số vàng này cho Hậu. Hiện, Hậu đã nộp số tiền trên vào tài khoản của cơ quan thi hành án.
Làm việc với cơ quan điều tra, Nguyễn Văn Hậu khai, sau khi công ty được giao đất và chuyển nhượng đất thành công, vào các dịp lễ, tết, có đưa quà cho cựu Thiếu tướng Hoàng Viết Quang để cảm ơn. Quá trình điều tra, bị can Hoàng Viết Quang nhận thức được hành vi sai phạm và tự nguyện nộp lại 4 tỷ đồng.
Hậu “Pháo” chiếm đoạt hơn 7.000 tỷ đồng từ việc bán đất Sân bay Nha Trang như thế nào? 
Bắt thêm 2 đối tượng trong vụ lừa bán đất Sân bay Quốc tế Phú Quốc 
