Theo báo cáo Chính phủ của Bộ Giao thông Vận tải, đến nay, còn tồn tại 4 trạm thu phí BOT chưa xử lý bất cập nên chưa được thu phí (trạm thu phí La Sơn - Túy Loan; trạm thu phí Bỉm Sơn; trạm thu phí QL3; trạm thu phí trên QL91) và 4 dự án BOT giảm doanh thu lớn, sụt phá vỡ phương án tài chính (Dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng đường Hồ Chí Minh đoạn km1738+148 - km1763+610; Dự án xây dựng công trình cầu Thái Hà; Dự án cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc; Dự án đầu tư xây dựng công trình cầu Việt Trì - Ba Vì nối quốc lộ 32 với quốc lộ 32C).
Riêng đối với trạm thu phí La Sơn - Túy Loan (hoàn vốn cho Dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả), Bộ GTVT cho biết, tuyến đường bộ cao tốc đoạn La Sơn - Túy Loan được đầu tư theo hình thức BT, quy mô đầu tư phân kỳ 2 làn xe, hướng tuyến song song với quốc lộ 1 đoạn qua đèo Hải Vân.
Sau khi đầu tư bổ sung hạng mục hầm Cù Mông và mở rộng hầm Hải Vân vào dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả, để bảo đảm hiệu quả tài chính, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý thành lập trạm thu phí trên tuyến La Sơn - Túy Loan để thu phí hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả.
Theo Bộ GTVT việc đặt trạm thu phí trên tuyến La Sơn - Túy Loan (đầu tư bằng ngân sách Nhà nước) để hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả sẽ bất cập do "đầu tư một nơi, thu phí một nơi", có thể gây phản ứng của người tham gia giao thông. Để giải quyết bất cập tại trạm La Sơn - Túy Loan, Bộ GTVT kiến nghị Chính phủ không sử dụng trạm thu phí La Sơn - Túy Loan để hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả, bổ sung vốn Nhà nước (khoảng 2.280 tỷ đồng) để hỗ trợ cho dự án.Đối với tuyến cao tốc La Sơn - Túy Loan, giao Bộ GTVT phối hợp với Bộ Tài chính xây dựng Đề án thu phí trình cấp có thẩm quyền thông qua để thu hồi vốn nộp ngân sách Nhà nước.
Siết chặt chống gian lận, thất thoát doanh thu dự án BOT 
