Từ năm 2012, Ngô Văn Phát đứng ra thành lập Công ty CPTM Xăng dầu Phát (Công ty Xăng dầu Phát) và làm Chủ tịch Hội đồng quản trị. Đến tháng 2/2016, Công ty đăng ký thay đổi lần thứ 8, bổ nhiệm Giám đốc là Vũ Xuân Bảy, cũng là người đại diện pháp luật của Công ty.
Trong khoảng thời gian từ năm 2014 đến tháng 8/2020, Ngô Văn Phát chỉ đạo Giám đốc Vũ Xuân Bảy cùng Kế toán trưởng Nguyễn Thị Loan và một số nhân viên trực tiếp đứng tên thành lập hoặc thuê người đứng tên thành lập 22 công ty “ma”, nhằm mục đích thực hiện hành vi bán trái phép hóa đơn GTGT. Để tránh sự phát hiện của các cơ quan chức năng, Phát “dầu” đã chỉ đạo các thuộc cấp tuyển người, thuê giám đốc, đứng tên giám đốc các công ty. Đồng thời, Phát phân công nhiệm vụ cụ thể cho từng người để tham gia các phần việc có liên quan đến hoạt động bán trái phép hóa đơn.
Cụ thể, các đối tượng này hợp thức hóa mua bán trái phép hóa đơn GTGT không có hàng hóa kèm theo bằng cách thỏa thuận với khách hàng về việc chuyển tiền qua tài khoản ngân hàng. Nếu khách mua hóa đơn tự chuyển khoản thì Nguyễn Thị Loan sẽ chỉ đạo các kế toán viết, đóng dấu khống séc rút tiền, ủy nhiệm chi trước rồi đưa lại cho khách mua hóa đơn để thực hiện việc tự rút tiền, chuyển tiền. Nếu khách mua hóa đơn yêu cầu thì các đối tượng chỉ đạo nhân viên rút tiền rồi đem giao lại cho khách mua hóa đơn. Còn nếu phải tự chuyển khoản thì Loan chỉ đạo nhân viên ra ngân hàng nộp tiền vào tài khoản của khách hàng, sau đó dùng ủy nhiệm chi của khách mua hóa đơn (đã ký, đóng dấu khống) để chuyển số tiền vừa nộp từ tài khoản của khách hàng về tài khoản của các công ty “ma” rồi chỉ đạo các nhân viên dùng séc rút tiền về…
Kết quả điều tra cho thấy, khi Cơ quan Công an khám xét khẩn cấp nơi ở của Ngô Văn Phát đã thu giữ được hóa đơn, chứng từ, hợp đồng mua bán, giấy tờ cá nhân, thiết bị điện tử (máy tính, điện thoại di động…) có liên quan đến hoạt động bán trái phép hóa đơn GTGT. Các đối tượng cũng đã khai nhận bán trái phép hóa đơn với giá trung bình là 1% doanh số hàng hóa (chưa tính thuế GTGT 10%).
Ngoài hành vi thành lập 22 công ty để bán trái phép hóa đơn, Giám đốc Vũ Xuân Bảy còn trực tiếp chỉ đạo cấp dưới dùng hóa đơn khống của 7 công ty xuất 271 số hóa đơn GTGT khống với tổng doanh số trước thuế là hơn 279 tỷ đồng, tổng tiền thuế GTGT là gần 28 tỷ đồng cho Công ty Xăng dầu Phát để hợp thức hóa đầu vào cho số xăng dầu đã mua trôi nổi trên thị trường.
Căn cứ vào tài liệu điều tra, xác minh tại các nhà in hóa đơn GTGT, Cơ quan Thuế có đủ cơ sở xác định tổng số hóa đơn GTGT khống của 22 công ty “ma” đã sử dụng để bán trái phép là 25.125 số hóa đơn GTGT, với tổng doanh số hàng hóa dịch vụ bán khống là hơn 17 nghìn tỷ đồng. Cùng với đó là 271 hóa đơn GTGT có giá trị 279 tỷ đồng xuất khống cho Công ty Xăng dầu Phát, để hợp thức hóa nguồn hàng hóa đầu vào nhằm mục đích trốn thuế.
Sau khi trừ đi các khoản chi phí để phục vụ cho việc tổ chức bán trái phép hóa đơn GTGT khống, số tiền thu lợi bất chính của Ngô Văn Phát được xác định là hơn 161 tỷ đồng. Cơ quan Công an đã làm việc và thực hiện lệnh phong tỏa các tài khoản ngân hàng và ra lệnh kê biên tài sản đối với ngôi biệt thự tại số 9 Lê Hồng Phong của Ngô Văn Phát.
Căn cứ kết quả điều tra, ngày 12/5/2021, VKSND TP Hải Phòng đã ban hành cáo trạng truy tố Ngô Văn Phát cùng đồng bọn về tội “Mua bán trái phép hóa đơn”.
Tại phiên tòa, các bị cáo đã khai nhận toàn bộ hành vi phạm tội của mình, trong đó Ngô Văn Phát trình bày có đủ điều kiện và rất mong muốn được nộp lại toàn bộ số tiền thu lợi bất chính. Tuy nhiên, do đang bị tạm giam, không thể thực hiện được việc xử lý tài sản là các bất động sản để lấy tiền, do đó, bị cáo đề nghị được chuyển toàn bộ số tiền Cơ quan điều tra đã thu giữ và phong tỏa tại các tài khoản ngân hàng của mình để trừ vào số tiền thu lợi bất chính còn phải nộp.
Với những hành vi phạm tội trên, TAND TP Hải Phòng quyết định xử phạt Ngô Văn Phát 24 tháng tù về tội “Mua bán trái phép hóa đơn”. Do bị cáo Phát mới nộp được hơn 26,5 tỷ khắc phục hậu quả, vẫn còn hơn 135 tỷ phải thi hành án nên tòa biệt thự của “đại gia” này ở số 9 đường Lê Hồng Phong tiếp tục được kê biên để đảm bảo thi hành án. Ngoài ra, 5 đối tượng còn lại trong vụ án cũng phải chịu mức án từ 12- 20 tháng tù cho cùng tội danh “Mua bán trái phép hóa đơn”.
TAND TP Hải Phòng đánh giá, với việc sử dụng hóa đơn GTGT từ các doanh nghiệp “ma” để hợp thức hóa số lượng xăng dầu cho chính Công ty Xăng dầu Phát để trốn 27 tỷ đồng tiền thuế, Ngô Văn Phát có dấu hiệu phạm tội “Trốn thuế”, nhưng do bị cáo đã chịu tình tiết định khung “gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước” khi xử lý tội “Mua bán trái phép hóa đơn” nên không bị xem xét trách nhiệm hình sự tội trốn thuế. Giám đốc Vũ Xuân Bảy và Kế toán trưởng Nguyễn Thị Loan là đồng phạm tích cực của Ngô Văn Phát trong vụ án này tiếp tục được Cơ quan Cảnh sát điều tra (Công an TP Hải Phòng) khởi tố vụ án, khởi tố bị can để điều tra thêm tội "Trốn thuế".
