Để tiếp tục làm rõ sai phạm trong vụ án này, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã yêu cầu Công ty CP đầu tư và quản lý nguồn điện Việt Nam giải trình, cung cấp thông tin, tài liệu về vai trò, trách nhiệm đối với Dự án nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 1, 2, 3, 4 và 5 tại tỉnh Bình Phước. Đồng thời yêu cầu Công ty CP hệ thống kỹ thuật ứng dụng giải trình về vai trò, trách nhiệm, cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến việc cấp giấy phép hoạt động điện lực, công nhận ngày vận hành thương mại cho Công ty CP năng lượng Lộc Ninh, Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 2 và Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3.
Công ty mua bán điện, Trung tâm điều độ hệ thống điện quốc gia cũng được yêu cầu cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến Dự án nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 1, 2, 3, 4 và 5. Ngoài ra, các cơ quan khác như Cục Điều tiết điện lực và Tổng Công ty truyền tải điện quốc gia cũng được yêu cầu cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến các dự án trên.
Kết luận điều tra bổ sung xác định, đối với hành vi “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” trong việc Cục thuế tỉnh Bình Phước giải quyết hoàn thuế VAT cho Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3, Cơ quan ANĐT xác định, chỉ trong vòng 3 tháng, từ tháng 10-12/2020 công ty này đã hoàn thành việc đầu tư xây dựng và vận hành thương mại Dự án nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 trên phần diện tích lên đến gần 149,6 ha đất rừng sản xuất thuộc quyền sử dụng của Công ty TNHH MTV cao su Lộc Ninh.
Đặc biệt, phần diện tích xây dựng này đã không được cơ quan thẩm quyền ra quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất và chuyển mục đích sử dụng từ đất rừng sản xuất sang đất công trình năng lượng. Dự án cũng không được cấp phép xây dựng, không có quyết định chủ trương đầu tư. Do đó, việc Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3 làm dự án này là đã vi phạm một loạt quy định và dự án không thuộc trường hợp được hoàn thuế VAT.
Tuy vậy, ngày 24/4/2021 công ty này đã có giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước gửi kèm hồ sơ đề nghị Cục thuế Bình Phước hoàn trả số tiền hơn 145 tỷ đồng tiền thuế VAT từ việc đầu tư xây dựng nhà máy. Sau đó Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3 đã được một loạt các bị can nguyên là cán bộ của Cục thuế Bình Phước chấp thuận giải quyết hồ sơ và được nhận số tiền hoàn thuế trên. Chỉ đến khi Cơ quan ANĐT Bộ Công an vào cuộc, từ tháng 6 - 8/2023 Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3 mới nộp lại số tiền đã được hoàn thuế và hơn 27,4 tỷ đồng tiền chậm nộp.
Liên quan đến sai phạm trong vụ án này, cùng với các bị can nguyên là lãnh đạo Bộ Công thương và các cơ quan, doanh nghiệp liên quan, Cơ quan ANĐT đã đề nghị Viện KSND Tối cao truy tố Nguyễn Duy Khánh, nguyên Cục phó Cục thuế tỉnh Bình Phước cùng 2 bị can nguyên là lãnh đạo cấp phòng của Cục thuế Bình Phước là Trần Văn Định và Phạm Quang Vinh.
Trước đó, trong Kết luận điều tra vụ án vào ngày 28/5 vừa qua, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã xác định từ tháng 12/2020 đến hết tháng 11/2022 tổng số tiền Công ty mua bán điện đã trả cho Công ty CP năng lượng Lộc Ninh 3 là hơn 749,9 tỷ đồng, cao hơn mức giá bán điện dự án được hưởng là hơn 209 tỷ đồng và gây thiệt hại trực tiếp cho Tập đoàn điện lực Việt Nam số tiền này.
Đua nhau lách luật, vẽ dự án điện mặt trời trên đất nông nghiệp 
Yêu cầu rà soát các dự án điện mặt trời, điện gió, thuỷ điện 
