Từ tháng 5/2011 đến 31/8/2011, Công ty CP TPCN Sài Gòn mặc dù chưa được Bộ Công Thương cấp giấy phép kinh doanh thuốc lá, vẫn ngang nhiên qua mặt được cơ quan Hải quan ở An Giang và TP Hồ Chí Minh, xuất khẩu trót lọt nhiều lô hàng thuốc lá điếu sang Campuchia. Trong đó, có một số lô hàng Công ty CP TPCN Sài Gòn khai trên tờ khai Hải quan là xuất khẩu thuốc lá nhưng hàng hóa thực tế để xuất khẩu sang Campuchia là gạo, mì, trấu. Từ tháng 2/2011 đến tháng 11/2012, Công ty CP TPCN Sài Gòn lập và ký khống 69 hợp đồng mua hàng trong nước với giá trị hàng hóa hơn 892 tỷ đồng, có số tiền thuế GTGT tương ứng hơn 81 tỷ đồng để xuất khẩu.
Trong cùng thời gian này, Công ty CP TPCN Sài Gòn lập và ký khống 17 hợp đồng ngoại thương xuất khẩu hàng sang Campuchia với tổng trị giá hàng hóa gần 716,5 tỷ đồng, tạo dựng 5 bộ hồ sơ xin hoàn thuế với số tiền đã được Cục Thuế TP Hồ Chí Minh giải quyết hoàn gần 92,6 tỷ đồng.
Tháng 11/2014, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP Hồ Chí Minh đã khởi tố, bắt tạm giam 3 cán bộ hải quan, gồm: Lê Hà, công chức Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực IV; Nguyễn Tiến Lộc, công chức kiểm hóa Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực 4 và Nguyễn Thanh Lâm, công chức Hải quan tỉnh An Giang. Tính đến thời điểm này, Cơ quan CSĐT Công an TP Hồ Chí Minh đã bắt tổng cộng 14 đối tượng.
