Liên quan đến vụ án trên, trước đó, ngày 25/3, Cơ quan CSĐT Công an TP Hà Nội đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự “Vi phạm quy định về an toàn thực phẩm”; “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản” và “Giả mạo trong công tác" xảy ra tại TP Hà Nội và các địa phương liên quan”; khởi tố 8 bị can, trong đó thực hiện lệnh bắt tạm giam 7 bị can về các tội danh trên; cấm đi khỏi nơi cư trú 1 bị can.
Trong đó, có 4 bị can bị khởi tố về tội “Vi phạm quy về an toàn thực phẩm” gồm: Nguyễn Thị Hiền (SN 1995, trú tại Ngọc Hồi, Hà Nội); Đỗ Văn Thanh (SN 1983, trú tại Đại Bình, Phú Thọ); Nguyễn Thị Bình (SN 1973) và Nguyễn Văn Thành (SN 1971, cùng trú tại xã Hồng Vân, TP Hà Nội, Giám đốc Công ty TNHH Thực phẩm Cường Phát.
3 đối tượng là cán bộ Trung tâm chẩn đoán, xét nghiệm và kiểm soát giết mổ, Chi cục chăn nuôi thuỷ sản và thú y Hà Nội cùng bị khởi tố về tội “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản” gồm: Lê Ngọc Anh (SN 1974, Trạm trưởng Trung tâm chẩn đoán, xét nghiệm và kiểm soát giết mổ - Chi cục chăn nuôi thuỷ sản và thú y Hà Nội); Nguyễn Phong Nam (SN 1983) và Nguyễn Thị Phương Lan (SN 1984, nhân viên).
Cơ quan CSĐT Công an TP Hà Nội đã khởi tố Vũ Kim Tuấn (SN 1973, cán bộ Trung tâm chẩn đoán, xét nghiệm và kiểm dịch động vật, Chi cục chăn nuôi thuỷ sản và thú y tỉnh Phú Thọ) về tội “Giả mạo trong công tác”.
Quá trình điều tra xác định, Cơ sở giết mổ gia súc tập trung Vạn Phúc thuộc Công ty cổ phần thực phẩm logictics Thịnh An được UBND huyện Thanh Trì, Hà Nội (cũ) quyết định giao chủ đầu tư thực hiện dự án xây dựng cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm tại thôn 3, xã Vạn Phúc, huyện Thanh Trì, nay là xã Nam Phù, Hà Nội, cấp phép hoạt động từ ngày 11/10/2011.
Ngày 31/12/2025, UBND TP Hà Nội đồng ý chủ trương kéo dài thời gian hoạt động của Cơ sở giết mổ gia súc tập trung Vạn Phúc kể từ ngày 30/12/2025, trong thời gian chờ hoàn thiện hồ sơ, thủ tục để xem xét, bổ sung cơ sở vào mạng lưới cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm tập trung trên địa bàn TP Hà Nội.
Căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, ngày 11/4/2025, UBND TP Hà Nội đã ban hành quyết định số 1987/QĐ- UBND về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục chăn nuôi, thuỷ sản và thú ý Hà Nội thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường TP Hà Nội, trong đó có nhiệm vụ quản lý về kiểm soát giết, mổ động vật.
Sở Nông nghiệp và Môi trường TP Hà Nội đồng thời đã phân công, bố trí cán bộ thuộc biên chế của Trạm chẩn đoán, xét nghiệm và kiểm soát việc giết mổ động vật - Chi cục chăn nuôi thuỷ sản và thú y thực hiện chức năng nhiệm vụ kiểm soát giết mổ động vật (gọi tắt là Tổ kiểm soát giết mổ Vạn Phúc) tại Cơ sở giết mổ gia súc tập trung Vạn Phúc.
Theo quy định, hằng ngày, các thương lái vận chuyển lợn đến giao cho các chủ lò mổ (các kiốt giết, mổ trong lò) tại lò mổ Vạn Phúc phải xuất trình giấy chứng nhận kiểm dịch hoặc giấy tờ chứng minh nguồn gốc của số lợn vận chuyển vào lò.
Theo đó, sau khi tiến hành kiểm tra giấy tờ và kiểm tra lâm sàng đối với động vật (lợn), xác định đủ điều kiện, đảm bảo về nguồn gốc, các biểu hiện lâm sàng thì cán bộ kiểm soát sẽ đồng ý cho thương lái chở lợn vào lò mổ; giao cho chủ lò mổ để thực hiện khâu giết mổ. Sau khi giết mổ, kiểm tra đầu, phủ tạng, thận, thịt, nếu không có dấu hiệu bất thường, đủ điều kiện đảm bảo vệ sinh thú ý, cán bộ được giao nhiệm vụ sẽ đóng dấu kiểm soát giết mổ để khách hàng có thể vận chuyển lợn đã giết mổ bán ra thị trường.
Tại Cơ sở giết mổ tập trung Vạn Phúc, Trạm Chẩn đoán, xét nghiệm và Kiểm soát giết mổ động vật, Chi cục chăn nuôi thuỷ sản và thú ý do Nguyễn Danh Đoàn giữ chức vụ là tổ trưởng; Nam và Lan giữ chức vụ là tổ phó và 23 cán bộ được bố trí lịch làm việc theo ca trực. Hằng ngày, tổ kiểm soát giết mổ Vạn Phúc làm việc theo 3 ca. Ca 1 thời gian từ 8h đến 16h; ca 2 thời gian từ 16h đến 24h và ca 3 thời gian từ 24h đến 8h sáng hôm sau, cán bộ được luân phiên theo ca trực, không cố định.
Quá trình điều tra, Cơ quan Công an xác định, Nguyễn Phong Nam cùng Nguyễn Thị Phương Lan, tổ phó của Tổ kiểm soát giết mổ lò mổ Vạn Phúc đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thu tiền trái quy định, chiếm đoạt tài sản của các chủ lò mổ, lái xe vận chuyển và làm giả hồ sơ, tài liệu kiểm dịch; bỏ qua các khâu kiểm soát bắt buộc, cho phép lợn bệnh, thậm chí lợn đã chết được đưa vào giết mổ...
Cụ thể, Nam và Lan đã tự ý đặt ra quy định kiểm soát dịch bệnh đối với các con lợn có trọng lượng dưới 80 kg (lợn nghi nhiễm bệnh hoặc bị ốm lâu ngày...); gây khó dễ hoặc không cho thương lái vận chuyển lợn vào bên trong lò mổ. Sau đó, Nam chỉ đạo các nhân viên nếu phát hiện thương lái chở lợn đến lò mổ có trọng lượng dưới 80 kg thì không cho đưa vào lò mổ vì nghi ngờ sẽ là lợn nhiễm bệnh; buộc lái xe phải nộp số tiền từ 250 đến 500 nghìn đồng/chuyến. Cá biệt, một số trường hợp phải trả từ 3-4 triệu đồng, mới được đi qua bốt kiểm soát vào bên trong giao lợn cho chủ lò mổ.
Sau khi đặt ra quy định, Nam đã chỉ đạo các nhân viên thuộc Tổ kiểm soát giết mổ lò mổ Vạn Phúc thực hiện; hằng ngày, phải kiểm soát, thu tiền về và bàn giao cho Lan để Lan theo dõi, quản lý trong một cuốn sổ. Cuối tháng sẽ chuyển cho Ngọc Anh và chia cho Lan, Nam cùng hưởng lợi.
Ngoài ra, Nam và Lan yêu cầu một số chủ lò mổ thuê giết mổ tại có cơ sở Vạn Phúc phải nộp số tiền từ 5 đến 10 triệu đồng/tháng để được tạo điều kiện, không bị gây khó dễ trong việc nhận lợn của thương lái vào bên trong lò mổ để giết mổ.
Khởi tố, bắt giam chủ cơ sở thu gom heo nhiễm dịch tả châu Phi về bán kiếm lời 
Khởi tố đối tượng giết mổ lợn nhiễm bệnh dịch tả Châu Phi bán ra thị trường 
