Các bị can cùng bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, gồm: Phan Văn Than, cựu Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính, kiêm Kế toán trưởng; Nguyễn Gia Bảo, cựu Hiệu trưởng nhà trường từ trước đó đến ngày 1/10/2010; Trần Minh Hùng cựu Hiệu trưởng trường từ ngày 2/11/2010 đến năm 2019; Đặng Minh Thư cựu Phó trưởng Phòng Đào tạo; Hoàng Thị Kiều Nguyệt Nga cựu Kế toán trưởng từ ngày 1/10/2019; Dương Minh Hiếu, cựu Phó trưởng Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng; Lê Thị Hoài Lan, cựu Trưởng bộ môn Quản lý giáo dục. Riêng bị can Võ Thị Ngọc Dung, cựu kế toán Phòng Kế hoạch - tài chính bị truy tố về tội tham ô tài sản.
Cáo trạng của Viện KSND tỉnh Đồng Nai xác định, từ năm 2009-2022, Trường Đại học Đồng Nai có tổng kinh phí hoạt động hơn 1.700 tỷ đồng, trong đó ngân sách nhà nước cấp hơn 1.000 tỷ đồng. Theo quy định, nguồn kinh phí trên phải được quyết toán, báo cáo tài chính hàng năm và thực hiện niên độ kế toán theo năm từ ngày 1/1 - 31/12 hàng năm. Tuy nhiên, bị can Thanh cùng các bị can Bảo, Thư, Lan, Nga đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong quản lý, theo dõi thu - chi, để ngoài sổ kế toán, không báo cáo tài chính hàng năm một phần nguồn thu kinh phí tự chủ.
Từ năm 2009-2017, bị can Thanh còn trình hiệu trưởng để rút séc 152 lần, số tiền hơn 32,8 tỷ đồng. Số tiền này chỉ được hạch toán trên sổ theo dõi thu - chi của kế toán trường và đưa vào báo cáo tài chính hàng năm hơn 200 triệu đồng, còn lại hơn 32,6 tỷ đồng không được hạch toán. Riêng năm 2018, các bị can đã theo dõi, thu - chi hơn 26,4 tỷ đồng qua sổ phụ ngân hàng để ngoài sổ sách kế toán dẫn đến Trường Đại học Đồng Nai không kê khai, kê khai sai doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 37 tỷ đồng, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước gần 700 triệu đồng.
Trong giai đoạn 2009-2019, bị can Thanh và bị can Hùng không kê khai, kê khai thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp các nguồn thu phải đóng thuế của Trường Đại học Đồng Nai, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 1,5 tỷ đồng.
Cáo trạng xác định từ năm 2009-2022, các bị can đã thực hiện báo cáo tài chính nhằm theo dõi, quản lý thu chi, sử dụng kinh phí trong các hoạt động của Trường Đại học Đồng Nai không đúng quy định với tổng số tiền hơn 106 tỷ đồng; gây thiệt hại cho nhà trường hơn 23,5 tỷ đồng, thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 1,5 tỷ đồng. Năm 2018-2019, Trường Đại học Đồng Nai tổ chức các lớp bồi dưỡng chức danh nghề nghiệp và thu học phí được tổng số tiền gần 53,4 tỷ đồng.
Trong thời gian còn chức vụ, các bị can Hùng, Thanh, Thư, Hiếu và Nga đã lập chứng từ kế toán, quyết toán không đúng quy định. Đến năm 2020, nhằm che giấu hành vi phạm tội Thanh bàn bạc cùng với Thư, Hiếu, Nga lập bảng tính công đề nghị thanh toán, lập chứng từ đề xuất chi không rõ ràng số tiền gần 7 tỷ đồng. Việc này gây thiệt hại cho nhà trường hơn 5,4 tỷ đồng. Ngoài ra còn chi lần 2 cho cùng nội dung, gây thiệt hại cho nhà trường gần 140 triệu đồng. Bên cạnh đó, từ tháng 10/2012 - 2/2019, Thanh sử dụng hơn 8,4 tỷ đồng tiền thu học phí, lệ phí hệ đại học liên thông, vừa làm vừa học, văn bằng 2... nhưng không hạch toán vào sổ sách kế toán hơn 7 tỷ đồng và chi lần 2, lần 3 cùng nội dung với số tiền hơn 1,3 tỷ đồng.
Riêng Võ Thị Ngọc Dung, giai đoạn từ 2013 - 6/2021 bị can này được giao thu học phí, lệ phí hệ đại học liên thông, hệ vừa làm, vừa học. Khi thu tiền, Dung trực tiếp thu tiền mặt của từng lớp, sau đó nộp về nhà trường. Giai đoạn 2013-2021, Dung đã thu gần 30 tỷ đồng nhưng báo cáo nộp cho nhà trường chỉ gần 27 tỷ đồng còn lại chiếm đoạt một phần tiền từ nguồn thu này. Tổng số tiền bị can Dung đã chiếm đoạt là gần 3 tỷ đồng, sử dụng cá nhân gần 1 tỷ đồng, còn hơn 2 tỷ đồng đã bị cơ quan chức năng khám xét, thu giữ.
Chuyển cơ quan CSĐT vụ "bỏ quên" 37 tỷ tại Đại học Đồng Nai 
Thêm 3 đối tượng bị bắt vì liên quan đến sai phạm tại Trường Đại học Đồng Nai 
