Hiện nay, dự án vẫn còn một số tồn tại về an toàn hệ thống Tổng thầu chưa hoàn thiện, các hạng mục chưa phù hợp với thông số kỹ thuật, các thiết bị chưa hoàn thiện theo hồ sơ thiết kế, trong khi đó khối lượng công việc tồn đọng vẫn chưa được giải quyết dứt điểm. Đặc biệt, Tổng thầu chưa xác định được thời gian vận hành chính thức dự án đường sắt Cát Linh - Hà Đông.
Trước những trì trệ của dự án, Bộ GTVT đã yêu cầu Tổng Giám đốc Cục 6 đường sắt Trung Quốc phải sang Việt Nam làm việc và giải quyết dứt điểm những vấn đề của Dự án đường sắt Cát Linh - Hà Đông. Theo đó, từ ngày 24 đến 26-12-2019, Bộ GTVT, Ban Quản lý dự án đường sắt đã làm việc với Tổng Giám đốc Tổng thầu Trung Quốc tại Hà Nội.
Bộ GTVT yêu cầu lãnh đạo Tổng thầu phải chỉ rõ những công việc tồn tại, hướng giải quyết, xác lập chi tiết thời hạn hoàn thành dự án. Cùng đó, Bộ GTVT cũng làm việc với tư vấn độc lập, đề nghị đơn vị này có những đánh giá chặt chẽ, khuyến cáo cụ thể với Tổng thầu, yêu cầu khắc phục triệt để các tồn tại của dự án này nhằm đảm bảo an toàn chạy tàu.
