Theo cáo trạng, từ năm 2017-2020, Lan thỏa thuận mua cổ phần một số dự án của Trí tại Công ty Cổ phần (CTCP) Cao su Công nghiệp, CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh và thỏa thuận hợp tác đầu tư dự án tại huyện Hải Hà (Quảng Ninh). Trong thời gian này, Lan đã nhiều lần chuyển tiền cho Trí thông qua Hồ Quốc Minh và các nhân viên của Lan để thanh toán việc thực hiện thỏa thuận trên.
Cụ thể, về thỏa thuận mua bán cổ phần CTCP Cao su Công nghiệp Đồng Nai. Tháng 12/2017, Trí thỏa thuận chuyển nhượng 65% vốn điều lệ CTCP Cao su Công nghiệp cho Lan với giá 45 triệu USD. Trong đó, Trí sở hữu 5.464.300 cổ phần, tương ứng 31,22% vốn điều lệ (thông qua các cổ đông của Công ty Long Thành Investment, gồm Bùi Anh Tuấn, Vũ Kim Liên, Đào Ngọc Bảo Phương và Nguyễn Cao Đức đứng tên hộ Trí). Lan đã chuyển cho Trí 3 lần tổng số tiền 21,25 triệu USD (tương ứng số tiền 476.871.250.000 đồng, tương đương thanh toán 31,22% vốn điều lệ CTCP Cao su Công nghiệp). Do chưa được chuyển nhượng trong vòng 5 năm kể từ ngày phát hành lần đầu cổ phiếu và đưa lên sàn chứng khoán (Initial Public Offering-IPO), nên Trí chỉ đạo các cá nhân đứng tên hộ Trí ký hợp đồng ủy thác đầu tư nhận ủy thác đầu tư với Hồ Quốc Minh (người môi giới được Lan nhờ đứng tên) tổng số 5.464.300 cổ phần, tương ứng 31,22% vốn điều lệ CTCP Cao su Công nghiệp. Sau đó, Lan và Trí thống nhất chuyển số tiền 21,25 triệu USD đã thanh toán để mua 31,22% vốn điều lệ CTCP Cao su Công nghiệp thành mua 10% vốn điều lệ CTCP đầu tư và quản lý giáo dục Văn Lang.
Đối với việc thỏa thuận mua bán cổ phần CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh (tọa lạc phường 3, TP Đà Lạt, Lâm Đồng). Công ty này được thành lập và hoạt động từ ngày 7/1/2010, do bà Phan Thị Hoa làm Chủ tịch HĐQT kiêm Giám đốc, người đại diện pháp luật. Ngày 2/12/2020, Trí và bà Hoa thỏa thuận CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh ký hợp đồng bán 100% vốn điều lệ cho Công ty Cổ phần Tập đoàn Bến Thành Holdings Group (Công ty con của Tập đoàn Capella). Các ngày 28/12/2020, 5/2/2021, 30/9/2022, Trí đã sử dụng Công ty Capella Hospitality và Nguyễn Cao Đức (em trai Trí) thanh toán 2.230 tỷ đồng cho bà Hoa để mua và đứng tên 58% vốn điều lệ CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh. Ngày 28/1/2021, CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh đăng ký thay đổi lần thứ 8, Trí làm đại diện theo pháp luật. Sau đó, Trí thỏa thuận bán cho Lan 100% vốn điều lệ CTCP đầu tư du lịch Sài Gòn Đại Ninh với giá trị 3.000 tỷ đồng. Lan đã đặt cọc cho Trí 1 triệu USD và 127 tỷ đồng. Cả hai đã thống nhất chuyển số tiền đặt cọc 1 triệu USD và 127 tỷ đồng sang thanh toán mua 10% vốn điều lệ CTCP đầu tư và quản lý giáo dục Văn Lang.
Về thỏa thuận hợp tác đầu tư dự án tại huyện Hải Hà. Khoảng giữa năm 2020, CTCP Tập đoàn Bến Thành Holdings Group do Trí làm Chủ tịch HĐQT được UBND tỉnh Quảng Ninh, Ban Quản lý Khu kinh tế Quảng Ninh và các sở, ngành liên quan có văn bản chấp thuận chủ trương cho Công ty Bến Thành triển khai nghiên cứu quy hoạch và hướng dẫn một số thủ tục liên quan. Để tham gia đầu tư vào dự án tại huyện Hải Hà, Lan thỏa thuận thanh toán theo tiến độ phát sinh chi phí và 2 lần chuyển tiền cho Trí, tổng cộng 9,5 triệu USD, tương ứng số tiền 220,274 tỷ đồng. Sau đó, Lan không tiếp tục tham gia dự án và thống nhất với Trí chuyển số tiền 9,5 triệu USD để thanh toán mua 10% vốn điều lệ CTCP đầu tư và quản lý giáo dục Văn Lang.
Do nhận nhiều khoản tiền từ Lan nhưng không có giấy tờ biên nhận nên đến tháng 1/2021, Trí gặp Trương Mỹ Lan tại nhà hàng Ngân Đình, tòa nhà TimeSquare, TP Hồ Chí Minh và thống nhất chốt các khoản Trương Mỹ Lan đã chuyển cho Nguyễn Cao Trí tổng cộng là 1.000 tỷ đồng. Sau đó, Trí đã chỉ đạo soạn thảo, yêu cầu Nguyễn Cao Đức, Trần Lê Diệp Thúy (kế toán) là những người đứng tên cổ phần hộ Trí ký giấy đề nghị chuyển nhượng cổ phần và hợp đồng chuyển nhượng cổ phần ngày 22/2/2021 cho Hồ Quốc Minh (được Lan nhờ đứng tên hộ), tổng giá trị 1.000.328.236.352 đồng. Khi biết Lan bị khởi tố, bắt tạm giam về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” ngày 7/10/2022, thì đến ngày 21 và 22/10/2022, Trí đã chỉ đạo cấp dưới ký hợp thức, hoàn thiện thủ tục thanh lý, ghi lùi ngày hợp đồng trong các văn bản.
Quá trình làm việc với cơ quan điều tra từ ngày 26/12/2022 đến ngày 15/1/2023, Trí không thừa nhận đã nhận tiền của Lan. Trí khai việc gặp Minh tại sân bay Tân Sơn Nhất là tình cờ, không giao giấy tờ, tài liệu cho Minh ký. Sau đó, mặc dù đã có Bản kết luận giám định số 20/KL-KTHS ngày 06/01/2023 của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an xác định chữ viết của Trí trong các tài liệu do Trí lập để theo dõi, xác nhận số tiền đã nhận của Lan do cơ quan điều tra thu giữ, nhưng Trí vẫn không thừa nhận việc đã nhận tiền của Lan. Trí cho rằng, Lan vu khống, bôi nhọ danh dự của Trí, thể hiện ý thức chiếm đoạt tiền của Trương Mỹ Lan đến cùng.
Do vậy, Lan đã có đơn yêu cầu làm rõ, xử lý hành vi của Trí chiếm đoạt tài sản của Lan và thu hồi số tiền 1.000 tỷ đồng để giải quyết theo quy định pháp luật. Căn cứ tài liệu, chứng cứ, kết luận giám định, lời khai bị can và các cá nhân liên quan, có đủ cơ sở xác định, lợi dụng việc Lan bị bắt, Trí đã có thủ đoạn gian dối chỉ đạo nhân viên lập, hoàn thiện hồ sơ thanh lý hợp đồng chuyển nhượng, thanh lý Hợp đồng ủy thác đầu tư để xóa bỏ nghĩa vụ nợ, nhằm chiếm đoạt số tiền 1.000 tỷ đồng đã nhận của Lan.
Tuần thứ 2 xét xử "đại án" Vạn Thịnh Phát: Tiếp tục xét hỏi Trương Mỹ Lan và các bị cáo còn lại 
Cựu Phó chánh thanh tra nhận tiền để “làm mờ” hồ sơ, giúp Trương Mỹ Lan chiếm đoạt ngàn tỷ 
Ngày thứ 4 xét xử "đại án" Vạn Thịnh Phát: Tiếp tục làm rõ thủ đoạn rút tiền của Trương Mỹ Lan 
