Ba cựu cán bộ cấp dưới của bị cáo Phùng Anh Lê tại Công an quận Tây Hồ là bị cáo Nguyễn Đức Châu (SN 1973, cựu Đội trưởng Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội), bị cáo Vũ Công Ngọc (SN 1980, cựu Phó Đội trưởng Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội) và bị cáo Lê Đình Trung (SN 1977, cựu Phó Đội trưởng Đội Cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp) bị xét xử về tội tội “Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam”.
Trong số 4 bị cáo thì bị cáo Phùng Anh Lê và bị cáo Nguyễn Đức Châu đang bị tạm giam. Hai bị cáo Vũ Công Ngọc và Lê Đình Trung được áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú.
Thẩm phán Trần Nam Hà, Phó Chánh Tòa hình sự TAND TP Hà Nội được phân công làm chủ tọa phiên toà. Hai kiểm sát viên của Viện KSND tối cao và một kiểm sát viên Viện KSND TP Hà Nội thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động xét xử tại phiên toà.
Có 7 luật sư đăng ký bào chữa cho bị cáo Lê và 4 luật sư đăng ký bào chữa cho bị cáo Châu.
Trong phần thủ tục, bị cáo Lê đề nghị HĐXX thay đổi kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương, người thực hành quyền công tố và giám sát hoạt động xét xử tại phiên toà. Theo bị cáo Lê, khi lấy lời khai trong quá trình điều tra, bị cáo đã nói với kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương rằng, việc khởi tố bị cáo là không đúng.
Bị cáo Lê còn cho rằng, kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương đã mớm cung ông Phùng Văn Bảy (chú họ của bị cáo Lê và là người đã đưa tiền hối lộ cho bị cáo Lê) và dọa bị cáo. Vì vậy, sự có mặt của kiểm sát viên Dương trong quá trình xét xử sẽ làm mất tính khách quan.
Trước đề nghị của bị cáo Lê, kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương khẳng định, việc kiểm sát viên thực hành quyền công tố tại tòa là thực hiện theo phân công của Viện KSND tối cao, và kiểm sát viên phải thực hiện quyền và nghĩa vụ của mình một cách công minh, khách quan.
Về lý do bị cáo yêu cầu thay đổi kiểm sát viên vì những lý do như bị cáo trình bày ở trên, kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương cho rằng, đó là đánh giá chủ quan của bị cáo Lê. Tuy nhiên, kiểm sát viên Nguyễn Ánh Dương cũng đề nghị HĐXX xem xét nguyện vọng và đề nghị của bị cáo Lê.
Sau khi hội ý, HĐXX cho biết, quá trình điều tra và truy tố, bị cáo Lê đã có nhiều đơn xin thay đổi kiểm sát viên. Sau đó, Viện KSND tối cao cũng đã có công văn trả lời bị cáo Lê rõ ràng.
HĐXX cho rằng, những lý do bị cáo Lê đưa ra để yêu cầu thay đổi kiểm sát viên thực hành quyền công tố tại phiên toà là không xác đáng. Do đó HĐXX không chấp nhận đề nghị của bị cáo Lê.
HĐXX cho biết thêm, ông Phùng Văn Bảy và chị Nguyễn Thu Hiền được triệu tập đến tòa với tư cách người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan, đồng thời là người làm chứng trong vụ án.
Trình bày ý kiến tại phần thủ tục, luật sư bào chữa cho bị cáo Lê đề nghị HĐXX xem xét lại tư cách tham gia phiên toà của ông Bảy và chị Hiền. Luật sư cho rằng, nếu xác định ông Bảy và chị Hiền tham gia phiên tòa với cùng lúc hai tư cách thì sẽ có sự mâu thuẫn về quyền lợi, không đảm bảo tính khách quan của lời khai.
Cũng theo luật sư bào chữa cho bị cáo Lê, phiên tòa vắng mặt một số người liên quan và người làm chứng sẽ không đảm bảo việc thẩm vấn đề tìm ra bản chất khách quan của vụ án. Vì thế, luật sư đề nghị HĐXX hoãn tòa để triệu tập đủ nhân chứng và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Trước yêu cầu của luật sư, HĐXX cho rằng, một số người liên quan và người làm chứng có đơn xin vắng mặt tại phiên toà, một số người khác vắng mặt không có lý do. Phiên tòa này kéo dài nhiều ngày nên quá trình xét xử, nếu cần thiết thì HĐXX sẽ cho áp giải những người liên quan đến tòa.
Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, thời điểm ban đầu, bị cáo Lê bị bắt và khởi tố về tội “Tha người trái pháp luật”. Ngày 15/3, Cơ quan điều tra của Viện KSND tối cao đổi tội danh từ tội “Tha người trái pháp luật” sang tội “Nhận hối lộ”.
Tháng 9/2016, Nguyễn Hữu Tài (trú tại phường Phúc Xá, quận Ba Đình, Hà Nội, là đối tượng chuyên cho vay nặng lãi) đầu thú về hành vi cùng đồng phạm bắt và đánh một người nợ tiền mình. Sau đó, Tài bị ra lệnh tạm giữ 4 ngày. Người thân của Tài lo lắng nên tìm gặp ông Phùng Văn Bảy (chú họ của Lê) nhờ giúp đỡ.
Ông Bảy đặt vấn đề và được Lê đồng ý thả Tài với điều kiện phải chi 110 triệu đồng. Tối 22/9/2016, ông Bảy tới phòng làm việc của Lê giao tiền và nói: “Cháu xem giúp, hòa giải cho nó về”.
Nhận tiền xong, Lê chỉ đạo cấp dưới thả Tài. Khoảng 0h ngày 23/9/2016, chưa đầy một ngày sau khi bị tạm giữ, Tài và nạn nhân bị anh ta bắt giữ được gọi lên Công an quận Tây Hồ để hòa giải.
Đầu năm 2021, Công an TP Hà Nội phát hiện hành vi vi phạm pháp luật của Tài chưa bị xử lý nên đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Tài về tội “Cướp tài sản”. Ngày 29/4/2021, TAND TP Hà Nội tuyên phạt Tài 24 tháng tù về tội danh trên.
Trong vụ án này, Viện KSND tối cao xác định, khi là Trưởng Công an quận Tây Hồ, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Công an quận Tây Hồ, Lê biết rõ Tài đang bị tạm giữ để phục vụ cho việc kiểm tra xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi được ông Bảy đặt vấn đề, Lê đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, yêu cầu đưa 110 triệu đồng rồi chỉ đạo cấp dưới thả người.
Trong quá trình điều tra, Lê không thành khẩn khai báo, chối tội, đổ lỗi cho cấp dưới, không thừa nhận việc chiếm hưởng 110 triệu đồng. Trước khi bị khởi tố, vợ chồng Lê còn gặp ông Bảy, yêu cầu ông Bảy xin lỗi vì đã khai báo việc đưa tiền nhằm làm "mờ" hành vi phạm tội của mình.
Đối với các cán bộ cấp dưới của Lê là bị cáo trong vụ án này, Viện KSND tối cao xác định, họ biết chỉ đạo của Lê là không đúng luật nhưng vẫn chấp hành, thực hiện việc tha Tài trái pháp luật.
Truy tố cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ Phùng Anh Lê 
Khám xét nơi ở của ông Phùng Anh Lê, nguyên Trưởng Công an quận Tây Hồ 
