Theo cáo trạng của Viện KSND tỉnh Thái Bình (cũ), nay là Viện KSND tỉnh Hưng Yên, bị can Đồng Xuân Thụ với vai trò là Tổng Biên tập, trong quá trình điều hành hoạt động của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã chỉ đạo phóng viên của tạp chí đi tìm các sai phạm của tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp để viết bài. Các bài báo phản ánh sai phạm được đăng tải lên địa chỉ web của tạp chí: “moitruongvadothi.vn”, từ đó gây sức ép, buộc các cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải liên hệ với phóng viên (hoặc phóng viên tự liên hệ) để tìm cách xử lý, xin được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài, sửa bài viết hoặc không viết tiếp bài báo khác về sai phạm đó nữa.
Các phóng viên đã yêu cầu cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải làm hợp đồng ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”, “Vẽ tranh cho thiếu nhi”, hợp đồng truyền thông với một số tiền, để được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài hoặc không viết tiếp các bài báo phản ánh sai phạm của cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp đó nữa.
Viện kiểm sát xác định, bị cáo Đồng Xuân Thụ phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền liên quan tới 82 vụ mà các phóng viên đã chiếm đoạt của các bị hại là hơn 5 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Thị Ánh Hồng với vai trò là Phó Tổng biên tập và thủ quỹ trong quá trình điều hành hoạt động của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã giúp Thụ trong việc điều hành công việc của tạp chí, ký giấy giới thiệu cho các phóng viên đi tìm hiểu sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp. Thực hiện xóa, ẩn, gỡ, đính chính bài viết phản ánh sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp khi các cá nhân, công ty, doanh nghiệp nộp tiền dưới hình thức ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”. Bị cáo Hồng đã giúp bị cáo Thụ trong việc thu chi, chia phần trăm thụ hưởng các khoản tiền mà phóng viên chiếm đoạt của các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp.
Viện kiểm sát xác định, bị cáo Hồng phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền mà các phóng viên đã chiếm đoạt của các bị hại trong các vụ việc.
Đối với Kế toán Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam là Cao Thị Thu Hường, Viện kiểm sát xác định, Hường biết việc Tổng Biên tập Đồng Xuân Thụ chỉ đạo các phóng viên đi thu thập thông tin, tài liệu viết bài phản ánh sai phạm của các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp và ép buộc họ phải nộp tiền dưới hình thức ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”, hợp đồng quảng cáo... để được xóa, gỡ, đính chính hoặc không bị viết tiếp bài nữa.
Hường đã tiếp nhận ý kiến chỉ đạo của bị cáo Đồng Xuân Thụ, nhận tiền từ các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp bị ép buộc, giúp bị cáo Thụ quản lý, thu, chi phân chia số tiền đã chiếm đoạt được cho các phóng viên. Do đó, bị cáo Hường phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền mà các phóng viên của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã chiếm đoạt của các bị hại.
Trả lời thẩm vấn, bị cáo Đồng Xuân Thụ cho rằng, với chức vụ là Tổng Biên tập, bị cáo đã chỉ đạo, quán triệt chung về chuyên môn nghiệp vụ công tác báo chí, kinh tế báo chí.
Về 84 vụ cưỡng đoạt tài sản, bị cáo Thụ phủ nhận việc chỉ đạo phóng viên đi ép buộc doanh nghiệp quảng cáo. Theo lời khai của bị cáo Thụ, chỉ đến khi có kết luận điều tra của cơ quan điều tra thì bị cáo mới biết có nhiều vụ việc phóng viên đi ép buộc doanh nghiệp quảng cáo.
Bị cáo Thụ xin nhận trách nhiệm với tư cách là người đứng đầu tạp chí và mong Hội đồng xét xử giảm án cho mình cũng như các bị cáo khác. Khi Hội đồng xét xử hỏi rõ hơn về việc chia tỷ lệ phần trăm các hợp đồng “Cây chổi vàng”, “Vẽ tranh cho thiếu nhi” và các hợp đồng truyền thông khác, bị cáo Thụ cho biết, khi có tiền về thì sẽ trích cho các ban trong tạp chí. Trong đó, kế toán sẽ trình phương án lên cho bị cáo Thụ và bị cáo Thụ sẽ xem xét quyết định chuyển về cho ban, văn phòng bao nhiêu %...
Hội đồng xét xử hỏi tiếp bị cáo Thụ về việc, sau khi tạp chí đăng bài về vi phạm của cá nhân, đơn vị, doanh nghiệp thì tạp chí có làm tiếp hay không? Bị cáo Thụ trả lời, tạp chí vẫn tiếp tục làm bài và chỉ xem xét dừng không làm thêm bài khi phóng viên có báo cáo đơn vị này đã cam kết khắc phục hậu quả.
Nếu đơn vị đó tiếp tục vi phạm, bị cáo chỉ đạo phóng viên tiếp tục viết bài để đăng. Số tiền ủng hộ của các doanh nghiệp do phóng viên tạp chí trực tiếp thực hiện, khi đã ủng hộ rồi sẽ xem xét rút bài đã đăng.
Sau phần xét hỏi bị cáo Thụ, Hội đồng xét xử xét hỏi bị cáo Nguyễn Thị Ánh Hồng. Trả lời Hội đồng xét xử, bị cáo Hồng khai, có biết về việc chia % khi bị hại chuyển tiền. Theo lời khai của bị cáo Hồng, trong 84 vụ việc bị cáo buộc, bị cáo Hồng đã gỡ 10 bài viết, nhưng không nhớ đã duyệt đăng bao nhiêu bài.
Trước bục khai báo, bị cáo Cao Thị Thu Hường (cựu Kế toán Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam) khai: “Bị cáo chỉ biết thu tiền và chuyển doanh thu về cho tạp chí. Cuối tháng, bị cáo sẽ báo cáo lại với tổng biên tập. Về tỷ lệ phần trăm chia cho các ban và văn phòng đại diện sẽ do Tổng Biên tập quy định và có nhiều mức chia khác nhau, nhưng phần lớn là mức 50-50. Còn nếu phóng viên ban điện tử đi làm thì chuyển trực tiếp cho phóng viên...”.
Theo kế hoạch, phiên tòa diễn ra nhiều ngày.
Tổng Biên tập Đồng Xuân Thụ cùng thuộc cấp cưỡng đoạt hàng chục tỷ đồng thông qua chương trình “Cây Chổi Vàng" 
Khám xét khẩn cấp nơi ở, nơi làm việc ông Đồng Xuân Thụ, Tổng Biên tập Tạp chí Môi trường và đô thị 
