Cụ thể, tuyến đường sắt quốc gia xuyên tâm Yên Viên – Ngọc Hồi và cầu Đuống hiện có sẽ được dỡ bỏ, thay thế bằng đường sắt đô thị tuyến số 1 và cầu Đuống mới theo Quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Ngoài ra, cắt qua phạm vi quy hoạch có hai tuyến đường sắt đô thị gồm tuyến số 1 qua cầu Đuống mới và tuyến số 4 qua cầu Đông Trù.
Ngoài đường sắt, đường bộ, đường thủy và bãi đỗ xe cũng có nhiều thay đổi để phù hợp với các Quy hoạch quốc gia đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, khớp nối thống nhất với các quy hoạch phân khu đô thị có liên quan ở xung quanh. Như các bãi đỗ xe công cộng cho phép bố trí kết hợp những tiện ích đô thị: Trạm nạp điện, nhà vệ sinh công cộng, điểm tập kết rác thải sinh hoạt, trạm xăng…
Theo Quy hoạch phân khu đô thị sông Đuống, phạm vi, ranh giới nghiên cứu cụ thể như sau: Phía Bắc và Đông Bắc giáp đê tả ngạn sông Đuống và phân khu đô thị N9 (thuộc các huyện Đông Anh, Gia Lâm); phía Nam và Tây Nam giáp đê hữu ngạn sông Đuống (thuộc quận Long Biên); phía Tây giáp cầu Bắc Cầu và phân khu đô thị sông Hồng; phía Nam và Đông Nam giáp phân khu đô thị N10 và cầu Phù Đổng. Quy mô nghiên cứu khoảng 1.152ha. Dân số tối đa đến năm 2030 khoảng 8.296 người.
Về tính chất và chức năng, đây sẽ là khu vực đặc thù, phải tuân thủ các yêu cầu của Luật Đê điều: Đoạn sông có hệ thống đê tiêu chuẩn cao để ổn định dòng chảy, chống ngập lụt; tăng khả năng phân lũ của sông Hồng kết hợp cải tạo giao thông đường thủy để liên kết với mạng lưới vùng. Khu vực này sẽ bổ trợ cho cảnh quan trung tâm của khu vực phía Bắc sông Hồng, là nơi bố trí các công trình đầu mối đường thủy, hành lang sinh thái, cây xanh phòng hộ.
Đối với các khu vực dân cư hiện có được tồn tại, bảo vệ bao gồm: Thôn Đông Trù, xã Đông Hội; thôn Phúc Thọ, xã Mai Lâm, huyện Đông Anh sẽ được cải tạo, xây dựng mới công trình theo quy hoạch xây dựng, quy hoạch sử dụng đất; được sử dụng thêm một phần bãi sông để bố trí mặt bằng tái định cư cho các hộ dân cư nằm rải rác gần khu vực, với diện tích không vượt quá 5% diện tích khu dân cư hiện có. Kiên quyết không để phát sinh thêm về số khu, diện tích, số hộ dân ngoài bãi sông.
Các khu Đông Ngàn, Yên Viên, Thượng Thanh, Ngọc Thụy hiện có ở bãi sông là khu dân cư thuộc khu vực phải di dời. Thành phố sẽ xây dựng kế hoạch và lộ trình di dời dân cư ở khu vực lòng sông co hẹp, mất an toàn khi có lũ lớn và các hộ dân vi phạm pháp luật về đê điều, nằm trong phạm vi ảnh hưởng về đê điều, khu vực đang bị sạt lở.
Cầu Đuống là cây cầu đường bộ và đường sắt bắc qua sông Đuống trên quốc lộ 1A cũ. Cầu nguyên bản được người Pháp xây dựng và thông xe từ năm 1902, từng là cầu xoay đầu tiên của Việt Nam vì có nhịp giữa có thể xoay được để tàu thuyền qua lại. Sau khi bị máy bay Mỹ ném bom đánh hỏng trong chiến tranh, cầu được xây lại đúng vị trí cũ và thông xe vào năm 1981.
Cầu có chiều dài 225 mét với đường sắt trên cầu là loại ray đơn khổ 1435 mm chạy chính giữa cầu. Hai bên là đường cho các phương tiện giao thông cơ giới và thô sơ đi lại theo hai chiều riêng biệt. Từ nhiều năm nay, cầu Đuống bị xuống cấp nghiêm trọng do phải “cõng” lượng phương tiện có trọng tải lớn hơn cả trọng tải cho phép.
Dự án đường sắt Yên Viên-Ngọc Hồi: Vẫn “ì ạch” sau 9 năm trễ hẹn 
