Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã chuyển hồ sơ đến Viện KSND Tối cao đề nghị truy tố 35 bị can về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp, xảy ra hầu hết các địa bàn tỉnh, thành phố trên cả nước, được dư luận xã hội đặc biệt quan tâm. Đối tượng chủ mưu trong vụ án là Nguyễn Công Minh đã dùng nhiều thủ đoạn tinh vi, từ thông thầu, gian lận khi lập hồ sơ năng lực, đến câu kết với một số cá nhân có thẩm quyền để doanh nghiệp trong hệ thống Tổng công ty cây xanh Công Minh do mình quản lý, điều hành, được trúng thầu. Từ đó, nâng giá vật liệu nhằm trục lợi, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho tài sản của Nhà nước. Những hành vi này không chỉ gây thất thoát cho tài sản Nhà nước mà còn làm ảnh hưởng xấu đến môi trường cạnh tranh, giảm niềm tin của xã hội vào sự quản lý kinh tế của Nhà nước trong lĩnh vực đấu thầu. Hiện Nguyễn Công Minh còn bỏ trốn ra nước ngoài, gây nhiều khó khăn cho công tác điều tra vụ án của Cơ quan ANĐT Bộ Công an.
Căn cứ vào các tài liệu thu thập được Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã đề nghị truy tố vắng mặt đối với bị can: Nguyễn Công Minh (SN 1972 tại Hà Tĩnh; nghề nghiệp: Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty cây xanh Công Minh; nơi thường trú khu phố Tân Trà 1, phường Tân Bình, thành phố Đồng Xoài, tỉnh Bình Phước (nay thuộc phường Bình Phước, tỉnh Đồng Nai).
34 bị can cùng bị truy tố tội danh trên gồm: Lê Thị Hoà (SN 1983); Ngô Thị Ngọc Lý (SN 1984, nơi ở hiện nay phường Đồng Xoài, tỉnh Đồng Nai); Trần Văn Chiến (SN 1958, nguyên Phó chủ tịch HĐQT Tổng Công ty Cây Xanh Công Minh); Thái Hữu Dũng (SN 1987, nguyên Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Tây Nam Bộ; Khúc Văn Hợi (SN 1982, nguyên Phó Giám đốc khu vực Tây Nguyên, Tổng Công ty cây xanh Công Minh); Lê Quang Tuynh (SN 1975, nguyên Giám đốc khu vực miền Bắc Tổng Công ty cây xanh Công Minh); Trần Văn Chu (SN 1990, nguyên Giám đốc khu vực miền Trung, Tổng công ty cây xanh Công Minh; Nguyễn Văn Hải (SN 1977, nguyên Giám đốc chi nhánh Cà Mau, Sài Gòn 2, Long An, Tổng Công ty cây xanh Công Minh); Lê Minh Hiếu (SN 1988, nguyên Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Tây Nguyên); Khúc Lê Thành Nhân (SN 1991, Giám đốc Công ty TNHH Môi trường đô thị Đồng Nai); Phan Duy Châu (SN 1987, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Môi trường xanh Quảng Trị); Đào Nhật Lễ (SN 1989, nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty TNHH dịch vụ môi trường đô thị Thành Tuy); Nguyễn Quân (SN 1987, nguyên Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Mina); Đặng Công Luận (SN 1993, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Cấp thoát nước và dịch vụ Môi trường); Nguyễn Quang Trí (SN 1990, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Cây xanh Nam Trung Bộ); Nguyễn Bảo Trung (SN 1990, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Công Minh Cây Xanh); Nguyễn Tấn Long (SN 1994, nguyên Giám đốc Công ty TNHH môi trường An Nguyên); Bùi Thị Thuỷ (SN 1987, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Cây Xanh Công Minh); Lê Hàn Thảo Vi (SN 1990, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Cây xanh Tây Nam Bộ); Lê Đình Thanh (SN 1990, nguyên Giám đốc Công ty TNHH tư vấn xây dựng Việt Nam xanh); Nguyễn Văn Hoà (SN 1982, nguyên Giám đốc Công ty TNHH phát triển Đô thị Nghệ An); Lê Nguyên Long (SN 1979, nguyên Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Tây Nguyên); Lê Kim Phúc (SN 1991, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Cây xanh Mina); Châu Ngọc Tú (SN 1993, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Tư vấn xây dựng Việt Nam xanh); Nguyễn Bá Sơn (SN 1991, nguyên Giám đốc Công ty TNHH cây xanh Thành Nhân); Phan Văn Linh (SN 1972, nguyên Chủ tịch UBND huyện Triệu Phong, tỉnh Quảng Trị); Đặng Trọng Vân (SN 1968, nguyên Chủ tịch UBND huyện Hướng Hoá, tỉnh Quảng Trị); Võ Đắc Hoá (SN 1970, nguyên Chủ tịch UBND huyện Gio Linh, tỉnh Quảng Trị); Bùi Văn Trúc (SN 1972, nguyên Chuyên viên Ban Quản lý dự án phát triển quỹ đất và cụm công nghiệp xã Triệu Phong, tỉnh Quảng Trị); Trần Kiêm Tiến (SN 1984, nguyên Chuyên viên Ban Quản lý dự án, phát triển quỹ đất và cụm công nghiệp xã Cam Lộ, tỉnh Quảng Trị); Hoàng Tân Cương (SN 1973, nguyên Trưởng phòng Kinh tế hạ tầng và đô thị huyện Cam Lộ, tỉnh Quảng Trị); Trần Minh Tiến (SN 1987, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Tư vấn và xây dựng Cát Vĩnh Phát); Nguyễn Văn Duyên (SN 1985, nguyên Giám đốc Công ty TNHH MTV Tư vấn xây dựng An Thiện Hải và Nguyễn Lê Hoan (SN 1982, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần Thẩm định giá và Dịch vụ tài sản Toàn Cầu).
Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan ANĐT Bộ Công an xác định, với vai trò là Chủ tịch HĐQT Tổng công ty cây Xanh Công Minh, Nguyễn Công Minh đã thành lập, mua lại nhiều doanh nghiệp để xây dựng thành hệ thống Tổng Công ty do mình quản lý, điều hành, mặc dù các doanh nghiệp độc lập về mặt pháp lý, không có việc góp vốn theo quy định của Luật doanh nghiệp. Sau đó, Nguyễn Công Minh đã chỉ đạo các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ), đến nay xác định gây thiệt hại cho Nhà nước trên 395 tỷ đồng.
Bị can Lê Thị Hòa, với vai trò là Phó Chủ tịch HĐQT Tổng công ty cây xanh Công Minh, kiêm Giám đốc Công ty TNHH Cây Xanh Công Minh đã giúp sức tích cực cho Minh trong việc hướng dẫn, chỉ đạo các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ). Đến nay, xác định gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 395 tỷ đồng.
Ngô Thị Ngọc Lý là Trưởng Ban pháp lý kiêm Kế toán trưởng Tổng Công ty Cây Xanh Công Minh, kế toán của Công ty TNHH Cây Xanh Tây Nguyên, Giám đốc Công ty TNHH Công Minh Cây Xanh, đã giúp sức cho bị can Minh quản lý, theo dõi, đôn đốc khu vực chuyển tiền theo định mức đã thỏa thuận; hướng dẫn các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh và giám đốc các công ty trong hệ thống Tổng công ty cây xanh Công Minh làm sai, vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện các dự án trồng, chăm sóc cây xanh trên địa bàn 38 tỉnh/thành phố (cũ). Đến nay, xác định gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 395 tỷ đồng.
Truy nã quốc tế Chủ tịch HĐQT Công ty Cây xanh Công Minh gây thiệt hại 100 tỷ đồng 
Bộ Công an đang khẩn trương điều tra những đại án, trong đó có vụ Công ty TNHH Cây xanh Công Minh 
