Đến Hiến pháp năm 2013, với quy định Chính phủ là “cơ quan hành chính nhà nước cao nhất của nước CHXHCN Việt Nam, thực hiện quyền hành pháp, là cơ quan chấp hành của Quốc hội” (Điều 94), so với Hiến pháp năm 1992, vị trí của Chính phủ có 2 điểm mới đáng chú ý:
Thứ nhất, lần đầu tiên trong lịch sử lập hiến của Nhà nước ta, Hiến pháp đã chính thức thừa nhận Chính phủ là cơ quan thực hiện quyền hành pháp. Đây được coi là bước tiến rất quan trọng trong việc tạo cơ sở hiến định nhằm cụ thể hóa nguyên tắc phân công, phối hợp và kiểm soát quyền lực nhà nước trong nhà nước pháp quyền XHCN, vừa chỉ rõ Chính phủ không chỉ là cơ quan chấp hành của Quốc hội mà còn tạo cho Chính phủ có đầy đủ vị thế và thẩm quyền độc lập nhất định trong quan hệ với cơ quan thực hiện quyền lập pháp và cơ quan thực hiện quyền tư pháp; bảo đảm việc thực hiện kiểm soát lẫn nhau giữa các cơ quan này.
Thứ hai, về vị trí tính chất pháp lý đã đặt nội dung “Chính phủ là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất của nước CHXHCN Việt Nam” lên trước nội dung “là cơ quan chấp hành của Quốc hội”.
Cùng với các quy định nêu trên, Hiến pháp năm 2013 đã sửa đổi, bổ sung một số quy định khác theo hướng làm rõ hơn chức năng, mối quan hệ giữa Chính phủ với Quốc hội và các cơ quan nhà nước khác như: bỏ quy định về thẩm quyền của Quốc hội “quyết định chương trình xây dựng luật, pháp lệnh”; phân định rõ hơn phạm vi chính sách và các vấn đề quan trọng do Quốc hội và Chính phủ quyết định trên một số lĩnh vực như trong việc đề xuất và xem xét, quyết định về chỉ tiêu, chính sách; xây dựng luật, pháp lệnh và các văn bản quy định chi tiết thi hành luật, pháp lệnh; tổ chức đàm phán, ký, gia nhập, phê chuẩn, phê duyệt hoặc chấm dứt hiệu lực điều ước quốc tế…
Cùng với việc đổi mới quy định về vị trí của Chính phủ, Hiến pháp năm 2013 đã sửa đổi, bổ sung các quy định về cơ chế thực hiện quyền lực, phù hợp với tính chất, vai trò của từng thiết chế: Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Phó Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ.
Đối với Chính phủ, Hiến pháp khẳng định nguyên tắc Chính phủ làm việc theo chế độ tập thể, quyết định theo đa số, đồng thời xác lập mối quan hệ trách nhiệm giữa Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ với Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ. Thủ tướng Chính phủ là người đứng đầu Chính phủ, chịu trách nhiệm trước Quốc hội về hoạt động của Chính phủ và những nhiệm vụ được giao; báo cáo công tác của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trước Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Chủ tịch nước (khoản 2 Điều 95).
Đồng thời, Hiến pháp cũng quy định rõ hơn nhiệm vụ, quyền hạn của Thủ tướng Chính phủ đối với công tác của Chính phủ và việc xây dựng chính sách, tổ chức thi hành pháp luật, về hoạt động của hệ thống hành chính nhà nước: Thủ tướng Chính phủ “lãnh đạo công tác của Chính phủ; lãnh đạo việc xây dựng chính sách và tổ chức thi hành pháp luật”, “lãnh đạo và chịu trách nhiệm về hoạt động của hệ thống hành chính từ Trung ương đến địa phương, bảo đảm tính thống nhất và thông suốt của nền hành chính quốc gia”, “đình chỉ việc thi hành hoặc bãi bỏ văn bản của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trái với Hiến pháp, luật và các văn bản của cơ quan nhà nước cấp trên; đình chỉ việc thi hành nghị quyết của Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trái với Hiến pháp, luật và các văn bản của cơ quan nhà nước cấp trên, đồng thời đề nghị Ủy ban thường vụ Quốc hội bãi bỏ”; bổ sung thẩm quyền “quyết định và chỉ đạo việc đàm phán, chỉ đạo việc ký, gia nhập điều ước quốc tế thuộc nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ; tổ chức thực hiện điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên” (khoản 5 Điều 98)…
Đối với Phó Thủ tướng Chính phủ, so với Hiến pháp năm 1992, Hiến pháp năm 2013 bổ sung quy định về vị trí và nhiệm vụ của Phó Thủ tướng Chính phủ: là thành viên Chính phủ (khoản 1 Điều 95), giúp Thủ tướng Chính phủ làm nhiệm vụ theo sự phân công của Thủ tướng Chính phủ và chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về nhiệm vụ được phân công (khoản 3 Điều 95), cùng các thành viên khác của Chính phủ chịu trách nhiệm tập thể về hoạt động của Chính phủ (khoản 4 Điều 95).
Đối với Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Hiến pháp 2013 xác định rõ hơn, cụ thể hơn về vị trí, vai trò, nhiệm vụ, quyền hạn như chịu trách nhiệm cá nhân trước Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ, Quốc hội về ngành, lĩnh vực được phân công phụ trách, cùng các thành viên khác chịu trách nhiệm tập thể về hoạt động của Chính phủ (khoản 4 Điều 95).
Là thành viên Chính phủ và là người đứng đầu bộ, cơ quan ngang bộ, lãnh đạo công tác của Bộ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ chịu trách nhiệm quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực được phân công, tổ chức thi hành và theo dõi việc thi hành pháp luật liên quan đến ngành, lĩnh vực trong phạm vi toàn quốc (khoản 1 Điều 99); ban hành văn bản pháp luật, kiểm tra việc thi hành các văn bản đó và xử lý các văn bản trái pháp luật theo quy định của luật (Điều 100)…
Về mối quan hệ phối hợp, kiểm soát quyền lực giữa Chính phủ với Tòa án nhân dân, Hiến pháp năm 2013 không có quy định trực tiếp về cơ chế phối hợp, kiểm soát quyền lực giữa Chính phủ với Tòa án nhân dân. Tuy nhiên, để thực hiện nhiệm vụ “cơ quan hành chính nhà nước cao nhất của nước CHXHCN Việt Nam”, Chính phủ có trách nhiệm quản lý về tổ chức bộ máy hành chính nhà nước và chế độ công vụ, công chức.
