Theo số liệu thống kê, có khoảng hơn 100 doanh nghiệp được cấp phép thực hiện chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước nhưng thực tế chỉ có khoảng 20 nhóm doanh nghiệp thực sự là đơn vị triển khai các chuyến bay sau khi được duyệt. Số còn lại là doanh nghiệp cho mượn pháp nhân hoặc đứng cấp phép chuyến bay, sau đó bán quyền được tổ chức các chuyến bay cho doanh nghiệp khác thực hiện.
Để doanh nghiệp được tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước phải qua nhiều bước, nhiều công đoạn khác nhau theo trình tự thủ tục: Có văn bản chấp thuận của VPCP, Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ; có văn bản chấp thuận chủ trương cách ly y tế của UBND các tỉnh, thành phố. Trong thời gian đó, doanh nghiệp còn song song ký hợp đồng và đặt cọc tiền thuê tàu bay với hãng hàng không, ký hợp đồng và đặt cọc tiền thuê khách sạn... Do vậy, nếu không được VPCP, Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ và địa phương chấp thuận chuyến bay và chủ trương cách ly y tế theo dự kiến thì doanh nghiệp sẽ chịu thiệt hại lớn về tài chính.
Tại thời điểm đó, cũng vì dịch bệnh COVID-19 nên doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn, không có nguồn thu, không có việc làm trong khi họ vẫn phải chi phí tiền thuê mặt bằng, trả lương cho nhân viên. Vì vậy, nên khi bị yêu cầu hoặc bị gây khó dễ để được phê duyệt, tổ chức chuyến bay, các đối tượng đại diện doanh nghiệp bằng nhiều hình thức khác nhau trực tiếp hoặc qua trung gian đưa số lượng tiền lớn cho những người có nhiệm vụ, quyền hạn. Ngoài ra, nhiều đối tượng lợi dụng việc doanh nghiệp xin tổ chức các chuyến bay "combo" từ các cơ quan có thẩm quyền để trung gian thực hiện hành vi môi giới hối lộ, lừa đảo chiếm đoạt tài sản nhằm thu lợi bất chính.
Quá trình điều tra, Cơ quan ANĐT Bộ Công an xác định bị can Lê Văn Nghĩa, Giám đốc Công ty Nhật Minh đã có hành vi đưa hối lộ hơn 9,6 tỷ đồng cho 8 cá nhân có thẩm quyền để xin cấp giấy phép các chuyến bay cho các doanh nghiệp của Nghĩa. Quá trình điều tra, bị can đã tự nguyện nộp lại 300 triệu đồng.
Bị can Võ Thị Hồng đã đưa cho bị can Bùi Huy Hoàng để đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền của Tổ công tác 5 Bộ, địa phương với số tiền hơn 10 tỷ đồng; Trần Quốc Tuấn môi giới hối lộ hơn 7,4 tỷ đồng; bị can Hoàng Diệu Mơ đã đưa hối lộ cho 7 cá nhân có thẩm quyền để xin cấp phép cho 66 chuyến bay của nhóm Công ty An Bình và 5 công ty liên kết lao động về nước. Cơ quan ANĐT Bộ Công an xác định, Mơ đã đưa hối lộ hơn 34 tỷ đồng.
Cơ quan ANĐT Bộ Công an xác định Nguyễn Tiến Mạnh, Giám đốc Công ty Hoàng Long Luxury đã đưa hối lộ hơn 27 tỷ đồng; bị can Vũ Thuỳ Dương, Giám đốc Công ty Lữ Hành Việt đưa hối lộ hơn 24 tỷ đồng và Hoàng Anh Kiếm đưa hối lộ hơn 22.8 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Thị Tường Vy, Giám đốc Công ty ATA đưa hối lộ cho 9 cá nhân có thẩm quyền số tiền hơn 11,8 tỷ đồng để cấp phép 32 chuyến bay cho nhóm Công ty ATA, Invest, Minh Vượng; Bị can Trần Thị Mai Xa đã đưa hối lộ hơn 8,1 tỷ đồng để xin cấp phép cho 18 chuyến bay…Bị can Nguyễn Thị Hiền đã đưa hối lộ hơn 4,1 tỷ đồng; Lê Thị Ngọc Anh đưa hối lộ hơn 5,5 tỷ đồng và 91,500 USD; bị can Phạm Thị Kim Ngân đã môi giới giúp Lê Thị Ngọc Anh đưa hơn 1,9 tỷ đồng.
Nhiều bị can đã khai rằng, nguyên nhân của sự việc là do họ mong muốn đưa người dân Việt Nam hết hạn hợp đồng lao động, học tập, bị kẹt tại nước ngoài về nước trong đợt dịch bệnh COVID-19 và để duy trì hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp nên buộc phải tìm cách liên hệ với các cán bộ có thẩm quyền để được cấp phép chuyến bay.
Bị can Nguyễn Anh Tuấn nhận 42,8 tỉ để “chạy án” trong vụ “chuyến bay giải cứu” 
Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng nhận hối lộ 21,5 tỷ đồng trong vụ "chuyến bay giải cứu" 
