Theo kết quả điều tra, Nguyễn Thọ Trí là Phó Tổng giám đốc được bị can Năng phân công phụ trách, xử lý 4 cơ sở nhà, đất và được Hội đồng thành viên Vinafood II cử là người đại diện 20% phần vốn nhà nước của Vinafood II tại Công ty Việt Hân Sài Gòn (theo quyết định của Hội đồng thành viên Vinafood II).
Mặc dù, biết rõ Thủ tướng Chính phủ (đồng ý về nguyên tắc), Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chấp thuận chủ trương cho phép Vinafood II được dùng một phần giá trị quyền sử dụng đất để góp vốn, sau đó thoái vốn theo quy định của pháp luật, không có nội dung chỉ đạo cho phép được chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho Công ty Việt Hân. Tuy nhiên, Trí vẫn thực hiện các thủ tục theo chỉ đạo để giúp Năng hợp thức hóa việc Vinafood II chuyển nhượng trái pháp luật 4 cơ sở nhà, đất cho Công ty Việt Hân với giá 730 tỷ đồng (với thủ đoạn chuyển nhượng trước phần lớn giá trị quyền sử dụng đất với giá 570 tỷ đồng; chuyển nhượng phần giá trị quyền sử dụng đất còn lại với giá 160 tỷ đồng thông qua hình thức góp vốn, thoái vốn qua đó hoàn tất việc chuyển nhượng toàn bộ khu đất cho Công ty Việt Hân).
Cụ thể, sau khi được Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chấp thuận chủ trương cho phép Vinafood II được dùng giá trị quyền sử dụng đất tại 4 cơ sở nhà, đất để thực hiện việc liên kết, góp vốn với Công ty Việt Hân tiếp tục triển khai thực hiện dự án, bị can Trí giúp Năng tổ chức, tham gia cuộc họp mang tính hình thức với các trưởng, phó các phòng nghiệp vụ để thống nhất, thông qua giá trị khu đất là 730 tỷ đồng, mức giá này bằng với giá theo đề nghị mua của Công ty Việt Hân tại văn bản số 44/2015/CV-VH ngày 21/9/2015; đồng thời tham gia cuộc họp với Ban Tổng giám đốc tại cuộc họp ngày 21/9/2015 và ngày 5/10/2015 để thống nhất, thông qua việc xác định giá trị khu đất 730 tỷ, làm cơ sở cho Tổng Giám đốc lập tờ trình cho Hội đồng thành viên Vinafood II thông qua.
Hợp đồng hợp tác thành lập Công ty TNHH 2 thành viên ngày 12/11/2015, mặc dù nội dung thể hiện lộ trình chuyển nhượng vốn góp (lần 1 vào tháng 11/2015 chuyển nhượng 80% với giá 570 tỷ đồng, lần 2 vào tháng 12/2015 chuyển nhượng 20% giá trị với giá 160 tỷ đồng). Thực chất đây là lộ trình chuyển nhượng giá trị quyền sử dụng đất. Do phần giá trị quyền sử dụng đất trị giá 570 tỷ đồng, Vinafood II không góp vào Công ty Việt Hân Sài Gòn nên không thể chuyển nhượng vốn góp. Đối với việc chuyển nhượng 20% vốn góp thì giá trị chuyển nhượng phải được xác định tại thời điểm chuyển nhượng, nhưng thực tế Vinafood II và Công ty Việt Hân đã xác định trước. Do đó có cơ sở để xác định, việc đưa ra phương án góp vốn, thoái vốn trên để hợp thức hóa cho việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất chỉ định cho Công ty Việt Hân.
Điều đáng nói, hợp đồng này có nhiều nội dung trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, nhưng Trí vẫn tham mưu, ký nháy cho Năng ban hành văn bản để yêu cầu Công ty Việt Hân Sài Gòn chuyển thanh toán số tiền 570 tỷ đồng theo lộ trình của hợp đồng trên…
Khi Công ty Việt Hân Sài Gòn đã hoàn tất việc thanh toán 570 tỷ đồng cho phần còn lại của giá trị quyền sử dụng 4 cơ sở nhà, đất (sau khi đã trừ đi phần giá trị quyền sử dụng đất trị giá 160 tỷ đồng để góp 20% vốn vào Công ty Việt Hân Sài Gòn), Trí tham mưu và ký nháy để Năng ký ban hành 3 văn bản, gồm: Phương án thoái vốn số 4089/VP-TCT ngày 11/12/2015 gửi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có nội dung xin thoái phần vốn góp trị giá 160 tỷ đồng; biên bản thỏa thuận ngày 29/12/2015 với bị can Chinh, về việc thỏa thuận chuyển nhượng 20% vốn góp với giá 160 tỷ đồng, văn bản gửi Hội đồng thành viên phê duyệt nội dung thoái vốn và giá chuyển nhượng 160 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra đánh giá, căn cứ vào tài liệu, chứng cứ đã thu thập được, có đủ cơ sở xác định bị can Trí đã tham gia xuyên suốt toàn bộ quá trình xin chủ trương, thực hiện các thủ tục góp vốn, thoái vốn, chuyển nhượng quyền sử dụng đất nên biết rõ chủ trương, chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Hội đồng thành viên, chỉ cho phép Vinafood II được dùng một phần giá trị quyền sử dụng đất của 4 cơ sở nhà, đất để góp vốn và sau đó thực hiện thoái phần vốn (một phần giá trị quyền sử dụng đất), không có nội dung chỉ đạo, chủ trương cho phép Vinafood II được chuyển nhượng phần giá trị quyền sử dụng đất còn lại của 4 cơ sở nhà, đất nêu trên cho Công ty Việt Hân. Nhưng bị can Trí vẫn cố ý giúp sức bị can Năng thực hiện các thủ tục để hợp thức hóa cho việc chuyển nhượng trái pháp luật, trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đối với 4 cơ sở, nhà đất nêu trên cho Công ty Việt Hân với giá 730 tỷ đồng, từ đó gây thất thoát tài sản nhà nước là 970 tỷ đồng.
Chuyển giao “đất vàng” trái quy định, bộ sậu cựu lãnh đạo Vinafood II lãnh án 
Những vụ tự ý chuyển nhượng tài sản không qua đấu giá của Vinafood II 
