Đối với môn bóng đá nam, Ban tổ chức sẽ tiến hành phân loạt hạt giống cho 10 đội tham dự dựa trên thành tích cao nhất của các đội tuyển trong hai kỳ SEA Games gần nhất (Năm 2017 tại Kuala Lumpur và 2019 tại Philippines).
Theo đó, nhóm 1 gồm Việt Nam và Thái Lan (mỗi đội 1 lần vô địch), nhóm 2 gồm Indonesia và Malaysia (mỗi đội 1 lần hạng Nhì), nhóm 3 gồm Myanmar và Campuchia (1 đội hạng Ba và 1 đội vào bán kết), nhóm 4 gồm Philippines và Singapore (mỗi đội 1 lần xếp thứ ba tại vòng bảng), nhóm 5 gồm Lào và Timor Leste (đứng thứ tư và thứ năm vòng bảng).
10 đội được bốc thăm vào 2 bảng A và B. Đội chủ nhà Việt Nam mang mã số A1 thi đấu trận khai mạc, Thái Lan sẽ mang mã số B1. Các nhóm còn lại sẽ bốc thăm vào các mã số tương ứng.
Về thể thức, các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng để chọn 02 đội có thành tích tốt nhất tại hai bảng vào thi đấu Bán kết, Chung kết và tranh huy chương Đồng. Đội hình tham dự SEA Games 31 môn bóng đá nam là đội U23 +3 (3 cầu thủ trên 23 tuổi). Mỗi đội bóng được đăng ký sơ bộ đến 50 cầu thủ cho SEA Games 31.
Với 10 đội, bóng đá nam sẽ được chia làm 2 bảng. Bảng đấu của chủ nhà Việt Nam sẽ tổ chức tại sân Việt Trì (Phú Thọ), bảng còn lại đấu tại sân Thiên Trường (Nam Định). Các trận đấu bán kết, chung kết môn bóng đá nam sẽ diễn ra trên sân Mỹ Đình (Hà Nội).
Với thế thức này, đương kim vô địch U23 Việt Nam sẽ không gặp "đại kình địch" U23 Thái Lan ngay tại vòng bảng. Tuy nhiên nhiệm vụ của các nhà đương kim vô địch chắc chắn phải là ngôi đầu bảng A.
Theo kế hoạch, vào lúc 10h sáng mai (6/4), lễ bốc thăm chia bảng môn bóng đá, bao gồm bóng đá nam - nữ, futsal nam - nữ, của SEA Games 31 sẽ diễn ra tại Hà Nội.
Môn Bóng đá nữ chưa chốt được địa điểm thi đấu thứ 2
Theo lịch dự kiến môn bóng đá nữ tại SEA Games 31 sẽ diễn ra từ ngày 9/5 đến 21/5. Trong khi bảng đấu của đội tuyển nữ Việt Nam (bảng A) được ấn định tại sân vận động Cẩm Phả (Quảng Ninh) thì địa điểm tổ chức bảng B hiện vẫn chưa được ban tổ chức ấn định.
Lý do của sự chậm trẽ này do dự trù trước đó chỉ có 5-6 đội nữ đăng ký tham dự nên chủ nhà Việt Nam chỉ chuẩn bị sân Cẩm Phả, Quảng Ninh diễn ra thi đấu môn bóng đá nữ. Tuy nhiên hiện thời số đội tham gia môn bóng đá nữ là 8 đội (gồm: Việt Nam,Thái Lan, Myanmar, Philippines, Campuchia, Indonesia, Lào, Singapore) nên một địa điểm sẽ không đủ đáp ứng nhu cầu.
Trước khi SEA Games 31 diễn ra, bóng đá quốc nội sẽ vẫn kịp tổ chức thêm một lượt đấu tại Cup Quốc gia. Một trong các trận đấu sắp thuộc giải này là cuộc đối đầu với CLB bóng đá CAND tại Cup Quốc gia vào ngày 7/4 tới. Trong mùa giải 2022, Công ty Cổ phần Nông nghiệp BaF Việt Nam (Công ty BaF) trở thành Nhà tài trợ chính của Giải bóng đá Cúp Quốc gia 2022. Theo đó, Giải đấu có tên gọi chính thức là Giải bóng đá Cúp Quốc gia - BaF Meat 2022 (Viết tắt: Giải Bóng đá CQG – BaF Meat 2022).
U22 Việt Nam lên ngôi vàng bóng đá SEA Games 30 
U23 Việt Nam và khoảng trống ở SEA Games 31 
