Theo cáo trạng, bị can Đồng Xuân Thụ với vai trò là Tổng Biên tập, trong quá trình điều hành hoạt động của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã chỉ đạo phóng viên của tạp chí đi tìm các sai phạm của tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp để viết bài. Các bài báo phản ánh sai phạm được đăng tải lên địa chỉ web của tạp chí: “moitruongvadothi.vn”, từ đó gây sức ép, buộc các cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải liên hệ với phóng viên (hoặc phóng viên tự liên hệ) để tìm cách xử lý, xin được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài, sửa bài viết hoặc không viết tiếp bài báo khác về sai phạm đó nữa.
Các phóng viên đã yêu cầu cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp phải làm hợp đồng ủng hộ chương trình “Cây chổi vàng”, “Vẽ tranh cho thiếu nhỉ”, hợp đồng truyền thông với một số tiền, để được gỡ bài, ẩn bài, xóa bài hoặc không viết tiếp các bài báo phản ánh sai phạm của cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp đó nữa.
Viện kiểm sát xác định, bị can Đồng Xuân Thụ phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền liên quan 82 vụ mà các phóng viên đã chiếm đoạt của các bị hại là hơn 5 tỷ đồng.
Nguyễn Thị Ánh Hồng trong vai trò là Phó Tổng biên tập và thủ quỹ trong quá trình điều hành hoạt động của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã giúp Thụ trong việc điều hành công việc của tạp chí, ký giấy giới thiệu cho các phóng viên đi tìm hiểu sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp. Thực hiện xóa, ẩn, gỡ, đính chính bài viết phản ánh sai phạm của các cá nhân, công ty, doanh nghiệp khi các cá nhân, công ty, doanh nghiệp nộp tiền dưới hình thức ủng hộ chương trình "Cây chổi vàng". Giúp Thụ trong việc thu chi, chia phần trăm thụ hưởng các khoản tiền mà phóng viên chiếm đoạt của các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp.
Viện kiểm sát xác định, bị can Hồng phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền mà các phóng viên đã chiếm đoạt của các bị hại trong các vụ việc.
Đối với Kế toán Tạp chí Môi trường và Đô thị là Cao Thị Thu Hường, Viện kiểm sát xác định, Hường biết việc Tổng Biên tập Đồng Xuân Thụ chỉ đạo các phóng viên đi thu thập thông tin, tài liệu viết bài phản ánh sai phạm của các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp và ép buộc họ phải nộp tiền dưới hình thức ủng hộ chương trình "Cây chổi vàng", hợp đồng quảng cáo... để được xóa, gỡ, đính chính hoặc không bị viết tiếp bài nữa.
Hường đã tiếp nhận ý kiến chỉ đạo của Đồng Xuân Thụ, nhận tiền từ các tổ chức, cá nhân, công ty, doanh nghiệp bị ép buộc, giúp Thụ quản lý, thu, chi phân chia số tiền đã chiếm đoạt được cho các phóng viên. Do đó, Hường phải chịu trách nhiệm với toàn bộ số tiền mà các phóng viên của Tạp chí Môi trường và Đô thị đã chiếm đoạt của các bị hại. Cáo trạng cũng xác định trách nhiệm dân sự, các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ đối với 42 bị can trong vụ án.
Tổng Biên tập Đồng Xuân Thụ cùng thuộc cấp cưỡng đoạt hàng chục tỷ đồng thông qua chương trình “Cây Chổi Vàng" 
Khám xét khẩn cấp nơi ở, nơi làm việc ông Đồng Xuân Thụ, Tổng Biên tập Tạp chí Môi trường và đô thị 
