Có 4 bị can bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” gồm: Lương Văn Hóa (SN 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Thanh Tòng (SN 1959, cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (SN 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Dược phẩm Cửu Long) và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (SN 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh TP Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành Phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Dược phẩm Cửu Long).
5 bị can còn lại bị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” gồm: Cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang, Dương Huy Liệu (SN 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính-Bộ Y tế), Nguyễn Việt Hùng (SN 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược-Bộ Y tế), Nguyễn Nam Liên (SN 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính-Bộ Y tế, cựu Phó trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A/H5N1 Bộ Y tế), Phạm Thị Minh Nga (SN 1972, cựu chuyên viên Vụ kế hoạch Tài chính-Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A/H5N1 Bộ Y tế),
Theo cáo trạng, Công ty Dược phẩm Cửu Long được thành lập năm 2004, ban đầu có vốn Nhà nước chiếm 51,07%. Năm 2019, sau khi Nhà nước thoái toàn bộ vốn, Công ty Dược phẩm Cửu Long trở thành công ty cổ phần 100% vốn tư nhân.
Năm 2005, dịch cúm A/H5N1 diễn biến phức tạp, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir để phòng, chống dịch tại Việt Nam. Bộ Y tế được giao nhiệm vụ tổ chức triển khai, chỉ đạo, giám sát việc sản xuất thuốc, dự trữ thuốc theo kế hoạch.
Bộ Y tế sau đó giao Vụ Kế hoạch - Tài chính phối hợp cùng Bộ Tài chính xây dựng giá thuốc Oseltamivir sản xuất trong nước. Trong số các doanh nghiệp được Bộ Y tế đặt hàng sản xuất thuốc Oseltamivir, có Công ty Dược phẩm Cửu Long.
Từ tháng 2 đến tháng 4/2006, Công ty Dược phẩm Cửu Long nhập 520 kg nguyên liệu Oseltamivir với giá 9,1 triệu USD của Công ty Mambo (Singapore). Công ty Dược phẩm Cửu Long đã thanh toán cho Công ty Mambo 5,25 triệu USD, còn lại 3,848 triệu USD được trả chậm sáu tháng kể từ ngày nhận hàng.
Về sau này, giá nguyên liệu giảm, Lương Văn Hóa đã chỉ đạo cấp dưới đề nghị Công ty Mambo cho giảm giá số tiền 3,848 triệu USD, đồng thời hoàn thiện giấy tờ để ngoài sổ sách số tiền này.
Trong nhiều lần làm việc với Bộ Y tế, Lương Văn Hóa không báo cáo và báo cáo sai sự thật về việc được giảm giá mua nguyên liệu. Khi bị phát hiện và yêu cầu báo cáo về việc thanh toán tiền mua nguyên liệu, Lương Văn Hoá tiếp tục chỉ đạo cấp dưới làm các thủ tục lòng vòng để hợp thức hồ sơ thanh toán.
Kết quả điều tra xác định, số tiền mà Công ty Dược phẩm Cửu Long giữ lại không thanh toán cho Công ty Mambo là khoản tiền có nguồn gốc ngân sách nhà nước. Các bị can tại Công ty Dược phẩm Cửu Long đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để làm trái công vụ, trái nguyên tắc tài chính, cố ý không báo cáo Bộ Y tế, Bộ Tài chính để hạch toán giảm nợ và ghi giảm giá vốn. Hành vi này dẫn tới ngân sách Nhà nước bị thiệt hại 3,848 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng).
Đối với các bị can tại Bộ Y tế, cáo trạng xác định, các bị can được giao nhiệm vụ ký kết hợp đồng, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng và định kỳ kiểm tra, đánh giá việc mua bán nguyên liệu sản xuất thuốc giữa Công ty Dược phẩm Cửu Long và nhà cung cấp.
Tuy nhiên, các bị can đã thiếu trách nhiệm, thực hiện không đúng, không đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, không xem xét, đánh giá việc thực hiện điều khiển đàm phán giá mua nguyên liệu, không kiểm tra báo cáo tài chính, chứng từ thanh toán… Hành vi này dẫn đến hậu quả là không phát hiện Công ty Dược phẩm Cửu Long được giảm giá và giữ lại số tiền 3,848 triệu USD.
Cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang với tư cách Trưởng ban chỉ đạo giải quyết những vấn đề liên quan đến thuốc Tamiflu và Oseltamivir, đã ký quyết định thành lập đoàn kiểm tra liên ngành kiểm tra tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc.
Tuy nhiên, khi được Trưởng đoàn là bị can Nguyễn Việt Hùng báo cáo về việc Công ty Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp 3,848 triệu USD, đồng thời cả Bộ Tài chính và Bộ Y tế đều có chỉ đạo kiểm tra đối với số tiền này, nhưng bị can Cao Minh Quang không chỉ đạo kiểm tra, làm rõ.
Tại cơ quan điều tra, bị can Cao Minh Quang khai, khi được Bộ Y tế chỉ đạo kiểm tra số tiền 3,848 triệu USD, ông đã giao Cục Quản lý Dược tổng hợp ý kiến để báo cáo Thủ tướng Chính phủ, nhưng Cục Quản lý Dược không làm theo. Do bận nhiều việc nên ông không đề xuất hay giao đơn vị có chức năng kiểm tra tiếp.
Bị can Cao Minh Quang còn cho rằng, việc kiểm tra tài chính là nhiệm vụ của Thứ trưởng Bộ Y tế phụ trách tài chính, không thuộc nhiệm vụ của ông. Dù vậy, bị can Cao Minh Quang cũng thừa nhận, có thiếu sót khi không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ, chức trách được giao.
Sau khi kết thúc điều tra vụ án, bị can Cao Minh Quang có đơn gửi Cơ quan điều tra Bộ Công an và Viện KSND tối cao xác nhận sai phạm, đồng thời tự nguyện nộp số tiền 1,5 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
Cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược Nguyễn Việt Hùng thừa nhận, có thiếu sót khi chưa tham mưu đầy đủ cho lãnh đạo Bộ Y tế, không chỉ đạo kiểm tra hay đề xuất kiểm tra tiếp đối với số tiền 3,848 triệu USD của Công ty Dược phẩm Cửu Long, không tổng hợp ý kiến thành viên đoàn kiểm tra để làm rõ công ty đã thanh toán tiền mua nguyên liệu hay chưa…
Những lời khai về cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang tại Toà 
Thủ tướng giao Thanh tra CP làm rõ vụ tố cáo Thứ trưởng Cao Minh Quang 
