Theo đó, ngoài các hành vi đã kết luận điều tra, truy tố và xét xử tại giai đoạn I vụ án, quá trình điều tra giai đoạn II, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã điều tra và kết luận 3 hành vi phạm tội, cụ thể: Hành vi “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” trong việc phát hành 25 gói trái phiếu “khống” (308.691.388 trái phiếu) không có tài sản đảm bảo, mất khả năng thanh toán của 4 pháp nhân gồm: Công ty Cổ phần Tập đoàn Đầu tư An Đông, Công ty Cổ phần Đầu tư Quang Thuận, Công ty CP Đầu tư & Phát triển Sunny World và Công ty CP Dịch vụ - Thương mại TP Hồ Chí Minh với tổng giá trị 30.869.138.800.000 đồng, đến nay còn dư nợ 30.081.509.700.000 đồng của 35.824 nhà đầu tư.
Hành vi “Rửa tiền” đối với số tiền 445.747.604.370.480 đồng (trong đó có 415.666.604.370.480 đồng từ nguồn tiền phạm tội “Tham ô tài sản” của Ngân hàng SCB và 30.081.509.700.000 đồng từ nguồn tiền do phạm tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản) và Hành vi “Vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới” đối với số tiền 4.536.413.154 USD, tương đương 106.730.728.811.514 đồng.
Theo kết luận điều tra, Trương Mỹ Lan, Chủ tịch HĐQT Tập đoàn VTP mặc dù không trực tiếp giữ chức vụ tại Ban quản trị, Ban điều hành SCB, nhưng thông qua nhiều pháp nhân, cá nhân đứng tên hộ sở hữu cổ phần đã nắm giữ số lượng rất lớn, chiếm gần tuyệt đối Cổ phần Ngân hàng SCB (trên 90% số Cổ phần SCB), bố trí người thân tín của mình giữ các chức vụ chủ chốt để nắm quyền điều hành, chi phối, chỉ đạo toàn bộ hoạt động của Ngân hàng này, biến SCB trở thành công cụ để Lan tổ chức huy động tiền gửi, vay vốn, chạy dòng tiền; đối phó, che giấu hành vi phạm tội của mình và đồng phạm.
Tập đoàn VTP không tham gia phát hành trái phiếu nhưng Trương Mỹ Lan, Chủ tịch HĐQT là người chủ thực sự, nắm quyền quyết định đối với các Công ty Tổ chức phát hành và các Công ty có liên quan Tập đoàn VTP.
Việc tạo dựng một số lượng lớn Công ty “ma”, cá nhân đứng tên còn là tiền đề cho việc thực hiện thủ thuật tài chính thường gọi tại Tập đoàn VTP là “Giải quỹ” (đã được điều tra, kết luận ở vụ án Giai đoạn 1), thực chất là cho các Công ty chuyển tiền cho các cá nhân dưới hình thức “hứa chuyển nhượng cổ phần” của các Công ty ma thuộc Tập đoàn với mức đơn giá cổ phần được nâng khống lên nhiều lần tùy vào quy mô và tài sản của các Công ty; làm căn cứ chuyển tiền và rút tiền ra khỏi hệ thống Ngân hàng SCB mà không làm phát sinh thuế theo quy định của pháp luật.
Ứng dụng của thủ thuật “Giải quỹ” được sử dụng chính cho việc rút tiền (dòng tiền thật) từ các khoản giải ngân của Ngân hàng SCB nhằm “cắt đứt” dòng tiền, “che giấu” mục đích sử dụng tiền, ngoài ra còn được sử dụng khi cần chạy “kỹ thuật” các dòng tiền “khống” trong quá trình tạo lập trái chủ sơ cấp cho các gói trái phiếu của các Công ty phát hành hay rút tiền từ nước ngoài chuyển về…
Trương Mỹ Lan và các đồng phạm còn ra chủ trương phát hành trái phiếu, lựa chọn Tổ chức phát hành, Trái chủ sơ cấp, chạy dòng tiền “khống” để tạo lập 25 gói trái phiếu “khống” bán cho các nhà đầu tư để chiếm đoạt, sử dụng.
Trong các Công ty thuộc Tập đoàn VTP, Công ty An Đông có cổ đông là Tập đoàn VTP chiếm 49% vốn điều lệ, bị can Trương Mỹ Lan chiếm 20% vốn điều lệ; là Công ty gắn liền với uy tín, tài sản của Trương Mỹ Lan và Tập đoàn VTP.
Năm 2018, trên cơ sở đề xuất của Nguyễn Phương Hồng, Trương Mỹ Lan đã đồng ý chủ trương sử dụng Công ty An Đông để phát hành từ 10.000 tỷ đồng đến 15.000 tỷ đồng trái phiếu nhằm thu xếp nguồn tiền hỗ trợ tài chính cho Ngân hàng SCB – khi đó đang gặp khó khăn và bị thanh tra, kiểm tra, bị hạn chế về hạn mức tín dụng và nhiều hoạt động khác; sau đó, theo tình hình thực tế phát sinh nhiều áp lực tài chính nên đã phát hành trái phiếu Công ty An Đông lên tới 25.000 tỷ đồng và trái phiếu Sunny World, Quang Thuận, Setra (không có tài sản đảm bảo); hiện 4 Công ty đã phát hành tổng cộng 25 mã trái phiếu trái quy định, còn dư nợ 30.081.509.700.000 đồng không thể trả nợ.
Để triển khai chủ trương của mình, Trương Mỹ Lan mời Đinh Văn Thành, Nguyên Chủ tịch HĐQT Ngân hàng SCB; Võ Tấn Hoàng Văn, Tổng Giám đốc Ngân hàng SCB; Nguyễn Phương Hồng, Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng SCB; Nguyễn Tiến Thành, Tổng Giám đốc Công ty Chứng khoán TVSI (TVSI) và Hồ Bửu Phương, Phó Tổng giám đốc phụ trách tài chính của Tập đoàn VTP, đến ăn cơm trưa ở trụ sở Tập đoàn VTP.
Trong bữa cơm, Lan ra chủ trương đồng ý cho mượn Công ty An Đông để phát hành trái phiếu, huy động nguồn tiền cho hoạt động của Ngân hàng SCB, giao cho các cá nhân trên chủ động nghiên cứu thực hiện.
Quá trình làm việc với Cơ quan điều tra, Trương Mỹ Lan thừa nhận việc Lan ra chủ trương phát hành trái phiếu của các Công ty thuộc Tập đoàn là trái quy định pháp luật, vì không dùng tiền phát hành trái phiếu vào việc đầu tư, sản xuất kinh doanh, tạo nguồn thu thực tế để đảm bảo cho việc trả nợ trái phiếu mà dùng để xử lý các khoản tài chính cho Ngân hàng SCB dẫn đến không có khả năng chi trả.
Trương Mỹ Lan xin chịu trách nhiệm về sai phạm của mình và việc trả nợ trái phiếu cho các trái chủ bằng hình thức sử dụng toàn bộ tiền, tài sản của Lan đã bị kê biên, phong tỏa, ngăn chặn, thu giữ và toàn bộ các khoản tiền, tài sản mà TAND TP Hồ Chí Minh đã tuyên các cá nhân/tổ chức phải trả lại hoặc bồi thường cho Lan để ưu tiên thanh toán nợ và lãi trái phiếu cho các trái chủ.
Ngoài ra, Lan mong muốn những cá nhân/tổ chức có liên quan đến việc sử dụng tiền huy động được từ trái phiếu của các Công ty này phải cùng có trách nhiệm để đảm bảo việc trả hết nợ và lãi trái phiếu cho người dân.
Căn cứ kết quả điều tra vụ án và tài liệu chứng cứ đã thu thập có căn cứ xác định hành vi của Trương Mỹ Lan đã phạm vào tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” quy định tại Khoản 4, Điều 174 Bộ luật Hình sự 2015, chiếm đoạt 30.081.509.700.000 đồng.
Kết thúc điều tra vụ án tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, Ngân hàng SCB 
Tìm người bị hại trong vụ án xảy ra tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát 
