Việc điều tra, khởi tố được thực hiện sau khi Công an TP Đà Nẵng tiếp nhận, xác minh hồ sơ của Thanh tra TP Đà Nẵng về sai phạm về quản lý tài sản nhà nước liên quan đến Công ty ĐTPTN Đà Nẵng và cá nhân ông Nguyễn Quang Trung. Tuy nhiên, qua tìm hiểu, từ năm 2019, Kiểm toán Nhà nước cũng đã nêu ra hàng loạt sai phạm liên quan đến việc giao đất, sử dụng đất tại công ty này trong và sau quá trình cổ phần hóa (CPH).
Theo Kiểm toán Nhà nước, việc quản lý, sử dụng đất đai khi CPH nhiều doanh nghiệp nhà nước trên địa bàn TP Đà Nẵng giai đoạn 2011-2017, bao gồm cả Công ty ĐTPTN Đà Nẵng chưa thực hiện đúng quy định. Sở Tài nguyên và môi trường (TN&MT) TP Đà Nẵng đã có một số hạn chế, thiếu sót như chưa kiểm tra, rà soát trước khi trình UBND TP phê duyệt phương án sử dụng đất khi thực hiện CPH tại một số doanh nghiệp; chưa theo dõi chặt chẽ tình hình quản lý sử dụng đất của doanh nghiệp CPH dẫn đến chưa kịp thời phát hiện những sai sót trong việc chấp hành phương án sử dụng đất đã được phê duyệt. Việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất cho nhiều doanh nghiệp từ hình thức thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất có dấu hiệu sai phạm, làm trái quy định, không thực hiện đúng trình tự thủ tục theo quy định của pháp luật.
Việc xác định giá trị quyền sử dụng đất (QSDĐ) thiếu căn cứ, không phù hợp với các phương án xác định giá đất, như không có thông tin về giá của thửa đất tương tự đã chuyển nhượng, thông tin rao bán trên thị trường. Ngay sau khi UBND TP Đà Nẵng cho phép chuyển từ đất cho thuê sang giao đất, rất nhiều khu đất đã được các doanh nghiệp nhanh chóng sang nhượng và hưởng lợi lớn, trong khi nhà nước phải gánh chịu thiệt hại.
Kết quả kiểm toán cho thấy, Công ty ĐTPTN Đà Nẵng là một trong số những doanh nghiệp được UBND TP Đà Nẵng trước đây ưu ái giao hàng loạt khu đất diện tích lớn trái quy định pháp luật. Cụ thể năm 2010, Công ty được UBND TP giao thửa đất tại số 13 Nguyễn Chí Thanh, với diện tích 851,6m2 và thửa số 59 Lê Duẩn diện tích 776,7m2 với mục đích xây dựng chung cư cao tầng mà không qua đấu thầu.
Không những vậy, thửa đất số 59 Lê Duẩn còn được giảm giá 20% so với đề xuất của Hội đồng thẩm định giá đất của thành phố. Nhưng sau khi được giao đất, Công ty ĐTPTN Đà Nẵng không triển khai thực hiện dự án xây dựng chung cư như chủ trương của thành phố mà mang quyền sử dụng lô đất 13 Nguyễn Chí Thanh đi góp vốn, thành lập một pháp nhân khác do ông Nguyễn Quang Trung làm Chủ tịch HĐQT là Công ty CP Đầu tư Tia Sáng Mới.
Đến thời điểm này, lô đất đang được sử dụng làm bãi đỗ ôtô và buôn bán hàng ăn uống, không đúng mục đích khi giao quyền sử dụng đất. Còn lô đất tại số 59 Lê Duẩn, Công ty ĐTPTN Đà Nẵng đã chuyển nhượng cho một đơn vị khác để xây khách sạn, trái với chủ trương sử dụng đất của UBND TP Đà Nẵng trước đó.
Tương tự, thửa đất diện tích 69.619m2 tại khu vực phía bắc nút giao thông Hòa Cầm được giao với mục đích đầu tư khu dân cư cũng được UBND TP Đà Nẵng ưu ái giao cho Công ty ĐTPTN Đà Nẵng mà không qua đấu thầu và công ty này đã liên kết với một doanh nghiệp khác phân lô bán nền để thu lợi nhuận. Thửa đất 3 mặt tiền đường Phan Bá Phiến (phường Thọ Quang, quận Sơn Trà) có diện tích 2.989,3m2 và được cấp giấy chứng nhận QSDĐ cho Công ty ĐTPTN Đà Nẵng với thời hạn sử dụng đất lâu dài, mục đích sử dụng đất là đất cơ sở giáo dục - đào tạo trái quy định cũng đang được công ty này rao bán thay vì sử dụng mục đích đất đã được phê duyệt như ban đầu.
Đáng chú ý, trong quá trình thực hiện kiểm toán tại Công ty ĐTPTN Đà Nẵng, lãnh đạo công ty này đã bất hợp tác, không báo cáo, không cung cấp đầy đủ hồ sơ tài liệu theo yêu cầu của Kiểm toán Nhà nước. Điều này khiến cơ quan kiểm toán không đủ thông tin để đánh giá việc quản lý, sử dụng đất trước, trong và sau quá trình CPH giai đoạn 2011-2017 các thời kỳ trước.
Sau hàng loạt tai tiếng của Công ty ĐTPTN Đà Nẵng trong quá trình đầu tư, xây dựng và chuyển nhượng trái quy định hàng trăm căn hộ tại dự án chung cư cao cấp Monarchy (đường Trần Hưng Đạo, phường An Hải Tây, quận Sơn Trà), Thanh tra Đà Nẵng đã tiến hành thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật về quản lý, sử dụng đất trước và sau CPH, tiếp tục phát hiện hàng loạt sai phạm và các dấu hiệu tội phạm trong việc quản lý, sử dụng đất đai liên quan đến ông Nguyễn Quang Trung nên tháng 8/2021 đã chuyển hồ sơ và đề nghị Cơ quan CSĐT Công an TP Đà Nẵng vào cuộc điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Theo Đại tá Trần Mưu, Phó Giám đốc Công an TP Đà Nẵng, bước đầu, cơ quan điều tra tập trung làm rõ các sai phạm của ông Nguyễn Quang Trung trong việc chuyển nhượng nhà đất tại số 186 Trần Phú (phường Phước Ninh, quận Hải Châu) để thực hiện các biện pháp tố tụng. Theo kết quả điều tra, ngày 27/4/2009, trước thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp để CPH 3 ngày, ông Nguyễn Quang Trung đại diện Công ty ĐTPTN Đà Nẵng đã chuyển nhượng nhà và đất tại số 186 Trần Phú cho Công ty Phương Trang với giá gần 2 tỷ đồng mà không xin ý kiến của UBND TP Đà Nẵng và Sở TN&MT thành phố, cũng không tổ chức định giá và tổ chức bán đấu giá tài sản này.
Cơ quan điều tra xác định Công ty ĐTPTN Đà Nẵng đã không đấu giá bán tài sản, không tổ chức thực hiện việc chuyển nhượng công khai theo quy định của pháp luật, để gây thiệt hại cho nhà nước gần 1,5 tỷ đồng vào thời điểm chuyển nhượng. Cơ quan Công an cũng đang xác minh các sai phạm khác liên quan đến 6 khu đất mà Công ty ĐTPTN Đà Nẵng đã được UBND TP giao trước đây với các sai phạm có thể gây thiệt hại cho ngân sách hàng trăm tỷ đồng.
Tại TP Đà Nẵng, Trung “lửa” được biết đến là một “đại gia” khá kín tiếng. Xuất phát từ công việc là đội trưởng một đội xây dựng, ông Trung đã từng bước nắm các vị trí quan trọng tại Công ty ĐTPTN Đà Nẵng và tiếp cận với một số lãnh đạo thành phố các thời kỳ trước, đồng thời được ưu ái giao khá nhiều khu đất ở vị trí đắc địa.
Được biết ngoài chức danh Tổng Giám đốc Công ty ĐTPTN Đà Nẵng, ông Trung còn giữ chức Chủ tịch HĐQT Công ty CP Xây lắp Phát triển nhà Đà Nẵng, Công ty CP Tia Sáng Mới. Ông Trung và người thân sở hữu cổ phần trị giá hàng trăm tỷ đồng tại các doanh nghiệp này. Chỉ vài ngày trước khi ông Trung bị khởi tố bắt giam, vợ ông Trung đã đăng ký bán hơn 1,2 triệu cổ phiếu NDN (mã chứng khoán của Công ty ĐTPTN Đà Nẵng) trị giá khoảng 23 tỷ đồng. Ngoài những khu đất đang bị điều tra, doanh nghiệp của ông Trung và gia đình còn là chủ đầu tư hàng loạt dự án bất động sản cao cấp như dự án Lapaz Tower tại số 38 Nguyễn Chí Thanh, khu phức hợp Danang Plaza tại 16 đường Trần Phú (quận Hải Châu), dự án chung cư Monarchy (quận Sơn Trà)…
Khám văn phòng làm việc và nhà riêng của ông Nguyễn Quang Trung, cơ quan Công an cũng đã tạm giữ hàng chục “sổ hồng” đứng tên các doanh nghiệp của ông Trung và người nhà. Một ngày sau khi ông Trung bị bắt, ngày 8/12/2021, Công ty ĐTPTN Đà Nẵng đã công bố quyết định bổ nhiệm ông Nguyễn Quang Minh Khoa là con trai ông Trung lên làm Tổng Giám đốc công ty…
Có thể khẳng định, quá trình CPH tại Công ty ĐTPTN Đà Nẵng và hàng loạt doanh nghiệp khác đã biến hàng triệu m2 đất công trở thành tài sản của ông chủ các doanh nghiệp cổ phần, doanh nghiệp tư nhân, gây thiệt hại rất lớn đối với ngân sách nhà nước. Sau đại án Vũ “nhôm”, nhiều vi phạm các quy định về quản lý nhà, đất công sản liên quan đến các quan chức và doanh nghiệp tại Đà Nẵng cũng đang dần được đưa ra ánh sáng.
Phan Văn Anh Vũ đã thâu tóm nhà, đất công sản ở Đà Nẵng như thế nào? 
Kháng nghị giám đốc thẩm vụ án Vũ “nhôm” thâu tóm đất công sản 
