Công tác quản lý sử dụng đất của 4 đơn vị là các doanh nghiệp Nhà nước (đã chuyển hình thức doanh nghiệp sang Tổng Công ty hoặc Công ty TNHH MTV) gồm Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn - TNHH MTV (khu đất số 02 bis Quốc lộ 1A, phường Trung Mỹ Tây, quận 12); Tổng Công ty Bến Thành TNHH MTV (khu đất số 104 Nguyễn Văn Cừ, phường Nguyễn Cư Trinh, quận 1); Công ty Cổ phần (CTCP) Cao su Bến Thành (khu đất số 45 (số cũ 224/7) đường Ông Ích Khiêm, phường 10 quận 11); CTCP Kho cảng xăng dầu Hàng không Miền Nam (khu đất số 823/5 ấp 6, xã Phú Xuân, huyện Nhà Bè) còn nhiều hạn chế, thiếu sót.
Các khu đất được giao cho đơn vị quản lý nhưng thực tế đơn vị không sử dụng, cho thuê lại (khu đất số 02 bis Quốc lộ 1A, phường Trung Mỹ Tây, quận 12) hoặc sử dụng không hiệu quả (khu đất số đất số 104 Nguyễn Văn Cừ, phường Nguyễn Cư Trinh, quận 1), vi phạm pháp luật đất đai.
Các CTCP, gồm 6 đơn vị: CTCP Xuất nhập khẩu điện tử Việt Nam (khu đất số 188 Lạc Long Quân, phường 3 quận 11); CTCP Dược liệu Trung ương 2 (khu đất số 97 Quang Trung, phường 8, quận Gò Vấp); CTCP Sản xuất và Thương mại Phương Đông (khu đất số 38 Vạn Tượng, phường 13 quận 5); CTCP Rạng Đông Holding (khu đất số 190 Lạc Long Quân, phường 3 quận 11); CTCP Mắt kính Sài Gòn Leningrad (Khu đất số 201 Điện Biên Phủ, phường Võ Thị Sáu, quận 3); CTCP Xuất nhập khẩu hạt điều và hàng nông sản thực phẩm thành phố (khu đất số 458B Nguyễn Tất Thành, phường 18 quận 4). Đối với các đơn vị này, do lịch sử hình thành, nguồn gốc và pháp lý sử dụng đất phức tạp, trong quá trình sử dụng sau khi cổ phần hóa, có một số đơn vị chưa lập thủ tục đăng ký đất đai lần đầu theo quy định nên chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Các đơn vị này chủ yếu không sử dụng đất mà hợp tác kinh doanh hoặc cho các đơn vị khác thuê lại để sử dụng. Các cơ quan chức năng đã xử lý một số đơn vị vi phạm…
Các công ty tư nhân (gồm 3 đơn vị là Công ty TNHH Dịch vụ Thương mại Sản xuất - Xây dựng Đông Mê Kông (phân khu số 11B đường Nguyễn Hữu Thọ, xã Phước Kiến, huyện Nhà Bè); Công ty TNHH Traval Vai Việt Nam (khu đất số 1870/3G khu phố 3 phường An Phú Đông, quận 12); Hợp tác xã nông nghiệp Thỏ Việt (khu đất số 1A, xã Tân Thạnh Tây, huyện Củ Chi), việc quản lý sử dụng đất, thực hiện dự án đầu tư của các đơn vị này thường xảy ra tình trạng chậm tiến độ thực hiện đã đề ra.
Sở TN&MT đã kiến nghị UBND TP Hồ Chí Minh chấn chỉnh công tác quản lý sử dụng đất đai tại các đơn vị doanh nghiệp Nhà nước, tiến hành tổng rà soát, xử lý nghiêm các vi phạm tại đơn vị, báo cáo UBND thành phố xem xét, quyết định.
Đối với các CTCP, tiến hành rà soát, chấn chỉnh công tác sử dụng đất tại đơn vị, đưa đất vào sử dụng một cách hiệu quả, đúng mục đích, tránh lãng phí.
Sở NN&PTNT TP Hồ Chí Minh còn nhiều thiếu sót trong quản lý, sử dụng đất đai, tài sản công 
Thanh tra sử dụng đất đai tại 17 tỉnh, thành 
Phát hiện nhiều sai phạm trong quản lý, sử dụng đất đai 
