Một trong những nội dung đáng chú ý của kết luận thanh tra là kết quả thanh tra việc thực hiện 18 dự án sử dụng đất với nhiều thiếu sót, vi phạm.
Theo kết luận thanh tra, có 11/18 dự án có hạn chế, thiếu sót về công tác quy hoạch; 2/18 dự án có hạn chế, thiếu sót trong việc lựa chọn chủ đầu tư thực hiện dự án nhà ở.
3/18 dự án có hạn chế, thiếu sót về việc giao đất, cho thuê đất như: Giao đất cho chủ đầu tư cả diện tích đất thuộc phạm vi quy hoạch công trình hạ tầng ngoài dân dụng không thuộc dự án; giao đất nhưng chưa xác định rõ cơ cấu sử dụng đất, hình thức và thời hạn giao đất dẫn đến phải ban hành quyết định điều chỉnh làm cơ sở để quản lý và xác định nghĩa vụ tài chính, miễn giảm tương ứng với từng loại đất hoặc theo quy định dự án phải áp dụng hình thức giao đất nhưng UBND TP chưa thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất để giao đất mà vẫn áp dụng hình thức cho thuê đất là không có cơ sở.
Cũng theo kết luận thanh tra, 8/18 dự án được phát hiện khi thanh tra có hạn chế, thiếu sót trong việc xác định tiền sử dụng đất của dự án như: Áp dụng phương pháp thặng dư để xác định giá đất nhưng phân tích, lựa chọn tài sản so sánh không đảm bảo phù hợp quy định; xác định một số khoản doanh thu, chi phí không có cơ sở; xác định chi phí hạ tầng trong chi phí phát triển chưa xem xét đến phần diện tích mà chủ đầu tư cam kết tự bỏ tiền xây dựng hạ tầng hoặc chưa xem xét đến chi phí hạ tầng đối với diện tích quy hoạch công trình hạ tầng ngoài dân dụng không thuộc dự án. Không phân bố chi phí hạ tầng khi xác định giá đất đối với từng loại đất theo cơ cấu sử dụng đất của dự án tiến hành rà soát xác định lại tiền sử dụng đất, chi phí xây dựng theo thiết kế cơ sở, thiết kế kỹ thuật được thẩm định và phê duyệt; xác định suất vốn đầu tư hạ tầng không đúng quy mô dự án hoặc áp dụng chưa đúng văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn việc định giá đất tại thời điểm xác định giá đất.
Kết luận thanh tra cũng chỉ rõ có 5/18 dự án đến thời điểm thanh tra có hạn chế, thiếu sót về chậm hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất; chưa kê khai để làm cơ sở xác nhận, thông báo số tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa phải nộp ngân sách hoặc chậm nộp tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa theo thông báo của Sở Tài chính; chậm xác định, thu tiền thuê đất từ khi giao đất cho đến khi UBND TP thu hồi đất do nhà đầu tư tự nguyện trả lại đất. Theo báo cáo của UBND TP Hải Phòng, sau khi thanh tra chính phủ kết thúc thanh tra trực tiếp, UBND TP đã chỉ đạo từng bước khắc phục: Chủ đầu tư Dự án Khu dân cư tại thị trấn Vĩnh Bảo đã thực hiện nộp đủ tiền sử dụng đất, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo thông báo của cơ quan Thuế; chủ đầu tư Dự án Khu công nghiệp Nam cầu Kiền đã kê khai bổ sung và nộp đủ số tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa theo thông báo của Sở Tài chính.
5/18 dự án có hạn chế, thiếu sót như chậm phê duyệt giá đất, chậm xác định bổ sung tiền sử dụng đất, tiền thuê đất sau điều chỉnh quy hoạch; chưa xác định giả đất theo mục đích sử dụng đất mới được chuyển đổi để thực hiện dự án; chưa xác định giá đất và làm rõ việc miễn giảm tiền sử dụng, tiền thuê đất đối với cơ sở xã hội hóa hoặc cấp giấy chứng nhận đầu tư trong đó có miễn tiền thuê đất chưa đúng quy định nhưng sau đó đã kịp thời điều chỉnh.
7/18 dự án còn chậm tiến độ thực hiện dự án đầu tư, dự án phải gia hạn thời hạn sử dụng đất do chậm tiến độ theo pháp luật về đất đai.
Đối với 2 dự án đối ứng của dự án BT (Dự án Hoàng Huy - Sở Dầu, Dự án Khu đô thị mới Hoàng Huy Green River), UBND TP Hải Phòng không xác định chấm dứt lãi vay khi thực hiện giao đất theo quy định tại Nghị định số 69/2019/NĐ-CP. Tuy nhiên, sau đó Sở Xây dựng và Chủ đầu tư đã có Biên bản xác nhận việc hoàn thành thanh toán Dự án BT, trong đó không tính lãi trả chậm theo Hợp đồng BT.
Một số dự án, chủ đầu tư thi công xây dựng nhưng chưa có giấy phép xây dựng hoặc xây dựng không đúng quy hoạch chi tiết được phê duyệt, giấy phép xây dựng được cấp hoặc một số hộ dân nhận chuyển nhưng nhà, đất của dự án có vi phạm trật tự xây dựng.
Theo kết luận thanh tra, để xảy ra hạn chế, thiếu sót nêu trên trách nhiệm thuộc Chủ tịch, Phó Chủ tịch UBND TP Hải Phòng phụ trách lĩnh vực thời kỳ có liên quan; hội đồng thẩm định giá đất thành phố thời kỳ có liên quan; giám đốc, phó giám đốc phụ trách lĩnh vực của các sở, ngành; chủ đầu tư các dự án...
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND TP Hải Phòng tổ chức, kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và xử lý theo thẩm quyền hoặc báo cáo, kiến nghị các cấp có thẩm quyền xử lý; đồng thời chỉ đạo thủ trưởng các cơ quan, đơn vị, địa phương và các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hạn chế, thiếu sót được nêu trong kết luận thanh tra từ đó xác định hình thức xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra chính phủ đề nghị UBND TP Hải Phòng khẩn trương chỉ đạo, tổ chức thực hiện kết luận, kiến nghị thanh tra, có biện pháp chấn chính, khắc phục, xử lý đối với những hạn chế, thiếu sót vi phạm... Quá trình thực hiện kết luận thanh tra, nếu phát hiện trường hợp gây thất thoát ngân sách nhà nước, trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hình sự thì chuyển cơ quan điều tra xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều vi phạm trong quản lý về thủy lợi, đê điều và phòng chống thiên tai 
Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý trách nhiệm cá nhân, lãnh đạo Bộ GTVT giai đoạn 2011-2021 
