Dự án có tổng mức đầu tư 750 tỷ đồng với nguồn vốn ngân sách nhà nước trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025; điểm đầu tuyến sau nút giao giữa cầu Vàm Cống và tuyến tránh quốc lộ 91 (thuộc huyện Vĩnh Thạnh cũ, Cần Thơ) và điểm cuối kết nối vào tuyến tránh Rạch Giá thuộc đường hành lang ven biển phía Nam, địa phận tỉnh Kiên Giang cũ. Tuyến đường có tổng chiều dài 51,5 km; chủ đầu tư là Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận, cấp quyết định đầu tư là Bộ Giao thông vận tải cũ (nay là Bộ Xây dựng). Thời gian thực hiện từ năm 2022-2025.
Trong quá trình thực hiện dự án, Bộ Giao thông vận tải đã chỉ đạo việc lựa chọn thời gian, quy mô đầu tư và quản lý chất lượng công trình. Ban quản lý dự án Mỹ Thuận đã triển khai dự án theo phương án vừa thi công vừa đảm bảo lưu thông trên tuyến, đến thời điểm kết thúc thanh tra (tháng 9/2025) dự án đang triển khai thi công. Qua thanh tra đã phát hiện một số thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm.
Cụ thể, về phê duyệt chủ trương đầu tư, quyết định đầu tư, chưa rà soát, hoàn thiện phân kỳ đầu tư, quy hoạch được duyệt. Quá trình lập, phê duyệt dự án không đánh giá chính xác tình trạng lún của công trình theo tiêu chuẩn thiết kế. Về phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công và dự toán, có nội dung không phù hợp với quyết định đầu tư, không đúng quy định pháp luật về xây dựng; số liệu quan trắc lún làm cơ sở tính toán chưa đầy đủ, bao quát, đảm bảo tin cậy; công tác khảo sát còn chưa đầy đủ; thiết kế chiều dài đổi dốc và phạm vi xử lý đoạn tiếp giáp cống chưa đảm bảo yêu cầu kỹ thuật, tiêu chuẩn khảo sát, thiết kế; chưa lập chi tiết dự toán chi phí quan trắc bổ sung theo quy định; lập phê duyệt dự toán chưa đúng, trùng lắp về khối lượng làm tăng giá trị tạm tính hơn 10,7 tỷ đồng, tăng giá trị hợp đồng tạm tính hơn 4,2 tỷ đồng.
Tình trạng lún của nền đường đã vượt thiết kế của dự án giai đoạn 1, có nguy cơ ảnh hưởng đến chất lượng công trình khi khai thác. Tuy nhiên chủ đầu tư chưa thực hiện đánh giá, xác định đầy đủ tình trạng lún để có giải pháp xử lý, thiết kế phù hợp cho giai đoạn tiếp theo.
Về lựa chọn nhà thầu, thương thảo, ký hợp đồng, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ việc không lập, trình, phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu cho toàn bộ dự án theo quy định pháp luật về đấu thầu. Dự án để xảy ra một số thiếu sót, khuyết điểm trong quản lý xây dựng công trình chưa đúng tiêu chuẩn, quy định; quản lý hợp đồng tư vấn khảo sát, lập thiết kế bản vẽ thi công và dự toán chưa chặt chẽ theo quy định.
Những tồn tại thiếu sót khuyết điểm vi phạm nêu trên thuộc về Bộ Giao thông vận tải (nay là Bộ Xây dựng), Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận, các đơn vị tư vấn, nhà thầu thi công và các cơ quan, đơn vị, cá nhân liên quan.
Trước những tồn tại, thiếu sót, vi phạm nêu trên, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Xây dựng tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan. Trong quá trình kiểm điểm, rà soát, khắc phục các thiếu sót, vi phạm, nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật thì chuyển cơ quan chức năng để xử lý theo thẩm quyền. Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận có trách nhiệm rà soát, giảm dự toán xây dựng số tiền hơn 10,7 tỷ đồng và giảm giá trị hợp đồng hơn 4,2 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ kết luận Bộ Giáo dục và Đào tạo thực hiện không đúng chỉ đạo của Thủ tướng 
Thanh tra Chính phủ chuyển thông tin vụ việc Trường Đại học Tây Bắc sang Bộ Công an 
