Theo Trung tâm Nghiên cứu môi trường và cộng đồng - CECR (Liên hiệp các Hội Khoa học kĩ thuật Việt Nam), năm 2010, Hà Nội có tổng cộng 122 hồ. Đến năm 2015, đã có 17 hồ bị san lấp và 7 hồ mới được bổ sung. Tính chung, đã có 10 hồ bị biến mất.
Về diện tích hồ, năm 2015 là 6.959.305m², giảm 72.540m² so với năm 2010. Khảo sát tại 6 quận nội thành cho thấy, chỉ có quận Ba Bình và Hoàn Kiếm giữ nguyên được hiện trạng, không bị mất hồ. Còn lại quận Đống Đa mất 4 hồ, quận Hai Bà Trưng mất 3 hồ, quận Cầu Giấy mất 8 hồ; quận Tây Hồ mất 2 hồ. Tình trạng kè hồ cũng diễn ra phổ biến. Có 86/122 hồ được kè toàn phần, chiếm trên 77%; 13 hồ chỉ kè 1 phần, chiếm 11,5%... Trong số các hồ đã được kè, tình trạng người dân lấn chiếm làm hàng quán diễn ra tràn lan, điển hình như hồ Láng Thượng nằm trên phố Chùa Láng.
Để đánh giá đúng hiện trạng ô nhiễm hồ, CECR đã phân tích mẫu nước của 30 hồ. Kết quả phân tích cho thấy, chỉ có 5 hồ được đánh giá không ô nhiễm, 11 hồ có dấu hiệu ô nhiễm, 8 hồ ô nhiễm nặng và 6 hồ ô nhiễm rất nặng. Khảo sát thực tế của CECR đã chỉ ra rằng, các hồ Văn Chương, Thiền Quang, Ba Mẫu... ô nhiễm nhất Hà Nội. Hồ Văn Chương rộng 13.418m², nằm trên địa bàn giáp ranh và thuộc quyền quản lý của ba phường là Văn Chương, Thổ Quan và Hàng Bột. Theo kết quả phân tích chất lượng nước, hồ bị ô nhiễm rất nặng, tảo phát triển mạnh. Nước hồ có màu xanh đục, xung quanh miệng cống nước có mùi hôi thối vào mùa hè. Hồ Thiền Quang rộng 58.686m2, hằng ngày phải tiếp nhận nước thải từ hệ thống thoát nước và chất thải từ các hàng quán quanh khu vực.
Theo đánh giá của Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên – Môi trường), trong những năm gần đây, tình trạng ô nhiễm môi trường nước tại khu vực sông Nhuệ - sông Đáy ngày càng nghiêm trọng, dòng chảy bị hạn chế, gây ảnh hưởng đến sức khỏe cho cộng đồng dân cư sống quanh vùng.
Tại khu vực đầu nguồn, nước sông hầu như không bị ô nhiễm, nhưng sau khi tiếp nhận nước thải từ sông Tô Lịch, nước sông Nhuệ bị ô nhiễm nghiêm trọng. Như vậy, nước thải sông Tô Lịch là nguyên nhân chính gây ô nhiễm cho sông Nhuệ, đặc biệt tại điểm cầu Tó. Ngoài ra, sông Nhuệ còn là nơi tiếp nhận nước thải chưa qua xử lí của cụm công nghiệp Từ Liêm, làng bún Phú Đô, làng nghề Cát Quế, Dương Liễu… Đoạn sông Nhuệ chảy qua xã Cự Khê (huyện Thanh Oai, TP Hà Nội) là khu vực có chất lượng nước bị ô nhiễm cao nhất.
Kết quả quan trắc môi trường cho thấy, chất lượng sông Nhuệ bị ô nhiễm rất nặng, các chỉ tiêu COD, BOD5, NH4+ đều vượt QCVN 08: 2008/BTNMT loại B1 nhiều lần. Mức độ ô nhiễm đặc biệt cao trong mùa cạn, khi mực nước sông Hồng xuống thấp, không bổ sung nước cho sông Nhuệ. Đối với sông Nhuệ, nguồn nước bị ô nhiễm cục bộ tại một số điểm tiếp nhận nước thải của dân cư sống dọc hai bờ sông, không đáp ứng được QCVN 08: 2008/BTNMT loại A.
Hiện trên toàn lưu vực sông Nhuệ - Đáy có 43 cơ sở ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, đã tiến hành xử lý được 39 cơ sở, đạt 90,6%. Tuy nhiên theo thống kê chưa đầy đủ, trên lưu vực có 50 cơ sở mới phát sinh ô nhiễm và mới chỉ xử lý được 10 cơ sở, đạt 20%. Trên toàn lưu vực, việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các khu công nghiệp, khu chế xuất mới đạt 65%. Các địa phương vẫn đang trong giai đoạn xây dựng và kêu gọi đầu tư. Tỷ lệ thu gom, xử lý nước thải sinh hoạt còn thấp, chưa đạt 10%.
Trong thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý triệt để các nguồn thải gây ô nhiễm đang xả thải vào sông Nhuệ - Đáy; đồng thời, phối hợp chặt chẽ với UBND TP Hà Nội và các bộ, ngành liên quan triển khai các dự án thu gom, xử lý nước thải.
