Cụ thể, Bộ GTVT cho biết, qua kiểm tra, giám sát công tác thu phí tại một số trạm thu phí BOT cho thấy, vẫn còn xảy ra một số tồn tại như: chưa tuân thủ chế độ báo cáo về lưu lượng và doanh thu theo nội dung quy định trong hợp đồng dự án và quy định của Bộ GTVT; chưa nâng cấp trang thiết bị để thực hiện việc lưu trữ các dữ liệu thu theo quy định; miễn, giảm phí dịch vụ sử dụng đường bộ chưa đúng đối tượng.
Để chấn chỉnh, Bộ GTVT yêu cầu các nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án BOT chấp hành nghiêm các quy định của Nhà nước và của hợp đồng dự án đối với việc quản lý thu, chi trong giai đoạn kinh doanh, khai thác và chuyển giao công trình, dự án. Nhà đầu tư BOT phải xây dựng các giải pháp tăng cường quản lý nội bộ, kiểm tra, xử lý vi phạm, sự cố, không để xảy ra tiêu cực trong quá trình thu phí. Tăng cường tự kiểm tra, giám sát nội bộ, kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm quy định trong thu phí.
Các nhà đầu tư BOT cũng phải chấp hành và triển khai công nghệ thu phí theo hình thức tự động không dừng tại các trạm thu phí theo chỉ đạo của Chính phủ đáp ứng đúng tiến độ yêu cầu. Đối với Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Bộ GTVT yêu cầu đơn vị này thực hiện đầy đủ trách nhiệm, nghĩa vụ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong giai đoạn kinh doanh, khai thác và chuyển giao với các dự án BOT được giao quản lý; cũng như chức năng quản lý nhà nước về hoạt động trạm thu phí trên hệ thống quốc lộ, đường cao tốc thuộc hệ thống đường Trung ương quản lý.
Tổng cục Đường bộ Việt Nam quyết định theo thẩm quyền việc tạm dừng thu, dừng thu khi phát hiện nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án vi phạm quy định của hợp đồng và quy định của pháp luật.
Đấu thầu rộng rãi, dự án BOT cuối cùng trên cao tốc Bắc-Nam tiết kiệm 891 tỷ đồng 
Các dự án BOT tắc vốn bảo trì: Nhùng nhằng cơ chế, đường xuống cấp ai sửa? 
