Thẩm phán Nguyễn Xuân Văn làm chủ tọa phiên tòa. Thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động xét xử là ba kiểm sát viên Đỗ Mạnh Quang, Đỗ Minh Tuấn và Nguyễn Thị Lan Anh (Viện KSND TP Hà Nội). Phiên tòa dự kiến kéo dài 8 ngày.
Theo cáo trạng, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch. Chính phủ giao cho Văn phòng Chính phủ, Tổ công tác của một số bộ, ngành và địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay và cho chủ trương cách ly.
Lợi dụng chủ trương của Đảng, Nhà nước và chức vụ quyền hạn được giao, một số cá nhân tại UBND các tỉnh, thành phố đã thỏa thuận đưa hối lộ, nhận hối lộ để làm trái công vụ khi tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại các địa phương; trực tiếp hoặc qua trung gian móc nối, thỏa thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa hối lộ, nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuận, xét duyệt cho công dân (khách lẻ) về trên các chuyến bay đơn lẻ.
Trong vụ án này, có bị cáo lợi dụng vị trí công tác hướng dẫn, xúi giục người liên quan khai báo gian dối, che giấu tội phạm, gây cản trở việc điều tra, làm rõ tội phạm của cơ quan chức năng.
Viện kiểm sát xác định, bị cáo Trần Tùng (cựu Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) có hành vi nhận hối lộ 4,4 tỷ đồng để tham mưu, đề đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên chấp thuận chủ trương cách ly y tế đối với 3 chuyến bay. Bị cáo Trần Tùng còn lợi dụng chức vụ quyền hạn, làm trái công vụ, hưởng lợi bất hợp pháp hơn 3,2 tỷ đồng để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên chấp thuận chủ trương cách ly y tế với 5 chuyến bay khác.
Bị cáo Lê Thị Phượng (cựu chuyên viên Phòng Khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương) đã lợi dụng nhiệm vụ, quyền hạn được giao, thỏa thuận nhận hối lộ 650 triệu đồng để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Hải Dương ban hành 2 công văn chấp thuận cách ly y tế cho Công ty Sora và Công ty Biển Bạc.
Bị cáo Nguyễn Văn Văn (cựu Phó Giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam) và bị cáo Lê Ngọc Tường (cựu Phó Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam) cùng bị cáo buộc đã trục lợi khi thực hiện theo đề nghị của Nguyễn Thị Thanh Hằng, Phó Giám đốc Công ty Blue Sky (đã bị phạt tù trong giai đoạn 1 của vụ án) trong việc tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Quảng Nam ban hành chủ trương chấp thuận tiếp nhận công dân về cách ly y tế tại Quảng Nam cho Công ty Blue Sky.
Một số bị cáo khác trong vụ án có hành vi đưa hối lộ, nhận hối lộ để được cấp phép các chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo…
Riêng bị cáo Nguyễn Xuân Thông (cựu cán bộ công an) bị truy tố về tội “Che giấu tội phạm”. Theo cáo trạng, Thông quen biết Trần Minh Tuấn (đã bị phạt tù trong giai đoạn 1 vụ án) từ năm 2021, khi đó Thông và Tuấn thường trao đổi với nhau về việc Tuấn thực hiện các chuyến bay giải cứu.
Tháng 6/2022, Tuấn bắt đầu bị điều tra nên nhờ Thông giúp đỡ. Trong thời gian này, Tuấn cho Thông biết đã nhận hơn 10 tỷ đồng của Phạm Bích Hằng (Giám đốc Công ty Du lịch quốc tế) để đi đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền và chi phí trong việc xin thủ tục tổ chức chuyến bay cho một số doanh nghiệp của Hằng.
Thông đã trao đổi, thảo luận và thống nhất hướng dẫn Tuấn không được khai với cơ quan điều tra về số tiền Tuấn đã nhận của Hằng để đưa hối lộ... Những nội dung khác, Thông hướng dấn Tuấn “Cứ khai không biết để về suy nghĩ và trả lời sau”.
Do có hướng dẫn của Thông, Tuấn khai báo gian dối, gây khó khăn cho công tác điều tra, cản trở việc làm rõ bản chất vụ án. Dù Tuấn bỏ trốn nhưng anh ta đã bị bắt và bị xét xử về tội “Đưa hối lộ” và tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Nữ bị án trong vụ “Chuyến bay giải cứu” lại bị truy tố vì chiếm đoạt tài sản 
Vụ "chuyến bay giải cứu" là hết sức đau lòng với ngành ngoại giao 
