Cùng bị truy tố về tội danh trên là Nguyễn Trường Giang (cựu Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Arktic- viết tắt là Công ty Arktic) và Võ Tiến Hùng (cựu Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội).
Nguyên đơn dân sự trong vụ án được xác định là Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội. Người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan là UBND TP Hà Nội, Công ty Arktic cùng ba cá nhân, trong đó có bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ ông Nguyễn Đức Chung).
Thẩm phán Trần Nam Hà được phân công làm Chủ tọa phiên tòa xét xử vụ án này.
Ông Nguyễn Đức Chung có 5 luật sư tham gia bào chữa. Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa là luật sư Giang Hồng Thanh (Văn phòng luật sư Giang Thanh- Đoàn luật sư Hà Nội).
Theo cáo trạng, để định hướng việc mua chế phẩm Redoxy 3C của Cộng hoà Liên bang Đức thay thế hóa chất đang sử dụng, từ tháng 5/2016, ông Nguyễn Đức Chung đã cử Đoàn công tác đi Cộng hoà liên bang Đức để làm việc, đàm phán, đặt hàng với Watch Water GmbH và quyết định lựa chọn chế phẩm Redoxy 3C.
Ông Nguyễn Đức Chung yêu cầu dừng việc xử lý ô nhiễm nước hồ theo công nghệ cũ khi chưa thực hiện thử nghiệm (quy trình thử nghiệm xử lý ô nhiễm nước hồ theo đề án trước đây quy định phải thử nghiệm 12 tháng) và chưa có cơ quan thẩm quyền đánh giá tính hiệu quả chế phẩm Redoxy 3C.
Thời điểm đó, Nguyễn Trường Giang không phải là cán bộ của UBND TP Hà Nội, nhưng suốt quá trình đi thăm, làm việc, khảo sát, trao đổi, đàm phán với đối tác để sản xuất, sử dụng chế phẩm Redoxy 3C, Giang được ông Nguyễn Đức Chung cử đi cùng như cán bộ của UBND TP Hà Nội.
Việc này nhằm tạo vị thế cho Giang để sau đó Giang ký độc quyền nhập khẩu chế phẩm Redoxy 3C từ Watch Water GmnH và bán cho UBND TP Hà Nội do chính UBND TP Hà Nội đặt hàng.
Kết quả điều tra xác định, Công ty Arktic có vốn điều lệ 5 tỷ đồng, do Giang nắm 60% cổ phần, một cá nhân khác nắm 40% cổ phần. Tuy nhiên, cả hai người này đều đứng tên sở hữu cổ phần thay bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa.
Theo chỉ đạo của ông Nguyễn Đức Chung, Công ty Arktic được độc quyền phân phối chế phẩm Redoxy.
Từ năm 2016 đến 2019, Công ty Arktic đã ký 15 hợp đồng bán tổng cộng 489 tấn chế phẩm làm sạch nước cho Công ty Thoát nước Hà Nội. Công ty Arktic mua lượng chế phẩm này từ hãng Watch Water với giá 115 tỷ đồng sau đó bán lại với giá 151 tỷ, hưởng lợi 36,1 tỷ đồng.
Trước khi bị truy tố ở vụ án trên, ngày 11/12/2020, ông Nguyễn Đức Chung đã bị TAND TP Hà Nội tuyên phạt 5 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước”. Theo bản án sơ thẩm, từ tháng 5/2019, Cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố, điều tra vụ án hình sự về các tội “Buôn lậu”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Rửa tiền” và “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Công ty Nhật Cường và một số đơn vị liên quan. Quá trình điều tra xác định, ông Nguyễn Đức Chung và vợ là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa đều là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan trong vụ án.
Ngày 16/6/2019, ông Chung đặt vấn đề với cán bộ điều tra là ông Phạm Quang Dũng và được cung cấp thông tin, tài liệu về tình hình tiến độ điều tra vụ án Công ty Nhật Cường. Sau đó, ông Dũng đã chiếm đoạt các tài liệu của cơ quan điều tra trong vụ án Công ty Nhật Cường và hai lần chuyển cho ông Chung 6 tài liệu thuộc danh mục bí mật Nhà nước độ “Mật”.
Ngoài hai vụ án trên, ông Nguyễn Đức Chung còn bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” trong vụ án “Vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
Trong vụ án này, Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường) được xác định đã cùng các bị can khác gian lận trong việc lập khống hợp đồng chứng minh khả năng, kinh nghiệm để hợp thức hóa hồ sơ năng lực tham gia dự thầu, thiết lập các công ty “quân xanh” khi tham gia đấu thầu và đã chuyển nhượng thầu trái pháp luật sau khi trúng thầu.
Hành vi vi phạm đấu thầu của các bị can đã làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu, dẫn đến hệ quả, mục đích, yêu cầu gói thầu trên không đạt được (chỉ có 45% tài liệu hồ sơ được đẩy lên hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp), gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26 tỷ đồng.
Kết quả điều tra xác định, dù gói thầu số hóa năm 2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội làm chủ đầu tư, và người có thẩm quyền đối với gói thầu là Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội, nhưng ông Nguyễn Đức Chung lấy danh nghĩa là Chủ tịch UBND TP Hà Nội đã chỉ đạo đình chỉ, dừng thực hiện gói thầu trái quy định của pháp luật.
Sau khi dừng thầu, ông Chung yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp đảm bảo tính tích hợp với hệ thống dùng chung của thành phố (tới thời điểm hiện nay, Hà Nội chưa hình thành cơ sở hệ thống dữ liệu dùng chung) và cho Công ty Nhật Cường thí điểm số hóa để doanh nghiệp này tham gia đấu thầu và trúng thầu.
Đồng thời, Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm Giám đốc) ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường để liên danh Nhật Cường- Đông Kinh hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng thầu. Hành vi của ông Chung được xác định đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, làm ảnh hưởng đến uy tín, hình ảnh của cơ quan chức năng thuộc UBND TP Hà Nội.
Được biết, ông Nguyễn Đức Chung có tiền sử bị bệnh ung thư. Luật sư Nguyễn Huy Thiệp (bào chữa cho ông Chung) cho biết, sức khỏe của ông Chung sau đợt điều trị ở bệnh viện về đã ổn định, nhưng vẫn phải dùng thuốc đều. Tinh thần ông Chung vững vàng, sức khỏe ổn định.
Có cơ sở xác định công ty của vợ ông Nguyễn Đức Chung ký khống với Nhật Cường 
Hành vi của vợ ông Nguyễn Đức Chung chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự 
