Theo phương án thứ nhất, Tổng công ty Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) và Công ty cổ phần BOT Pháp Vân – Cầu Giẽ (Công ty BOT) phối hợp tổ chức thu phí.
Đây là phương án được Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề xuất ưu tiên lựa chọn. Theo đó, hai đơn vị nêu trên thống nhất dùng một loại vé điện tử theo công nghệ RFID, không dùng vé giấy thông thường như hiện nay.
Khi vé do một bên phát hành ở cổng vào của một đơn vị, được quét ở cổng ra bên đơn vị khác, hệ thống tự động phân chia doanh thu, tính số lượng cần trao trả thẻ và cập nhật vào cơ sở dữ liệu của cả hai bên về lịch trình từng loại phương tiện.
Cùng với đó sẽ bố trí hệ thống đếm xe tốc độ cao, tin cậy 24/24 giờ bằng camera nhận dạng biển số ở các làn của trạm Đại Xuyên ghi nhận mọi lượt xe chạy qua làm bằng chứng kiểm tra đối chứng. Camera nhận dạng các xe đi từ đoạn đường do VEC quản lý sang đoạn đường do Công ty BOT quản lý sẽ do VEC kiểm soát.
Theo phương án thứ hai, VEC và Công ty BOT sẽ tổ chức thu riêng từng đoạn do mình quản lý. Theo đó, hai bên tự phát hành vé và tự lắp đặt các thiết bị để tự tổ chức thu riêng, VEC tự thu phí đoạn Ninh Bình – Đại Xuyên do VEC quản lý, Công ty BOT tự thu phí đoạn Pháp Vân – Đại Xuyên do Công ty quản lý.
Trong các phương án trên, chưa có phương án nào thực sự tối ưu mà không có tồn tại, hạn chế để lựa chọn, đề xuất. Do vậy, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề nghị Bộ GTVT tổ chức lấy ý kiến các cơ quan, đơn vị liên quan xem xét, quyết định phương án thực hiện.
