Cùng bị đề nghị truy tố với ông Chung có ông Võ Tiến Hùng (nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội - Công ty Thoát nước) và Nguyễn Trường Giang (Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Arktic - Công ty Arktic).
Theo tài liệu điều tra, năm 2009, UBND TP Hà Nội lên kế hoạch xử lý ô nhiễm môi trường trên địa bàn. Cơ quan chức năng của thành phố đã nhiều lần thử nghiệm xử lý ô nhiễm nước sông, mương, hồ ở các quận và huyện. Đến cuối năm 2015, Công ty Thoát nước có báo cáo tổng kết các đợt thử nghiệm và đề nghị nhiều sở, ngành báo cáo UBND TP cho nhân rộng mô hình xử lý ô nhiễm. Tuy nhiên, thời điểm đó, UBND TP Hà Nội không có ý kiến phản hồi.
Tháng 5/2016, ông Nguyễn Đức Chung đã định hướng mua chế phẩm Redoxy 3C của hãng Watch Water GmbH (Đức) để thay thế hóa chất đang sử dụng. Theo đó, ông Chung cử đoàn công tác sang Đức để làm việc, đàm phán, đặt hàng với hãng Watch Water GmbH và quyết định lựa chọn chế phẩm Redoxy 3C. Trong các thành viên của đoàn công tác, bị can Nguyễn Trường Giang – người đứng tên 60% cổ phần công ty Công ty Arktic – mặc dù không phải cán bộ của UBND Hà Nội nhưng Giang được ông Chung cử đi sang Đức trong suốt quá trình thăm, làm việc, khảo sát, trao đổi, đàm phán với đối tác để mua chế phẩm Redoxy 3C với mục đích tạo điều kiện, vị thế cho Giang để được ký độc quyền, nhập khẩu từ chế phẩm và bán cho UBND Hà Nội.
Được biết, Công ty Arkticdo bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ ông Chung) lập ra với số vốn thành lập 5 tỷ đồng (100% vốn) và lấy tên con trai là Nguyễn Đức Hạnh đứng tên trong giấy đăng ký kinh doanh. Sau đó, bà Hoa nhờ bà Nguyễn Thị Bích Hằng đứng tên sở hữu 40% vốn điều lệ thay cho gia đình. Còn Nguyễn Trường Giang đứng tên sở hữu 60% vốn điều lệ, đồng thời làm Giám đốc.
Tháng 8/2016, ông Chung có văn bản chỉ đạo Công ty Thoát nước mua chế phẩm Redoxy 3C trực tiếp từ hãng Watch Water GmbH. Mặc dù chỉ đạo bằng văn bản là mua trực tiếp hoá chất với nhà sản xuất nhưng ông Chung lại chỉ đạo miệng đối với ông Võ Tiến Hùng và yêu cầu mua chế phẩm qua Công ty Arktic, không mua trực tiếp từ hãng như trong văn bản.
Với những việc làm nêu trên, Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định động cơ của ông Chung là chỉ đạo để Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội - Công ty Thoát nước phải mua chế phẩm Redoxy 3C qua Công ty Arktic để công ty này được hưởng khoản lợi nhuận không chính đáng. Cơ quan điều tra cũng đã làm rõ, giá hoá chất Redoxy 3C trực tiếp từ hãng Watch Water GmbH bán cho TP Hà Nội chỉ 8,5 Euro/1 kg nhưng mua qua Công ty Arktic (với giá 295.000 đồng/1 kg đến 326.000 đồng/1 kg), mang lại lợi ích không chính đáng cho Công ty Arktic là hơn 36 tỷ đồng.
Ngoài ra, Cơ quan CSĐT Bộ Công an còn xác định ông Nguyễn Đức Chung yêu cầu Nguyễn Trường Giang lấy số tiền lợi nhuận từ Công ty Arktic để tặng quà, tài trợ cho một số cơ quan, tổ chức như Bệnh viện Xanh Pôn, trường Mầm non Yển Khê ở huyện Thanh Ba, tỉnh Phú Thọ hay Đại học FPT, nhằm đánh bóng hình ảnh, tên tuổi, phục vụ mục đích cá nhân của ông Chung. Kết luận điều tra nêu rõ "Việc Công ty Arktic làm thủ tục chuyển nhượng phần vốn góp lần thứ 3 từ Nguyễn Đức Hạnh sang bị can Nguyễn Trường Giang, Nguyễn Thị Bích Hằng (26/7/2016), lần thứ 6 chuyển trụ sở ra khỏi Siêu thị Minh Hoa của gia đình bị can Chung là thủ đoạn trốn tránh trách nhiệm".
Ngoài ra, theo kết luận điều tra, bị can Nguyễn Đức Chung là chủ mưu trong việc dừng sử dụng hóa chất cũ để mua hóa chất mới; chỉ đạo bằng văn bản tiêu thụ độc quyền chế phẩm Redoxy 3C, can thiệp việc tạm ứng, thanh tra, tạo thuận lợi, bao che trong việc Công ty Arktic mua, bán chế phẩm Redoxy 3C.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi phạm tội của bị can Nguyễn Đức Chung là dùng thủ đoạn tinh vi, xảo quyệt (chỉ đạo miệng trái với chỉ đạo bằng văn bản), hợp thức hóa hồ sơ pháp lý, đổ tội cho người khác, lợi dụng chức vụ, quyền hạn ép buộc cấp dưới nhằm che giấu hành vi phạm tội. Theo kết luận, quá trình điều tra, bị can Nguyễn Đức Chung khai báo quanh co, chối tội.
Cơ quan điều tra đánh giá hành vi của bị can Nguyễn Đức Chung ngoài việc gây thiệt hại cho UBND TP Hà Nội để vụ lợi cho công ty gia đình còn ảnh hưởng đến hoạt động đúng đắn của tổ chức, cá nhân, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín, hình ảnh của UBND TP Hà Nội, của người đứng đầu TP Hà Nội. Vì vậy, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị các cơ quan truy tố, xét xử xem xét xác định các tình tiết tăng nặng theo quy định của pháp luật đối với bị can Nguyễn Đức Chung trong quá trình truy tố, xét xử.
