Cụ thể, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Phan Minh Tân (nguyên Giám đốc Sở KH&CN) 5 năm tù, Võ Thuỳ Linh (nguyên Trưởng phòng Kế hoạch Tài chính Sở KH&CN) 3 năm tù. Trong thời gian chờ xét xử, bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long (nguyên Trưởng phòng Quản lý công nghệ, Sở KHCN TP Hồ Chí Minh) đã bỏ trốn, đang bị truy nã, gây khó khăn cho việc xử lý vụ án. HĐXX cho rằng, bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long có thái độ ngoan cố, không chấp hành quy định pháp luật nên cần phải xử lý nghiêm, từ đó HĐXX tuyên phạt bị cáo mức án 10 năm tù.
Thời hạn tù của các bị cáo tính từ ngày bị bắt thi hành án.
Các bị cáo còn lại Phan Thu Nga, Nguyễn Quốc Thái, Chu Bá Long bị tuyên phạt từ 2 – 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Đựợc nói lời sau cùng, bị cáo Phan Minh Tân cho biết hiện đang là chủ nhiệm một đề tài khoa học nên mong được tiếp tục tham gia thực hiện đề tài; với nhà khoa học như bị cáo không có hại gì, ngược lại còn có đóng góp cho xã hội. Bị cáo Phan Minh Tân mong HĐXX xem xét giảm nhẹ mức hình phạt, nếu được không phải chấp hành án tù, bởi với bị cáo phải có mặt tại phiên tòa này đã là một sự hổ thẹn.
Trong vụ án này, bị cáo Phan Minh Tân được xác định là chủ mưu, phạm tội cố ý, không thực hiện đúng các quy định gây thiệt hại tài sản Nhà nước, hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
HĐXX cho rằng, bị cáo Tân cùng các thuộc cấp đã duyệt và cấp tín dụng cho Công ty đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng (do Nguyễn Trọng Vũ , Việt kiều Mỹ làm Giám đốc) vay tiền khi không đủ điều kiện, gây thiệt hại tài sản Nhà nước 22,6 tỷ đồng.
Công ty Huy Hoàng sau khi nhận giải ngân đã không hoàn thành dự án, Nguyễn Trọng Vũ bỏ trốn, không trả lại các khoản tiền, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước. Quá trình điều tra và tại tòa, các bị cáo thừa nhận hành vi như cáo trạng quy kết.
Về trách nhiệm dân sự, do Nguyễn Trọng Vũ là người trực tiếp gây hậu quả, Tòa và buộc Giám đốc Công ty Huy Hoàng phải bồi thường thiệt hại số tiền 22,6 tỷ đồng. Tuy nhiên, các bị cáo là người phê, duyệt, cấp tín dụng cho Công ty Huy Hoàng. Do vậy, HĐXX yêu cầu các bị cáo phải liên đới bồi thường số tiền hơn 22,6 tỷ đồng thiệt hại trong vụ án.
HĐXX cũng ghi nhận việc các bị cáo đã khắc phục một phần hậu quả, đồng thời yêu cầu các bị cáo tiếp tục bồi thường thiệt hại đã gây ra. HĐXX cho biết, sau khi hoàn thành việc khắc phục hậu quả, các bị cáo có quyền khởi kiện Nguyễn Trọng Vũ trong một vụ án khác để đòi lại số tiền các bị cáo đã nộp khắc phục trong vụ án này.
Xét xử cựu Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ TP Hồ Chí Minh và đồng phạm 
Kỷ luật khiển trách Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Bắc Kạn 
Khai man thành tích, Giám đốc Sở Khoa học và công nghệ bị thu hồi Huân chương 
