Theo đại điện VKS giữ quyền công tố tại phiên tòa, để hợp thức việc rút tiền đã được Ngân hàng SCB giải ngân để sử dụng, tránh sự phát hiện của cơ quan chức năng, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo các đồng phạm chi tiết từng cách thức. Đối với trường hợp Ngân hàng SCB giải ngân vào tài khoản của các công ty “ma” thụ hưởng tiền theo phương án vay, Lan đã chỉ đạo Hồ Bửu Phương phối hợp với Nguyễn Phương Anh, Đặng Phương Hoài Tâm, Phan Chí Luân (thuộc Văn phòng Hội đồng quản trị Tập đoàn VTP) lập phương án thực hiện việc “giải quỹ” bằng cách lập các hợp đồng hứa chuyển nhượng cổ phần khống, sử dụng nhiều cá nhân mở tài khoản tại Ngân hàng SCB để ký rút tiền, nộp tiền, chuyển tiền lòng vòng vào tài khoản của công ty trong nhóm, cuối cùng chuyển đến các tài khoản theo mục đích sử dụng của Lan.
Đối với trường hợp Ngân hàng SCB giải ngân vào tài khoản của các cá nhân được thuê đứng tên khoản vay hoặc đứng tên thụ hưởng tiền vay thì các cá nhân này sẽ đến ngân hàng ký chứng từ rút tiền. Khi cần sử dụng tiền mặt, Lan chỉ đạo trực tiếp Nguyễn Phương Hồng hoặc Trần Thị Mỹ Dung chuẩn bị, đồng thời chỉ đạo Bùi Văn Dũng (lái xe của Lan) đến Ngân hàng SCB Chi nhánh Sài Gòn để nhận tiền. Nguyễn Phương Hồng, Trần Thị Mỹ Dung chỉ đạo Thái Thị Thanh Thảo, nhận thông tin từ Nguyễn Phương Anh về tên pháp nhân, cá nhân nhận tiền, cá nhân rút tiền, lập phiếu chi và các thủ tục để hoàn tất nghiệp vụ rút tiền mặt.
Phương Anh chỉ đạo các nhân viên kế toán lập các chứng từ rút tiền (ủy nhiệm chi, giấy rút tiền…), đồng thời hẹn các cá nhân đến ngân hàng để ký chứng từ rút tiền. Thái Thị Thanh Thảo chỉ đạo Trần Thị Thúy Ái, kiểm soát viên ngân quỹ Ngân hàng SCB Chi nhánh Sài Gòn xuất tiền mặt khỏi quỹ để giao cho Bùi Văn Dũng vận chuyển tiền về nhà cho Trương Mỹ Lan tại tòa nhà Sherwood (tọa lạc 127 Pateur, quận 3) giao cho Trần Thị Hoàng Uyên (giúp việc cho Lan), để Uyên giao tiền cho những người đến nhận theo chỉ đạo của Lan hoặc Dũng; vận chuyển tiền về Tập đoàn VTP giao cho các cá nhân theo chỉ đạo của Lan.
Từ ngày 26/2/2019 đến ngày 12/9/2022, theo chỉ đạo của Lan, Dũng đã vận chuyển 108.878 tỷ đồng và 14.757.677 USD từ Ngân hàng SCB về Tập đoàn VTP hoặc về hầm B1, tòa nhà Sherwood hoặc giao, đưa cho một số cá nhân theo chỉ đạo của Lan. Số tiền trên, Lan sử dụng để trả nợ tiền mua các bất động sản; mua cổ phần các dự án và sử dụng vào các mục đích cá nhân khác.
Hành vi phạm tội của Lan gây ra hậu quả hết sức lớn. Từ ngày 1/1/2012 đến ngày 31/12/2017, Lan đã chỉ đạo tạo lập hồ sơ vay vốn khống, hợp thức cho 304 khách hàng vay 368 khoản vay (gồm 252 khách hàng cá nhân đứng tên vay 304 khoản và 52 khách hàng tổ chức đứng tên vay 64 khoản). Đến ngày 17/10/2022 còn dư nợ tổng số tiền 132.247.161.206.903 đồng. Toàn bộ số tiền giải ngân không được sử dụng đúng mục đích vay vốn mà sử dụng cho các mục đích của Lan; không được SCB quản lý, thu hồi nợ, không thực hiện đúng phương án, đề án được Ngân hàng Nhà nước phê duyệt.
Lan cùng đồng phạm cũng đã thực hiện chuỗi hành vi sai phạm về hoạt động ngân hàng, trái với quy định của Luật các tổ chức tín dụng, các quy định của Chính phủ, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và quy định của Ngân hàng SCB trong xét duyệt, cấp tín dụng, thực hiện bảo đảm tiền vay đối với các khoản vay của Lan. Đến nay, các khoản vay trên không có khả năng thu hồi, chuyển nợ nhóm 5.
Trên cơ sở kết quả định giá tài sản bảo đảm của Công ty Hoàng Quân và kết quả đánh giá của Ngân hàng SCB thì chỉ có 96/203 tài sản đảm bảo cho các khoản vay trên có đủ pháp lý (đủ điều kiện để trích lập dự phòng rủi ro và tiến hành xử lý tài sản bảo đảm) với giá trị phân bổ 67.625.670.440.164 đồng. Áp dụng nguyên tắc có lợi cho bị can nên xác định hành vi của Lan đã gây thiệt hại cho Ngân hàng SCB số tiền: 64.621.490.766.739 đồng.
Từ ngày 1/1/2018 đến ngày 7/10/2022, Lan đã chỉ đạo tạo lập khống 916 hồ sơ vay vốn (gồm 188 cá nhân đứng tên vay 208 khoản, 383 pháp nhân đứng tên vay 708 khoản) để rút và chiếm đoạt tiền của Ngân hàng SCB. Đến ngày 17/10/2023, các khoản vay này còn dư nợ 545.039.379.476.224 đồng. Toàn bộ số tiền nợ gốc trên, Lan chiếm đoạt để phục vụ cho mục đích cá nhân như: Mua, đầu tư các dự án bất động sản; duy trì hoạt động của các Công ty thuộc tập đoàn Vạn Thịnh Ohát; trả nợ cá nhân…Đến nay, các khoản vay trên không có khả năng thu hồi, chuyển nợ nhóm 5.
Trên cơ sở kết quả định giá tài sản bảo đảm của Công ty Hoàng Quân và kết quả đánh giá của Ngân hàng SCB thì chỉ có 424/982 tài sản đảm bảo cho các khoản vay trên có đủ pháp lý phân bổ theo tờ trình và hoặc hợp đồng thế chấp, cầm cố có tổng trị giá 111.570.325.961.024 đồng. Áp dụng nguyên tắc có lợi cho bị can, xác định Lan đã chiếm đoạt số tiền 304.096.278.409.456 đồng và gây thiệt hại 129.372.775.105.744 đồng là số tiền lãi phát sinh từ số tiền gốc chiếm đoạt trên.
Những khoản tiền “khủng” trong vụ án Vạn Thịnh Phát 
Những hình ảnh "nóng hổi" tại phiên khai mạc xét xử đại án Vạn Thịnh Phát 
Gần 200 luật sư xếp hàng làm thủ tục vào phiên tòa xét xử vụ Vạn Thịnh Phát 
