Giữ quyền chủ tọa phiên tòa là Thẩm phán Trần Nam Hà. Thành phần Hội đồng xét xử còn có Thẩm phán Trương Thành Trung và ba hội thẩm nhân dân. Tám kiểm sát viên thuộc Viện KSND tối cao và Viện KSND TP Hà Nội thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động xét xử.
60 luật sư tham gia phiên tòa để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo. Trong phần thủ tục phiên tòa, chủ tọa cho biết, bị cáo Nguyễn Doãn Khánh (cựu Bí thư Tỉnh ủy Phú Thọ) có đơn xin xét xử vắng mặt. Lý do bị cáo Khánh trình bày trong đơn là đang bị bệnh, phải điều trị tại Bệnh viện đa khoa tỉnh Phú Thọ.
Trước khi phiên tòa diễn ra, Hội đồng xét xử đã gửi giấy triệu tập đại diện nhiều cơ quan, đơn vị và cá nhân liên quan đến vụ án đến tham dự phiên tòa. Trong phần thủ tục, toàn bộ những thành phần được triệu tập đều có mặt.
Trong số 41 bị cáo bị đưa ra xét xử thì 18 bị cáo được áp dụng biện pháp tại ngoại. Bị cáo duy nhất không mời luật sư bào chữa là Đặng Trung Hoành (cựu Chánh Văn phòng Huyện ủy Mang Thít, tỉnh Vĩnh Long). Bị cáo Hoành bị xét xử về tội “Lợi dụng ảnh hưởng đối với người có chức vụ, quyền hạn để trục lợi”.
Bị cáo Nguyễn Văn Hậu (Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn) bị xét xử về các tội “Đưa hối lộ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Hậu bị cáo buộc đã thực hiện hành vi đưa hối lộ với tổng số tiền hơn 132 tỷ đồng cho các cá nhân là cựu lãnh đạo Tỉnh ủy, UBND, các sở, ngành thuộc tỉnh Vĩnh Phúc, tỉnh Phú Thọ, tỉnh Quảng Ngãi.
Vụ án xảy ra ở Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn có số lượng cựu Bí thư Tỉnh ủy bị truy tố nhiều nhất từ trước tới nay, trong đó 5 người ở các tỉnh Vĩnh Phúc, Phú Thọ và Quảng Ngãi. Ngoài ra, còn nhiều cựu Chủ tịch UBND tỉnh và Phó Chủ tịch UBND tỉnh, Phó Bí thư Tỉnh ủy…
Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, do đã “lo lót” nên Hậu chỉ đạo cấp dưới cấu kết các cá nhân liên quan để thực hiện hành vi gian lận hồ sơ năng lực trong đấu thầu, dùng “quân xanh”, “quân đỏ” để đảm bảo Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn trúng thầu hàng loạt dự án. Tuy nhiên sau đó, công ty của Hậu thường không thi công mà bán lại cho đơn vị khác để hưởng % chênh lệch dẫn tới thiệt hại của Nhà nước hơn 459 tỷ đồng.
Ngoài ra, nhằm trốn tránh nghĩa vụ nộp thuế và để có tiền sử dụng mục đích khác, Hậu yêu cầu nhân viên khai man, sử dụng hai hệ thống sổ sách kế toán. Hành vi này gây thiệt hại của Nhà nước hơn 504 tỷ đồng tiền thuế.
Trong vụ án, ngoài bị cáo Hậu, còn có 40 bị cáo khác cũng bị xét xử do liên quan các sai phạm tại Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn, trong đó có nhiều cựu Bí thư Tỉnh ủy các tỉnh Vĩnh Phúc, Phú Thọ và Quảng Ngãi.
Bị cáo Hoàng Thị Thúy Lan (cựu Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc) và bị cáo Lê Viết Chữ (cựu Bí thư Tỉnh ủy Quảng Ngãi) bị truy tố về tội “Nhận hối lộ”.
Bị cáo Ngô Đức Vượng (cựu Bí thư Tỉnh ủy Phú Thọ) và bị cáo Nguyễn Doãn Khánh (cựu Bí thư Tỉnh ủy Phú Thọ) bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Đối với cựu Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc Hoàng Thị Thúy Lan, cáo trạng xác định, từ 2017 đến 2022, Lan được Nguyễn Văn Hậu đưa hối lộ ba lần với tổng số tiền là 25 tỷ đồng và 1 triệu USD.
Lần 1 vào tháng 7/2017, Hậu đưa Lan 20 tỷ đồng để nhờ tạo điều kiện cho Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn thực hiện Dự án Chợ đầu mối Vĩnh Tường, vốn đang trong diện bị thu hồi. Lan đồng ý và chỉ đạo các lãnh đạo tỉnh Vĩnh Phúc giúp đỡ, tạo điều kiện cho công ty của Hậu được phê duyệt làm chủ đầu tư và còn giảm số tiền sử dụng đất phải thu.
Lần 2 xảy ra ngày 19/3/2021, khi Lan “giơ một ngón tay”, Hậu đưa 1 triệu USD. Sau việc này, Lan giúp đỡ công ty của Hậu trong việc triển khai thực hiện Dự án Chợ đầu mối Vĩnh Tường.
Lần 3 xảy ra vào đầu năm 2022, Hậu đưa Lan 5 tỷ đồng để xin thực hiện các dự án trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc gồm: Dự án Khu đô thị Vĩnh Tường, Dự án Tề Lỗ và Dự án Khu đô thị Kim Long. Lan đồng ý và chỉ đạo lãnh đạo UBND tỉnh Vĩnh Phúc và Thường trực Tỉnh ủy Vĩnh Phúc họp thông qua để giúp công ty của Hậu.
Tại Quảng Ngãi, cựu Bí thư Tỉnh ủy Lê Viết Chữ bị cáo buộc 6 lần nhận tiền từ Hậu thông qua Đặng Văn Minh (cựu Giám đốc Sở Giao thông Vận tải Quảng Ngãi, sau đó là Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi).
Theo đó, năm 2011, Hậu thông qua các mối quan hệ đã gặp bị cáo Cao Khoa và bị cáo Lê Viết Chữ, khi đó là Chủ tịch và Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi. Hai người đã trao đổi, nói sẽ ủng hộ Hậu tới địa phương mình đầu tư.
Sau đó, trong một lần ra công tác Hà Nội, đoàn công tác tỉnh Quảng Ngãi do Cao Khoa dẫn đầu có tới thăm và ăn cơm tại nhà Hậu tại Vĩnh Phúc. Và qua đây, Hậu quen biết Đặng Văn Minh.
Thông qua những mối quan hệ với lãnh đạo Quảng Ngãi, công ty của Hậu trúng gói thầu số 12 Dự án đường bờ Nam sông Trà Khúc, trị giá 619 tỷ đồng.
Tuy nhiên sau đó, công ty của Hậu không thi công mà bán lại cho các đơn vị khác thực hiện rồi ăn tiền chênh lệch vật tư, tiền % khối lượng công trình để hưởng lợi bất hợp pháp 93,7 tỷ đồng.
Theo thỏa thuận trước khi ký hợp đồng, Hậu chi cho Đặng Văn Minh 5% số tiền được nghiệm thu thanh, quyết toán để cảm ơn Minh và lãnh đạo Tỉnh ủy, UBND tỉnh Quảng Ngãi. Số tiền cụ thể là 22 tỷ đồng và 200.000 USD.
Trong số này, Đặng Văn Minh đưa lại cho Lê Viết Chữ 6 tỷ đồng. Cao Khoa cũng nhận trực tiếp từ Hậu một lần và nhận từ Minh 4 lần với tổng số tiền 20.000 USD và 6 tỷ đồng.
Tại tỉnh Phú Thọ, bị cáo Ngô Đức Vượng, với vai trò là Bí thư Tỉnh ủy Phú Thọ đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn khi thống nhất với Hậu về việc tạo điều kiện cho Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn tham gia các gói thầu tại Dự án Khu di tích lịch sử Đền Hùng.
Vượng biết, Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn dù không đủ năng lực và kinh nghiệm nhưng vẫn giúp công ty này trúng thầu và thực hiện 3 gói thầu gồm: Bãi đỗ xe số 02, Đường trục hành lễ, Nhà làm việc, nhà đón tiếp thuộc Dự án Trung tâm lễ hội Đền Hùng giai đoạn 2, qua đó gây thiệt hại của Nhà nước hơn 33 tỷ đồng.
Vượng được Hậu chi tổng số tiền 500 triệu đồng vào dịp lễ, tết các năm 2009, 2010.
Đối với bị cáo Nguyễn Doãn Khánh (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Phú Thọ, sau đó là Bí thư Tỉnh uỷ tỉnh Phú Thọ), bị cáo buộc đã thống nhất với Ngô Đức Vượng về chủ trương để Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn tham gia thi công, thực hiện các gói thầu tại Khu di tích lịch sử Đền Hùng.
Khánh là người trực tiếp ký văn bản đề nghị Thủ tướng Chính phủ đồng ý thực hiện chỉ định thầu các gói thầu dù không có căn cứ pháp luật, đồng thời chỉ đạo cán bộ cấp dưới tạo điều kiện để Tập đoàn Phúc Sơn được chỉ định trúng thầu, gây thiệt hại cho Nhà nước gần 55 tỷ đồng. Qua đây, Khánh được Hậu chi 1,5 tỷ đồng vào các dịp lễ, tết các năm 2009, 2010, 2011, 2012...
Cựu Bí thư Tỉnh ủy Hoàng Thị Thúy Lan hầu tòa vào ngày 24/6 
