Trong đơn kháng cáo, bị cáo Nguyễn Văn Dân (Giám đốc Công ty Hoàng Dân) và bị cáo Trần Văn Lăng (cựu Giám đốc Ban 2, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt.
Bị cáo Vũ Đình Thịnh (Phó Giám đốc Công ty Hoàng Dân) ngoài kháng cáo xin giảm nhẹ trách nhiệm hình sự, còn đề nghị Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại Hà Nội xem lại phần trách nhiệm dân sự đối với mình.
Trước đó, trong các ngày từ 30/3 đến 7/4 TAND TP Hà Nội đã mở phiên tòa xét xử sơ thẩm vụ án này và tuyên phạt bị cáo Hoàng Văn Thắng (cựu Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) 4 năm tù và bị cáo Trần Văn Lăng 13 năm tù cùng về tội “Nhận hối lộ”.
Bị cáo Nguyễn Văn Dân bị tuyên phạt 14 năm tù về ba tội “Đưa hối lộ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Bị cáo Vũ Đình Thịnh bị tuyên phạt 5 năm tù về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Các bị cáo khác tùy theo mức độ phạm tội mà bị tuyên phạt từ 30 tháng tù cho hưởng án treo đến 7 năm tù về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” hoặc tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo bản án sơ thẩm, gói thầu của các Dự án thủy lợi do Ban 1, 2, 4 và 8 thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm chủ đầu tư gồm: Gói thầu số 13 và 17 Dự án hồ Krông Pách Thượng, tỉnh Đắk Lắk; Gói thầu số 36 Dự án hồ Bản Mồng, tỉnh Nghệ An; Gói thầu số 21 Dự án hồ Bản Lải, tỉnh Lạng Sơn và Gói thầu số 17 Dự án hồ Cánh Tạng, tỉnh Hòa Bình.
Quá trình tham gia đấu thầu, trúng thầu và thi công các gói thầu trên, bị cáo Nguyễn Văn Dân đã lợi dụng mối quan hệ quen biết với cựu Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hoàng Văn Thắng và một số bị cáo ở Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để nhờ giới thiệu, tác động đến lãnh đạo các Ban Quản lý và xây dựng công trình làm chủ đầu tư, thỏa thuận chi tiền cho các cá nhân là lãnh đạo để các cá nhân này chỉ đạo nhân viên cấp dưới cung cấp tài liệu, dự toán đã duyệt của các gói thầu cho Công ty Hoàng Dân để lập báo cáo đề xuất tài chính, tạo điều kiện cho Công ty Hoàng Dân và các nhà thầu liên danh với Công ty Hoàng Dân tham gia đấu thầu, trúng thầu 5 gói thầu tại 4 dự án trên, gây hậu quả thiệt hại cho Nhà nước hơn 250 tỷ đồng.
Ngoài ra, trong quá trình thi công và hoạt động kinh doanh, bị cáo Nguyễn Văn Dân còn chỉ đạo cấp dưới thành lập 7 công ty con trong hệ sinh thái; lập và sử dụng hai hệ thống sổ sách kế toán: Một hệ thống sổ ghi số liệu thực chi của công ty, dùng để quản lý theo dõi nội bộ và một hệ thống sổ ghi số liệu thực hiện trên phần mềm FAST đã chỉnh sửa để hợp thức hóa các khoản chi, dùng để kê khai, báo cáo thuế), vi phạm quy định của Luật Kế toán năm 2015, gây thiệt hại tài sản nhà nước hơn 99 tỷ đồng.
Cựu Thứ trưởng Hoàng Văn Thắng khai gì trước tòa? 
