Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, ngày 19/7/2022, cơ quan điều tra triệu tập Tuấn làm việc nhưng Thông gọi điện đến và giới thiệu là công an và đề nghị điều tra viên cho Tuấn được lùi thời gian làm việc vào ngày khác.
Thông còn gặp Tuấn cùng một số người khác tại một quán ăn ở Hà Nội và hướng dẫn Tuấn khai báo theo hướng có lợi cho Tuấn khi làm việc với cơ quan điều tra.
Khi đó, Tuấn thừa nhận đã cầm hơn 10 tỷ đồng của Phạm Bích Hằng (đã bị xử lý trong giai đoạn 1 của vụ án) để đưa hối lộ cho những người có thẩm quyền và xin thủ tục tổ chức chuyến bay giải cứu.
Thông và những người có mặt cùng thảo luận rồi thống nhất, Tuấn không được khai về số tiền nhận của Hằng để đi đưa hối lộ. Những nội dung khác, Tuấn được hướng dẫn cứ khai không biết để về suy nghĩ, rồi trả lời sau với mục đích sẽ tìm cách khai theo hướng khác.
Sau khi khai báo theo hướng dẫn của Thông, Tuấn bỏ trốn đến ngày 25/11/2022 bị bắt tại Thừa Thiên - Huế. Thời gian sau đó, Tuấn tiếp tục khai báo gian dối nhằm che giấu hành vi phạm tội. Cơ quan tố tụng nhận thấy, việc này gây khó khăn, cản trở rất lớn cho công tác điều tra. Tại phiên tòa xét xử vụ án chuyến bay giải cứu (giai đoạn 1), Tuấn bị tuyên phạt 18 năm tù về hai tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “Đưa hối lộ”.
Trả lời Hội đồng xét xử, bị cáo Thông khai rằng, bị cáo trao đổi nội dung vụ án với Tuấn không phải là tư vấn mà chỉ là những câu chuyện bình thường của anh em trong bữa ăn.
Dẫu vậy, bị cáo Thông không phủ nhận những cáo buộc của Viện kiểm sát trong cáo trạng.
Sau khi nhắc lại những cáo buộc của Viện kiểm sát về hành vi che giấu tội phạm, chủ tọa hỏi bị cáo Thông: “Bị cáo nhận thức thế nào về hành vi của mình trong vụ án này?”.
Bị cáo Thông trả lời, bị cáo là cán bộ công an được đào tạo bài bản, nhưng chỉ vì câu chuyện anh em mà bị cáo đã mất hết. Bị cáo thừa nhận các sai phạm và mong Hội đồng xét xử xem xét, tạo điều kiện cho bị cáo có cơ hội sửa chữa sai lầm.
Trước đó, khai báo trước tòa về hành vi trục lợi trong vụ án chuyến bay giải cứu, bị cáo Trần Thanh Nhã thừa nhận, bị cáo đã “bắt tay” với Phạm Trung Kiên (thời điểm là Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) xin cấp phép các chuyến bay giải cứu cho doanh nghiệp, qua đó hưởng lợi 8,2 tỷ đồng.
Theo lời khai của bị cáo Nhã, bị cáo đã liên hệ, trao đổi và nhờ Kiên giúp đỡ để có văn bản chấp thuận của cơ quan thẩm quyền cho phép công dân Việt Nam ở nước ngoài được hồi hương trên các chuyến bay đơn lẻ với chi phí 10 đến 15 triệu đồng một người. Ngoài ra, một số ít trẻ em hồi hương sẽ chi phí 7 triệu đồng một người.
Sau khi thống nhất với Kiên, Nhã trao đổi lại với bị cáo Đặng Nhật Đức (Giám đốc Công ty Top Agent Japan) và cam kết, Nhã có thể xin được văn bản cấp phép cho công dân Việt Nam ở nước ngoài hồi hương với mức phí từ 10 đến 35 triệu đồng một người.
Từ cam kết của Nhã, Đức trực tiếp nhận hồ sơ của công dân hoặc thông qua bị cáo Phạm Quốc Thắng (Giám đốc Công ty PNR) và bị cáo Trần Thị Ngân (Chủ tịch HĐQT Công ty Thương mại và Dịch vụ Ana Travel) và thỏa thuận mức phí đưa công dân Việt Nam ở nước ngoài hồi hương từ 25 đến 160 triệu đồng một người.
Bị cáo Thắng và bị cáo Ngân sau đó tập hợp hồ sơ từ công dân và thỏa thuận mức phí chênh lên từ 100 USD đến 500 USD một người so với mức phí bị cáo Đức yêu cầu để hưởng lợi cá nhân.
Cáo trạng xác định, từ hành vi vi phạm pháp luật trên, Nhã đã đưa hối lộ cho Kiên hơn 7,3 tỷ đồng để có được văn bản chấp thuận cho công dân Việt nam ở nước ngoài hồi hương. Các văn bản này ngay khi ban hành sẽ được Kiên chụp ảnh gửi cho Nhã và Nhã gửi lại cho các doanh nghiệp để họ chuyển cho công dân.
Qua hành vi trục lợi, Kiên hưởng lợi 7,3 tỷ đồng, còn Nhã cũng hưởng lợi bất hợp pháp hơn 8,2 tỷ đồng. Đến nay, Nhã đã nộp lại toàn bộ số hưởng lợi bất hợp pháp.
Trong phiên tòa phúc thẩm xét xử vụ án chuyến bay giải cứu (giai đoạn 1), Kiên đã bị tuyên án chung thân về tội “Nhận hối lộ”.
Ba cựu Phó Giám đốc Sở sắp hầu tòa trong vụ án chuyến bay giải cứu, giai đoạn 2 
Truy tố 3 cựu Phó Giám đốc Sở cùng 14 bị can khác trong vụ “chuyến bay giải cứu" giai đoạn 2 
