Tiền thân là Xí nghiệp thuốc lá Nha Trang được thành lập cuối tháng 6/1984, trực thuộc Công ty chuyên doanh thuốc lá Phú Khánh. Sau một lần đổi tên Xí nghiệp Thuốc lá Khatoco vào tháng 7/2022, Xí nghiệp Thuốc lá Khatoco hợp nhất Nhà máy thuốc lá Khánh Hòa từ đầu tháng 1/2010 thành Nhà máy Thuốc lá Khatooco Khánh Hòa trực thuộc Tổng Công ty Khánh Việt. Nhà máy xây dựng trên diện tích 4,3ha ở đường Trường Sơn, Khu Công nghiệp Bình Tân, phường Vĩnh Trường, TP Nha Trang.
Do Nhà máy Thuốc lá Khatoco Khánh Hòa tọa lạc ở nội thành Nha Trang sẽ ảnh hưởng đến môi trường đời sống dân cư, nên UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo Tổng Công ty Khánh Việt xác lập kế hoạch di dời đến Cụm Công nghiệp Trảng É 1 để đưa vào hoạt động trước ngày 31/12/2022.
Tuy nhiên, do ảnh hưởng của dịch bệnh COVID-19, nên tiến độ thi công xây lắp các hạng mục công trình cơ sở mới của Nhà máy Thuốc lá Khatoco Khánh Hòa chậm trễ, chuyên gia nước ngoài chưa thể đến Khánh Hòa để hỗ trợ lắp đặt thiết bị kỹ thuật, ảnh hưởng đến kế hoạch di dời, nên UBND tỉnh Khánh Hòa gia hạn thời gian hoàn thành việc di dời nhà máy đến cuối năm 2023.
Đến thời điểm này, 2 phân xưởng của Nhà máy Thuốc lá Khatoco Khánh Hòa đã được di dời, lắp đặt tại cơ sở sản xuất mới trên diện tích 12ha, 1 phân xưởng còn lại đang tiếp tục tháo dỡ thiết bị kỹ thuật, dự kiến cuối tháng 8/2023 sẽ hoàn thành việc di dời và khánh thành Nhà máy Thuốc lá Khatoco Khánh Hòa tại Cụm Công nghiệp Trảng É 1.
Hà Nội di dời 90 cơ sở sản xuất không phù hợp quy hoạch xây dựng
Đẩy nhanh xây dựng khu tái định cư, di dời người dân sống cạnh cảng biển Hợp Thịnh